После окончания в 1940 году военной школы Василий был назначен летчиком в 16-й истребительный авиаполк 24-й истребительной авиационной дивизии. С сентября по декабрь того же года он учился на командном факультете Военно-Воздушной академии, а с января по март 1941 года проходил усовершенствование на Липецких авиационных курсах командиров эскадрилий. К концу войны он был командиром дивизии. В автобиографии от 18 июня 1945 года стоит подпись — «Василий Сталин». Так он был зарегистрирован отцом при оформлении документов о рождении. Партийная кличка И. В. Джугашвили стала его фамилией. О прохождении службы после окончания учебы он писал, что «в июне 1941 года был назначен на должность инспектора-летчика Управления ВВС КА. В этой должности прослужил до сентября 1941 г., после чего до января 1943 г. служил начальником Инспекции ВВС КА. В январе 1943 г. назначен командиром 32 Гвардейского истребительного авиаполка, где прослужил до декабря 1943 г. В январе 1944 г. был назначен на должность командира 3 Гвардейской истребительной авиационной Брянской Краснознаменней ордена Суворова дивизии и с февраля 1945 г. назначен на должность командира 286 истребительной авиационной Нежинской Краснознаменной ордена Суворова дивизии.
В период пребывания на фронтах Отечественной войны ранений и контузий не имел. В плену и окружении не был. Член ВКП(6) с 1940 г. Женат — жена, Бурдонская Галина Александровна, и двое детей — сын Александр и дочь Надежда. Семья проживает в г. Москве».
О том, какую квалификацию Василий получил за годы учебы в училище, к сожалению, сведений в его документах не сохранилось. И этот отрезок его жизни, наверное, так бы и остался за чертой наших интересов, если бы не письмо жителя Ленинграда Евгения Петровича Цуканова, присланное автору 19 декабря 1988 года после публикации в «Аргументах и фактах» фрагмента очерка о В. Сталине:
«Я хочу сообщить несколько слов по поводу публикации. Я далек от мысли подвергать критике или сомнению Ваше выступление. Уверен, что Вами добросовестно изложены имеющиеся материалы. Да к тому же в те годы я был крайне мал и утверждать — „я помню“ — было бы неуместно, хотя кое-что запечатлелось и в моей памяти.
Мне известно, что Василий Иосифович Сталин вышел из Качинской авиашколы в звании младшего лейтенанта без диплома о присвоении квалификации летчика ВВС. Ему была выдана справка, что прослушал курс вышеназванной школы… и только. Виною тому — его пристрастие к алкоголю. В это время мой отец был командиром полка в Люберцах под Москвой. Тот полк регулярно принимал участие в воздушных парадах («7 Ноября», «1 Мая», «18 августа») и был хорошо известен И. В. Сталину.
Обязательным приложением к параду являлся торжественный ужин в Кремле, на который приглашались командиры частей и соединений, участвовавших в параде. Из-за близость Москве Люберцы неофициально называли «дворцовым гарнизоном». Однажды вечером к нам на квартиру позвонил И. В. Сталин и попросил отца ознакомить его со способностями В.И.Сталина и дать заключение о целесообразности делать него летчика. Так отец стал инструктором Василия. Пришлось давать ему летную программу в объеме авиашколы — сначала на У-2, потом на И-16, на УТП-4 и самостоятельно на И-16. Не исключено, что этот период (4—6 месяцев) зафиксирован в документах как служба летчиком в 16-м ИАП 24-й ИАД после окончания авиашколы.
Все неприятности у В. И. Сталина были в тот период на почве пьянства, хотя объективности ради надо отметить, что летчик он был способный, летать умел и любил»..
О поведении Василия в этот период дает представление письмо В. Я. Липеца из Москвы: «Может, будет интересным, что я слышал от брата своей жены, бывшего военного, Борисова Ивана Ивановича. Он в составе летчиков-курсантов в начале войны был на аэродроме (в Саратове или Куйбышеве), Комиссар объяснял, что необходима дисциплина, курение воспрещено. В это время садится самолет. Вылезает летчик и не спеша на крыле закуривает. Комиссар подбежал и начал быстро „разнос“. Но летчик (это был Василий Сталин) кожаными перчатками отхлестал комиссара по щекам при всех. Другой эпизод. Он ни с того ни с сего вылетал на самолете и летел по произвольному маршруту. А службы волновались, не знали, как организовывать полеты, чтобы не случилось аварии».
Комментарии, как говорится, излишни. Сообщения довольно точно характеризуют Василия.
Война застала Василия в Таллинне, в командировке. Он летал на боевые задания, смело вступал в воздушные бои. Зимой 1942 года, будучи начальником инспекции, Василий несколько раз навещал своих детей и сестру. Вот что написала об этом С. И. Аллилуева в своих воспоминаниях, характеризуя обстановку, в которой он жил: «…возле него толпилось много незнакомых летчиков, все были подобострастны перед молоденьким начальником, которому едва исполнилось двадцать лет. Это подхалимничание и погубило его потом. Возле него не было никого из старых друзей, которые были с ним наравне… Эти же все заискивали, жены их навещали Галю и тоже искали с ней дружбы.
В доме нашем была толчея. Кругом была неразбериха — и в головах наших тоже. И не было никого, с кем бы душу отвести, кто бы научил, кто бы сказал умное, твердое, честное слово…
В дом вошел неведомый ему дух пьяного разгула. К Василию приезжали гости: спортсмены, актеры, его друзья — летчики. И постоянно устраивались обильные возлияния, гремела радиола. Шло веселье, как будто не было войны».
Всего через два года после начала службы Василию в 1942 году было присвоено воинское звание — гвардии полковник.
После пленения немцами Якова Джугашвили участие Василия в боевых действиях было ограничено, в полетах его оберегали. Об одном эпизоде рассказал автору генерал-полковник И. С. Глебов: «Под Сталинградом, у хутора Широкого, на командном пункте 4-й танковой армии в присутствии командующего, генерала Владимира Дмитриевича Крюченкина, я стал свидетелем атаки двумя немецкими „мессерами“ десяти наших самолетов, причем наши в бой не ввязывались, а всячески уклонялись, выстроившись в круг и уходя, перемещались по спирали. Все это было настолько возмутительно, что по указанию командарма была дана телеграмма командующему.
Полученный ответ озадачил нас. В нем говорилось, что самолеты после выполнения боевого задания вел на аэродром Василий Сталин, и советовалось не поднимать больше этот вопрос».
Что стояло за этим эпизодом, сегодня установить трудно, но обвинять Василия в трусости никак нельзя. Наоборот, несмотря на запрещение отца участвовать в боевых действиях, он за четыре года войны совершил 27 боевых вылетов и сбил 1самолет противника.
О храбрости Василия говорит и история, происшедшая г. Шяуляе, когда к нему из Москвы прилетела жена и в ту же ночь на аэродром прорвались немецкие танки. Бой на земле начался в условиях паники с нашей стороны. Разобравшись мгновенно в обстановке, Василий посадил в открытую машину жену, выехал на взлетную полосу и сумел прекратить панику, хотя для этого ему пришлось остановить машину перед бегущими и бросить им: «Трусы, смотрите, женщина и та не боится». Во многом благодаря его личному мужеству паника была преодолена, самолеты подняты в воздух.
Из документов, характеризующих его боевую деятельность, до нас дошла характеристика от 25 декабря 1945 года, напитанная генерал-лейтенантом авиации Белецким и утвержденная командующим 3-й воздушной армией генерал-полковником авиации Папивиным. В ней отмечалось, что «В. И. Сталин исполняет должность командира дивизии с мая месяца 1944 г. Лично т. Сталин обладает хорошими организаторскими способностями и волевыми качествами. Тактически подготовлен хорошо, грамотно разбирается в оперативной обстановке, быстрo и правильно ориентируется в вопросах ведения боевой работы. В работе энергичен, весьма инициативен, от своих подчиненных всегда требует точного выполнения отданных распоряжений. Боевую работу полка и дивизии организовать может.