С времето гетото научава за съществуването на лагерите на смъртта. До началото на 1944 година Якоб Зилберщайн вече знае за Аушвиц. Той среща полски дърводелец на един строеж, който му казва: „Бях в Аушвиц“. Якоб не обръща внимание. „Защото никога не бях чувал за град Аушвиц. И подминах. На връщане, той ме спря и каза: „Знаеш ли какво е Аушвиц?“. Попитах: „Къде е Аушвиц?“. А той отвърна: „Недалеч от Краков. Но знаеш ли какво правят там? Обгазяват и убиват евреите“. Аз казах: „Откъде знаеш?“ А той отговори: „Бях там, работех там като дърводелец“. Разбира се, за мен това бе огромен шок.“ Якоб веднага иска среща с Румковски, за да му каже какво е чул. След като го изслушва, Румковски удря плесница през лицето на Якоб и започва да му крещи: „Ще те пратя там от гетото, ако кажеш и дума на някого“.
След депортиранията от септември 1942 година гетото влиза в период на относително спокойствие. Но в нацисткото ръководство започва властова битка за бъдещето на това място. Артур Грайзер иска да запази гетото под крилото си. Почти със сигурност той до голяма степен е мотивиран за това от личната си алчност, тъй като източва оттам пари за себе си. Дори хората от администрацията като Естера Френкил знаят, че нацисткият управник на гетото Ханс Бибов праща скрити преводи на Грайзер. „За Бибов беше даденост — казва Естера, — че ако дава подаръци на висшестоящите, ще му бъде позволено да продължи да работи с гетото и да бъде господар на живота и смъртта там.“
През 1943 година Химлер се опитва да поеме контрол над гетото, като го превърне в концентрационен лагер. Но среща съпротивата не само на Грайзер, но и от Вермахта, за които то е източник на робски труд. Спорът продължава и в един етап от него персоналът на Грайзер иска огромен откуп, за да предаде гетото, но получава отказ. До май 1944 година Химлер най-накрая губи търпение при преговорите и нарежда гетото да прекрати съществуванието си. Скоро външни събития правят този курс на действие неизбежен, тъй като през следващия месец Червената армия започва силно да напредва и заплашва да стигне до Лодз. Вследствие на това на 23 юни първите десет влакови композиции с около 7000 души изминават 60-те километра до газовите фургони в Хелмно — смъртоносното съоръжение е отворено отново, за да избие евреите от Лодз.
През 1942 година статичната установка в Хелмно е унищожена, след като спира превозването на избрани евреи от Лодз и други части на Полша и са построени лагерите на смъртта от Операция „Райнхард“. Този опит за заличаване на следите от престъплението включва взривяване на сградите, известни като „имението“, край които са паркирани фургоните в Хелмно. След като там отново е пратен наказателен отряд под ръководството на есесовския офицер Ханс Ботман, трябва да се преосмисли механизмът на убийствата. Решават, че фургоните няма да бъдат в селото, а ще преместят цялата операция в близката гора, където преди са погребвали труповете. Построяват бараки, които представят като част от по-голям лагер, и крематориум до тях. Когато през юни 1944 година пристига първата група от Лодз, евреите са прибрани за през нощта в църквата на селото. На следващия ден са преместени в бараките в гората на групи — броят на всяка група се определя от капацитета на газовите фургони, които са паркирани в гората. След като се съберат пред бараките, на евреите се казва, че ще бъдат пратени в Германия, за да работят. Винаги се споменава определен град. Това е по-сложен начин за успокояване на евреите от обикновено, тъй като името на града съвпада с това, което им е казано при напускане на гетото в Лодз. Есесовците им съобщават, че трябва да преминат през медицински преглед и да бъдат дезинфекцирани в обезпаразитяваща камера, затова трябва да се съблекат. След като влязат в бараките и бъдат уж прегледани от есесовец, облечен в бяла престилка и представящ се за лекар, им обясняват, че ще ги заведат в камера за дезинфекция. Всъщност ги отвеждат в газовите фургони. „Вратите се затваряха и след това се заключваха — казва Шимон Сребрник, член на зондеркомандата в Хелмно. — Запалваше се двигателят. Отпадъчните газове се насочваха към фургона със специална тръба и те отравяха хората вътре… Писъците и чукането по стените на фургона не спираха… Когато най-накрая спираха, фургонът откарваше труповете в крематориума.“
Някои от евреите са пощадени от моментална смърт и им е казано да пишат картички до гетото и да се преструват, че вече са в Германия. След като го направят, ги убиват. Зловещият номер работи. „Пристигнаха трийсет и една картички — се казва в запис в архивите на гетото в Лодз от 25 юли 1944 година, — всичките бяха с дата 19 юли 1944 година. За щастие, от тези картички е видно, че хората са добре и, което е по-важно, семействата са останали заедно… Гетото се радва и се надява, че подобни новини скоро ще пристигнат и от другите преместени работници.“