Вирт избира Франц Щтангл, който в момента е комендант на Собибор, за заместник на д-р Еберл. Тъй като Собибор е временно затворен, докато се ремонтира железопътната линия, която минава покрай него, и газовите камери се разширят, Щангл може да започне веднага. Въпреки това Вирт решава да остане в лагера няколко седмици, за да наблюдава почистването. Това е огромно начинание, както вижда при пристигането си един от най-жестоките есесовци от лагерите на смъртта, обершарфюрер (фелдфебел) от СС Курт Франц, чийто прякор е „Куклата“ заради младежкото му излъчване: „В лагера имаше трупове навсякъде… Те бяха извлечени от евреи. Те бяха принуждавани да работят от украинските надзиратели и от германците… Имаше огромно объркване и ужасен шум… Докато се разхождах, установих, че някои от надзирателите бяха с момичета и бяха оставили пушките си.“ Специалността на Курт Франц в Белжец е да се разправя с помощник-надзирателите, подбрани сред съветските военнопленници да работят в лагерите на смъртта — които са познати под названието „украинците“. Затова сега се опитва да наложи ред сред тях.
Между 28 август и 3 септември са спрени композициите към Треблинка, за да се разчистят хилядите трупове. Телата са изгорени в ями и димът, който изпълва въздуха, се усеща в радиус от километри наоколо. През целия този процес Кристиан Вирт е доминиращият фактор: „Вирт провеждаше разговори с германския персонал, основно в 11 часа вечерта — казва есесовският шарфюрер (унтерфелдфебел) Франц Зухомел. — Тези разговори се провеждаха в присъствието на Щанга… Вирт даваше подробни инструкции“.
Също като в Собибор възниква напрежение между Вирт и Щанга. Според Зухомел, след като Щанга инспектира изтреблението в Треблинка, той препоръчва да се поставят кофи в тунела — проходът, водещ от зоната на пристигане в лагера към газовите камери, защото жените „всички се изхождат по голяма нужда, нали знаете, когато тичат или стоят и чакат“. Щанга казва, че преди е слагал кофи в тунела, което се е оказало полезно. Вирт отвръща: „Не ми пука изобщо какво си правил с лайната в Собибор. Нека се осерат. После ще почистим“.
Кристиан Вирт също като д-р Еберл дава всички индикации, че се наслаждава на работата си. Неговият адютант Йозеф Оберхаузер, отбелязва: „Неговите отличителни черти бяха желязната неумолимост, безусловното му подчинение, вярата във фюрера, пълната му безчувственост и безмилостност. Той вече имаше тези черти, когато провеждаше евтаназията и когато аз се запознах с него; но определено беше в стихията си, когато се стигна до изтреблението на евреите“. И тъй като Вирт е „в стихията си“, процесът по изтребление в Треблинка се възобновява и композициите тръгват пак от Варшавското гето на 3 септември.
Калман Тайгман е един от евреите от Варшавското гето, натъпкан в товарен вагон през онзи септември и пратен в Треблинка. Докато някои евреи във влака вярват, че ги пращат на смърт, той все още си мисли, че нацистите може и да са казали истината за това, което ги очаква. „Казаха ни, докато още бяхме в гетото — разказва той, — че отиваме на изток, за да работим в различни фабрики. Затова си помислих, че съм млад и здрав мъж и вероятно ще ме отведат да работя.“ Но при пристигането ни в Треблинка тази илюзия бързо бе разбита. „Не беше за вярване — казва той. — Те отвориха товарните вагони и започнаха да ни крещят: „Слизайте!“ на немски, разбира се, а много от хората, които все още се държаха и дишаха, слязоха, но имаше и такива, които вече бяха трупове и не излизаха.“ Есесовците подбират някои от здравите евреи и Калман Тайгман е един от тях. Броят на евреите от тези първи композиции към Треблинка през септември, селектирани да работят в лагера, е относително голям, за да е сигурно, че лагерът ще бъде поддържан чист и че хаосът от управлението на Еберл няма да се повтори. Една група от подбраните от композицията на Калман започва да изпразва товарните вагони от трупове, а друга да сортира вещите на евреите, които се отвеждат към газовите камери.
По-късно Калман става част от командата, която чисти бараките, в които бръснат главите на жените, влизащи в газовите камери. „Когато почистехме бараките от дрехите — спомня си той, — понякога намирахме бебета под купчините. Предполагам, че майките са ги оставяли, може би са си мислили, че така ще ги спасят.“ Той и другарите му отнасят тези бебета в оградено пространство в лагера, където водят болните, познато като „лазарета“. Но когато влизат в лазарета, евреите разбират, че също като в Собибор това не е болница, а място за екзекуция, където болните се разстрелват и хвърлят в яма. „Около него имаше бяла ограда — казва Калман — и на нея имаше червен кръст, така че хората, които влизаха там, не знаеха къде отиват… такива неща трудно се описват.“ Той си спомня, че бебетата, намерени в бараките, били или застрелвани и хвърляни в ямата, или — ако вече горели телата — хвърляни директно в огъня. „Как се чувствах ли? — пита Калман. — Не изпитвах нищо… Превърнах се в автомат. Никакви мисли. Тревожех се само да не бъда бит и понякога да ми е пълен стомахът, и това бе всичко. Не мислех, не чувствах. Виждах ада, ако такова нещо съществува.“