Тем не менее, не добившись дипломатического успеха, русская сторона продолжала освоение Дальнего Востока, что в итоге привело к столкновению с Циньской империей. В 1685 году маньчжурская армия вторглась в Албазинское воеводство и нанесла русским военное поражение. 26 июня крепость Албазин пала, не выдержав огня вражеской артиллерии. Русские отступили, однако уже год спустя крепость вновь была отстроена. На этот раз её земляные валы были способны противостоять артиллерийскому огню.
17 апреля циньский император Канси вновь отправил свою армию с приказом – захватить Албазин. После длительной осады, продлившейся до декабря 1686 года, императорские войска сумели вновь овладеть крепостью. Хотя на этот раз победа досталась китайцам ценой больших потерь – погибла почти половина их войска, русская сторона была вынуждена 27 августа 1689 года подписать Нерчинский мирный договор. По нему все русские поселения с южных берегов рек Амур и Аргунь перемещались на северный берег Аргуни, а российская часть Восточной Сибири оказалась отрезанной от Амура. Это привело к нарушению коммуникаций с русскими владениями на Тихом океане и затруднениям при ведении торговли с Японией и Кореей.
В XVIII веке Россия продолжила освоение Дальнего Востока. Русские поселения появились на Камчатке, Аляске и в Калифорнии. Но сообщение с новыми колониями проходило севернее Амура, через город Охотск. В свою очередь Китай, погрязший в многочисленных междоусобных войнах, также не спешил осваивать северные территории. Граница между Россией и Китаем в тот момент оказалась размытой, без четко обозначенных ориентиров.
Для уточнения рубежей между двумя империями 20 августа 1727 года был подписан Буринский договор. По нему, граница от сопки Абайгатау у реки Аргунь (где заканчивалась граница по Нерчинскому договору) до перевала Шабан-Дабага устанавливалась по естественным рубежам – рекам, горным хребтам, вершинам и перевалам. Таким образом, граница между Китаем и Россией была демаркирована. Кроме того, 21 октября того же года был подписан Кяхтинский трактат, в который помимо текста Буринского договора вошли условия развития российско-китайской торговли.
В XIX веке Китайское государство окончательно ослабло и попало под влияние европейских держав – Англии и Франции, и США осваивали не только Китай, но и весь Дальний Восток. Россия, ставшая к тому времени сильной мировой державой, наряду с другими ведущими государствами той поры включилась в гонку за обладание дальневосточными землями.
В 1805 году в Пекин была направлена русская дипломатическая миссия во главе с графом Головкиным. Однако китайские чиновники оставались в своем репертуаре. После прибытия посольской миссии, столицу Монголии Ургу графу предложили отрепетировать церемонию высочайшей аудиенции. При этом китайские сановники прикрепили табличку с именем императора на стене одной из комнат и потребовали, чтобы русский посол встал на четвереньки и таким образом, не поднимая головы, приблизился к табличке. Примечательно, что грамота русского императора должна была лежать у него на спине, на специальной подушечке. Граф категорически отказался выполнить эти требования и получил отказ во въезде в Китай.
Между тем Россия продолжала расширяться, продвигаясь курсом на восток, активно осваивая устье Амура и побережье Японского моря к югу от Татарского пролива. Территории на левом берегу Амура и к востоку от Уссури фактически не контролировались Китаем. Это позволило российской стороне вслед за Приамурьем освоить Приморье. У проекта сразу же появилось немало противников, одним из которых был канцлер Несельроде. Канцлер боялся, что подобный шаг не понравится Англии. Нессельроде докладывал императору Николаю I. о том, что Муравьев «поссорит нас с Европой». Муравьев же во время встречи с императором сказал: «Время не ждет, Ваше Величество! Иностранные державы могут опередить нас. Россия должна восстановить свое присутствие на Дальнем Востоке».
Пока в столице не могли сделать решительный шаг, представители России заселяли Приамурье так называемым «явочным» порядком. Казаки самостоятельно сооружали поселения на берегу Амура. Глядя на это, в 1854 году Николай Муравьев решил поддержать это движение на восток без указаний из Петербурга и взять под контроль территорию Приамурья и Приморья. В мае 1854 года состоялся первый сплав поселенцев по течению Амура. Поселенцы сплавлялись на специально построенных судах. В основном это были казаки и крестьяне с семьями, а также воинские подразделения. На судах было большое количество оружия и продовольствия. Они были предназначены для крепостей и застав, которые предполагалось выставить вдоль берега Амура. Флотилия из судов спустилась по реке Шилке, и спустя четыре дня вышла в Амур. Впереди флотилии шло судно губернатора, который лично руководил экспедицией.