Д-р Менгеле и заниманията му преобладават в спомените ни за извращението на медицинските идеали в Аушвиц. И не е трудно да видим защо. Менгеле е на трийсет и две години, когато пристига в Аушвиц, той е красив, ветеран от войната с награди. Без съмнение е смел — получил е „Железен кръст“ за спасяване на войници от горящ танк — и винаги е в идеален вид. Оцелелите често споменават например безупречната му униформа и лъснатите ботуши. Той е точно обратното на карикатурния образ на потния, зачервен есесовец убиец.
Менгеле е страстен нацист. Той става член на партията през 1937 година и показва пълна отдаденост към националистическата кауза дори преди Хитлер да дойде на власт. Той е също така убеден расист и вярва, че е представител на висша раса. Но нищо в биографията му преди Аушвиц не подсказва, че има склонност към садизъм в гигантски мащаби, а той точно това демонстрира в лагера. Той очевидно се наслаждава на властта, която има по време на селекциите не само на рампата, но и в болничните бараки, когато избира кой от затворниците да умре.
За Менгеле Аушвиц е огромна площадка за игра. Той може да проведе какъвто медицински експеримент си поиска за своите „расови“ проучвания, ограничението е само собствената му фантазия. Винаги е имал специален интерес към генетиката и предаването на гените в семействата — затова особено много обича да експериментира с близнаци. Вера Александер е капо и се грижи за близнаците, подбрани от Менгеле. Тя си спомня, че те често се връщат в бараките, пищящи от болка, след посещения при него. След като го наблюдава от непосредствена близост, тя казва, че просто не може да разбере жестокостта му. Огромното предимство, което д-р Менгеле има при изследванията с близнаци, е, че след като върху единия бъде извършен експеримент, след това и двамата могат да бъдат убити и телата им да бъдат подложени на дисекция и сравнение. Както казва д-р Миклош Нисли, затворник, който помага на д-р Менгеле: „Къде при нормални обстоятелства могат да се намерят близнаци, които умират на едно и също място по едно и също време?“. Но в Аушвиц има няколкостотин двойки близнаци и много възможности за дисекция.
Менгеле не е единственият нацистки лекар, който провежда медицински експерименти в Аушвиц. В специално оборудван медицински блок проф. Карл Клауберг и д-р Хорст Шуман правят изследване на стерилизацията. Вилхелм Брасе, който снима за д-р Менгеле, прави фотографии и на жени под анестезия, които са подложени на експерименти със стерилизация. Жените са поставени на специален гинекологичен стол и лекарите „разтваряха вагините им и изваждаха матките с форцепс и ги снимаха. Не цялата жена, а само половите й органи и матката. В някои случаи използвах цветен филм. Не го проявихме, тъй като нямахме лаборатория за цветни филми, пратихме го в Берлин… За мен това бе най-лошото — да видя тази ужасна гледка. Имах информация, че в много случаи така оперираните жени след това са инжектирани и убивани“.