Последующие события жизни Василия Сталина довольно подробно описала в своих воспоминаниях его сестра — Светлана Аллилуева. Она вспоминала, что, несмотря на происшедшие перемены, вызванные смертью отца, Василий продолжал считать себя всесильным.
Апрель 1953 года он провел в ресторанах, кутежах, понося всех и вся. В последующие дни перед арестом он чувствовал себя неуютно. 23 апреля В. И. Сталин приехал в штаб ВВС заплатить партийные взносы. Их у него не приняли. Оттуда он позвонил министру обороны Маршалу Советского Союза Н. А. Булганину, но тот отказался от разговора. В тот же день Василий на улице встретил трех курсантов из Севастополя, прибывших в Москву для участия в майском параде. Он пригласил их к себе домой на Гоголевский бульвар. Накормил их. В кинозале показывал фильмы, играл с ними в бильярд… Потом отвез на Ходынское поле в подразделение. 28 апреля его арестовали. Всплыли растраты, превышение власти. «Тогда же была создана комиссия Министерства обороны по проверке ВВС Московского округа, — пишет И. П. Травников. — По боевой и политической подготовке он получил хорошую оценку, но тем не менее все плохое повесили на Василия и его арестовали. Напрашивается законный вопрос — за что? Нам стало известно, якобы за незаконное использование денежных средств не по назначению (построил водный бассейн, причем первый в Москве закрытый, где обучались и обучаются плавать тысячи детей, приступил к строительству закрытого катка в Чапаевском переулке; быстро сделали фундамент, поставили металлический каркас, привезенный из Кенигсберга, заказали в ГДР оборудование)».
Военная коллегия Верховного суда СССР осудила его на 8 лет.
По поводу причин ареста В. Сталина ходило много слухов, догадок. Одна из них четко видна в письме, полученном автором. «Ваша статья о Василии Сталине написана предвзято, — писала Анна Васильевна (фамилия не указана) из Москвы. — Вы упустили существенную деталь. Да, он был талантлив и хороший человек. Царствие ему небесное. Вы забыли, что он был депутатом Верховного Совета, который много сделал для своих избирателей, никакого служебного долга он не нарушал, поил чаем своих избирателей, которые приходили за помощью к нему. Хрущев, это российское горе, отправил его в тюрьму, боялся, что он будет выдвинут в Правительство, — вот причина смерти Василия. Скажу Вам, мазать грязью И. В. Сталина нечестно и преступно. Вы — кто выступает вопреки разуму, льете воду на мельницу наших врагов. И. В. Сталину мы обязаны жизнью. Он дважды спас Россию от рабства. И сколько бы ни ругали его — народ его любит, и придет время — он будет восстановлен. Солнце нельзя погасить. Наше дело правое, мы победим!»
Одно из предположений о причинах ареста В. Сталина выдвинул И. П. Травников. «Мое твердое мнение, — пишет он, — Василия убрали по злобному умыслу Хрущева. Василий много знал о нем и его окружении, об их недостатках. При борьбе все средства хороши, даже взятые из давней истории, как надо расправляться с неугодными. Позже Хрущеву доложили о критическом состоянии здоровья Василия, и если он умрет в тюрьме, это примет политическую оценку. Поэтому-то Хрущев и принял решение освободить Василия и пригласил на прием. При встрече и беседе Хрущев, кривя душой, положительно отзывался об отце Василия, даже говорил то, что произошла ошибка при аресте Василия. Это Василий рассказал бывшему своему заместителю Е. М. Горбатюку».
Стоит ли приведенное мнение подробно комментировать? Нет сомнения, что В. Сталин многое знал или слышал об окружении отца, но вряд ли он из-за своего характера и образа жизни собирал досье на этих людей. У него не было доказательств, но своим поведением он, конечно, компрометировал все еще уважаемого в правительстве и в народе И. В. Сталина и его соратников. В силу своего положения Василий также никогда не мог быть конкурентом Н. С. Хрущеву. В последнее время в газетах и журналах, в том числе в декабрьском номере (1988 г.) «Военно-исторического журнала», утверждалось, что Василий был повинен в аресте Главного маршала авиации Новикова. Такое же утверждение можно найти и в воспоминаниях С. Аллилуевой «Двадцать писем к другу». Но так ли это? Качество самолетов действительно не всегда отвечало требованиям. Состояние развития авиации и авиационной техники И. В. Сталин сам прекрасно знал, и маловероятно, что спрашивал об этом сына, цену которому хорошо знал. Можно предположить, что беседа сына с отцом в Потсдаме была толчком к уже сложившемуся решению, и очень маловероятно, что задумана была Василием преднамеренно. Ни А. А. Новиков, ни А. Н. Шахурин, ни другие работники авиационной промышленности никогда не были Василию конкурентами, он никогда не встречал с их стороны какого-либо противодействия, и, по свидетельству Бурдонской, они относились к Василию с симпатией. Так же относился к ним и он. Тем более что названные лица, да и другие, были арестованы в связи с попыткой фабрикации дела Маршала Советского Союза Г. К. Жукова.
Не убеждают также в достоверности этого факта и воспоминания Н. С. Хрущева: «В результате происков Берии и Маленкова против ленинградской тройки еще раньше возникло дело Шахурина… Шахурина арестовали за то, что в период войны он якобы допускал производство неисправных самолетов. Я в это время еще находился на Украине. Маленков позднее сказал мне, что Вася Сталин, сам летчик, пожаловался на Шахурина своему отцу, и Сталин приказал провести расследование…
Маршал авиации А. А. Новиков к началу ленинградского дела также находился в тюрьме. Его арестовали после войны за прием неисправных самолетов. Говорили, что и на него донес Вася Сталин. Я хорошо знал Новикова. Он командовал ВВС Советской Армии большую часть войны и во время Сталинградской битвы приезжал к нам в штаб. У него были недостатки. Он пил, возможно, больше, чем ему следовало, но он был преданным, честным и уважаемым человеком».
Скорее всего из высказываний Н. С. Хрущева следует вывод о большей вине Берии и Маленкова, а о причастности самого Василия к аресту названных лиц нет ни документальных подтверждений, пи свидетельств первых лиц.
В марте 1955 года Василий из Владимирской тюрьмы был перевезен в Москву, в Центральный госпиталь МВД СССР, и помещен в отдельную маленькую палату терапевтического отделения. Обострились его фронтовые болезни. Открылась язва желудка. Лечила его заведующая отделением Л. С. Сметанина. Врачам было категорически запрещено спрашивать что-либо у него, передавать кому-либо сведения о нем. Вел себя больной тихо, ничего лишнего себе не позволяя. Однажды во время приема в кабинете у начальника отделения, оставшись один, он набрал по памяти телефонный номер Г. И. Джеджелавы и, когда тот ответил, попросил навестить его. Вот воспоминания об этой встрече: «Мы встретились, расцеловались. Я впервые увидел на его глазах слезы, хотя он не переносил плачущих мужчин. Сказал, что ему очень плохо. Нет, со здоровьем все в порядке. Зачем его перевели в госпиталь? Он сам не знает. Считает, что все еще находится в заключении. Надо бы выпить за встречу, да ничего нет, он теперь себе не принадлежит. Я достал из портфеля бутылку доброго грузинского вина. Он опять прослезился. Сказал, что я — единственный из спортсменов, кто приехал в эти дни к нему».
Вскоре Василия вновь вернули во Владимирскую тюрьму. Сюда к нему приезжала сестра с женой, родственники, стремившиеся облегчить его участь. Вот как Светлана описывала эти дни: «Этого мучительного свидания я не забуду никогда. Мы встретились у начальника тюрьмы в кабинете. На стене висел огромный портрет отца, под которым сидел в своем кресле начальник тюрьмы, а на диване перед ним Василий. Он требовал от нас ходить, звонить, говорить о нем, где только можно, вызволить из тюрьмы. Он был в отчаянии и не скрывал этого. Он метался, ища, кого бы попросить, кому бы написать. Он писал всем членам правительства, вспоминал общие встречи, обещая, уверяя, что будет другим. Капитолина — мужественная, сильная духом женщина, говорила ему: „Не пиши никуда, потерпи, немножко осталось, веди себя достойно“. Он набросился на нее: „Я тебя прошу о помощи, а ты мне советуешь молчать“. Потом он говорил со мной, назвал имена лиц, к которым, как он полагал, можно обратиться. „Но ведь ты сам можешь писать кому угодно, — говорила я, — твои письма куда важнее, чем то, что я буду говорить“. После этого он прислал мне еще несколько писем с просьбой писать, убеждать. Мы с Капитолиной, конечно, никуда не ходили и не писали. Я знала, что Хрущев стремится помочь ему. Во Владимире Василий пробыл до января 1960 года. Потом меня снова вызвал Хрущев. Был план, по которому предложено было отпустить Василия, дать ему возможность жить в другом городе, сменив фамилию. Я сказала, что он, по-моему, не пойдет на это. Вскоре после этого Хрущев вызвал Василия и говорил с ним больше часа.