По-малко от месец по-късно, на 16 октомври 1943 година, германските войски се нахвърлят върху евреите в Рим. Човек може да си помисли, че операцията е рискована, тъй като те правят арести близо до Ватикана. Макар папа Пий XII все още публично да не е заклеймил изтреблението на евреите, той със сигурност не би пренебрегнал подобно срамно действие. Ернст фон Вайцзекер, германският посланик в Светия престол, със сигурност не смята, че папата би го направил. Според него депортирането на евреите от Рим ще доведе до реакция от страна на папата, която би навредила на Германия. Но Вайцзекер греши. Папата не само че не заклеймява опита за депортирането на евреите от Рим, но не казва и дума срещу него, след като то вече се е случило.
Рано сутринта на 16 октомври Сетимия Спицикино, еврейка от Рим, която по това време е на двайсет и две години, подозира, че нещо не е наред: „Тази нощ бе малко по-различна. Усещаше се, че има нещо във въздуха. Някаква гъста тишина. Не мога да я опиша. И към четири сутринта започнаха да се чуват стъпки, тежки стъпки. Стъпки на войници, маршируване. Затова отидохме до прозорците, за да видим какво се случва, и видяхме германците да влизат в къщите и да извеждат евреите. Уплашихме се, защото видяхме, че влизат и в нашата сграда.“ Сетимия е отведена заедно със семейството си в затвор близо до Ватикана, чиито условия описва като „ужасни“, а от там — в Аушвиц. Тя е една от 1800-те евреи, депортирани от Рим по време на германската окупация. „Върнах се от Аушвиц сама [след края на войната] — казва тя. — Изгубих семейството си там. Майка ми. Двете ми сестри, малката ми племенница и брат си. Ако папата бе казал нещо, много евреи щяха да избягат. Щяха да реагират. Но той си замълча. Игра в полза на германците. Папата бе много близо. Ние бяхме точно под носа му. Но той не си мръдна пръста. Той беше папа антисемит. Не пое никакъв риск.“
Макар да е разбираемо защо Сетимия Спицикино смята папата за антисемит, като се има предвид какво се случва с нея, обвинението не е състоятелно. Най-малкото защото той не спира отделни свещеници и монахини да крият евреи в Италия. „Папата издаде заповед манастирите да се отворят — казва сестра Луиза Джирели от Сестрите от Сион. — Той отмени правилото на уединение — отвори вратите за всички бегълци.“ Енрикета ди Вероли е сред евреите, укривани от Сестрите от Сион, и никога няма да забрави как те са й спасили живота. „Приеха ни там без проблеми — казва тя, — монахините бяха много мили. Тези мили монахини представляват девет месеца от моя живот. Те са важни. Изпитвам нещо повече от благодарност.“ Повече от 4000 евреи са защитени от Католическата църква и укрити в манастири и други църковни сгради. Няколкостотин от тях дори намират убежище във Ватикана.
Но това, което папата не иска да направи, след като му е казано, че е почти сигурно, че нацистите избиват евреите, е да говори публично за това престъпление. Той се страхува най-вече — както вече отбелязахме — от победа на безбожните „болшевики“, която би застрашила Католическата църква. Второ, той се тревожи, че ако заклейми нацистките гонения спрямо евреите, германците могат да нахлуят в църковните имоти и да заловят скритите там евреи. И накрая, той се бои и от германски бомби над самия Ватикан. Затова си мълчи. С това си поведение според него той несъмнено служи на интересите на Католическата църква като институция. Но, както вече видяхме в случая с холандските евреи, няма как да знаем със сигурност какво щеше да се случи, ако той бе имал по-твърда позиция. Може би германците щяха да тръгнат срещу църквата или пък като се има предвид демонстрираната вече от Хитлер неохота да атакува църквата в Германия, нямаше да направят нищо. Това, което знаем със сигурност, е, че ако папата бе говорил публично, той щеше да даде морални насоки на света.
Не само германците депортират евреи в Италия. Италианците също участват, най-вече членове на фашистките групи като „Черните бригади“ и други военни единици от така наречената Италианска социална република — областта в Северна Италия, все още управлявана от Бенито Мусолини, който е спасен от ареста от германски парашутисти.
Общо 7000 евреи са депортирани от Италия и убити. Над 80 процента от евреите в Италия оцеляват през войната — повечето, като се крият или бягат през граница към неутрална Швейцария. Първоначално, дори и след като германците окупират Италия, швейцарците твърдят, че италианските евреи нямат право на убежище в страната им, ако не изпълняват определени условия — например са деца, пенсионери или са сключили брак с швейцарски гражданин. От декември 1943 година тези ограничения вече не са толкова строги и са заменени с по-либерални мерки през юли 1944 година. През цялата война за италианските евреи, търсещи убежище в Швейцария, до голяма степен всичко зависи от състраданието — или липсата му — на отделни швейцарски гранични полицаи.