Всичките четири нови крематориума/газови камери в Биркенау започват да работят през лятото на 1943 година. Карл Бишоф, есесовският офицер, отговарящ за строителството, пише, че пещите могат да изгарят общо 4416 трупа за двайсет и четири часа — това означава, че Аушвиц Биркенау вече има капацитет да превърне в пепел 1,6 млн. души на година. Това, трябва да се каже, е занижена оценка. Според свидетелства на очевидци на ден вероятно се изгарят по 8000 души, ако в пещта се слага повече от един труп.
Процесът на убийство до голяма степен е подобен на този в лагерите от Операция „Райнхард“. Новодошлите се отвеждат в съблекалня и им се нарежда да си свалят дрехите, преди да се изкъпят. След това ги отвеждат в газовата камера, за която им казват, че е баня. Вратата се затваря херметически и вътре се пускат кристалите на Циклон Б през отвори на покрива (в случая с крематориуми II и III) или високо на стената (в случая с крематориуми IV и V). След като всички са избити, остатъчният газ се прочиства и влизат зондеркомандите. Разликата с лагерите от Операция „Райнхард“ е само използването на Циклон Б вместо въглероден оксид и това, че косите на жените се бръснат след, а не преди смъртта.
Също в лагерите от Операция „Райнхард“ фабриките за смърт в Биркенау имат нужда от шепа есесовци, които да надзирават целия процес. Ръчният труд — включително и ужасяващата задача за разплитане на телата от газовите камери — се извършва от зондеркомандите. Но винаги есесовците пускат Циклон Б вътре.
Хенрик Манделбаум, полски евреин, работи в зондеркомандата в новите крематориуми/газови камери на Аушвиц през 1944 година. „Непоносимо е да се мисли за това — казва той. — Мислех, че съм в ада. Помня, че понякога, когато свършех някоя беля у дома, родителите ми казваха, да не правя така, защото ще отида в ада. Но когато видях толкова много човешки трупове, хора, избити с газ и след това изгорени… Това надминаваше всичко, което можех да си представя и наистина не знаех какво да правя. Ако откажех [да работя там], с мен щеше да е свършено, нали? Знаех, че ще ме убият. Бях млад. Бях изгубил семейството си. Те бяха обгазени — баща ми, майка ми, сестра ми и брат ми. Така че бях наясно с това и исках да живея и се борех. Мъчех се да остана жив през цялото време.“
Хенрик Манделбаум си спомня, че въпреки усилията на есесовците да въдворяват спокойствие, докато евреите са отвеждани към газовите камери, понякога хората „започваха да усещат, че нещо не е наред. Имаше прекалено много хора и някои искаха да се дръпнат, но есесовците ги удряха по главите с тояги и потичаше кръв.
Така че нямаше начин да се откажеш или да избягаш, всички насилствено бяха наблъсквани в газовите камери. Когато те се напълваха, вратите се заключваха — те бяха херметически като на хладилници.“ Той си спомня, че след всяка нова група има „линейка с червен кръст“, а най-циничното е, че в нея са кристалите на Циклон Б. След като хвърлят кристалите в газовите камери, обгазяването трае от двайсет минути до половин час. „След обгазяването, след тези двайсет до трийсет минути, отваряхме вратите. Виждахме как са умрели тези хора — прави. Главите им бяха наклонени наляво или на дясно, напред или назад. Някои бяха повърнали, други бяха получили кръвоизливи, а когато червата им се бяха разхлабили, се бяха изпуснали. Преди да бъдат изгорени, трябваше да ги подстрижем и да им извадим златните зъби. Освен това трябваше да проверим дали не са скрили нещо в ноздрите си или дали нямат ценности в устите, а при жените — във вагините.“
През пролетта на 1944 година е построено отклонение от железопътната линия, което води право в сърцето на Биркенау и позволява влаковете да докарват евреите съвсем близо до газовите камери в крематориуми II и III. Преди това групите пристигат на рампата — мястото за разтоварване на средата между главния лагер на Аушвиц и Аушвиц Биркенау. За много от пристигащите това е първият етап от пътя им към газовите камери. Гюнтер Рушин, млад германски евреин, си спомня, че когато пристига на рампата, вижда отделени жени и деца. „Какъвто си бях глупак, си помислих, че отиват в семеен лагер.“ Селекцията на рампата винаги се провежда от есесовски лекар. Това запазва илюзията, че Аушвиц е институция, която се ръководи от научни принципи — че тези, които ще бъдат убити, не са избрани случайно или за отмъщение, а според медицински критерии. Това е лъжа, разбира се, дори и по стандартите на нацистите, тъй като няма истински медицински преглед, само повърхностен поглед към всеки човек. Есесовците също така подмамват новодошлите, като ги питат дали не искат да ги откарат с превозно средство до Биркенау, вместо да вървят пеша. Понякога здрави мъже и жени приемат да ги закарат. Но всеки, който не ходи пеша, отива право в газовите камери. Според есесовците така те показват слабост и не заслужават да живеят.