Ситуация складывалась критическая. Если северную часть внутренних помещений удалось зачистить одним ударом, воспользовавшись фактором неожиданности, то укрепленные точки, установленные на крыше, так и не удавалось подавить. Капитан Дов Бар отдал приказ группе Амнона Софера подняться на крышу крепости и поддержать захлебнувшуюся атаку. По спинам друг друга бойцы поднялись на крышу и присоединились к Ами Аялону и Залману Роту.
Один из бойцов группы Амнона Софера, сержант по имени Диди Гароль решился на отчаянный шаг. Под прикрытием автоматного огня он подбежал к пулеметной точке на расстояние приблизительно 30 метров и закидал ее осколочными гранатами. Однако взрывов так и не последовало. Как выяснилось потом, практически все гранаты и взрывные устройства из-за долгого пребывания в воде пришли в негодность. Диди Гароль бросился на укрепленную точку с одним личным оружием и тут же получил пулю в верхнюю часть бедра. Пройди пуля несколько левее, она непременно перебила бы артерию, лишив Диди всяких шансов. На какие-то секунды он был выведен из сознания сильным болевым шоком и еще некоторое время продолжал лежать на совершенно открытом, простреливаемом со всех сторон участке крыши. Один из бойцов попытался оттащить его в безопасное место, однако со стороны укрепленной точки полетели гранаты. Диди Гароль вновь получил ранения, несколько осколков в лицо и грудь. Пуля прошла навылет, раздробив ногу чуть ниже тазобедренного сустава. Только неимоверным усилием воли ему удавалось сохранить сознание.
Во время непродолжительного крайне ожесточенного боя первая волна десанта смогла взять под свой контроль несколько зенитных и пулеметных точек, размещенных на крыше в северной части крепости, а также зачистить радарную башню и несколько внутренних помещений. Однако во время захвата плацдарма морские коммандос израсходовали практически весь свой боекомплект, а вторая волна десанта даже не приблизилась к острову. Дальнейшее продвижение было невозможно. Почти треть личного состава получила ранения. Боеприпасы были на исходе. Ничего иного не оставалось, как закрепиться на захваченном участке крепости и ожидать прибытия второй волны десанта.
Капитан Дов Бар попытался выйти на связь со штабом операции, однако, кроме шума в трубке, он так ничего и не услышал. Тогда он выпустил в небо две сигнальные ракеты, означавшие, что плацдарм высадки захвачен и удерживается. Ситуация сложилась более чем критическая. Оправившись от первого шока, египтяне перешли в атаку, желая сбросить израильских коммандос в море. К тому же египетская береговая артиллерия открыла ураганный огонь по острову, невзирая на то, что бóльшая его часть продолжала оставаться под контролем гарнизона крепости. Быть может, только это и позволило израильтянам удержаться на захваченном плацдарме, поскольку египтянам пришлось искать убежище от снарядов собственной береговой артиллерии.
Когда береговая артиллерия прекратила огонь, египтяне вновь бросились в атаку. Понимая, что иного выхода в сложившейся ситуации нет, капитан Дов Бар решился на отчаянный шаг, приняв решение перейти от обороны в контратаку на египетские укрепленные точки, которые по первоначальному замыслу отводились на долю «Сайерет Маткаль». Старшина Хаим Штурман и сержант Йоав Шахар выскочили из укрытия и бросились по крыше вдоль искусственной бухты к самой крайней укрепленной точке. Захват ее мог в корне изменить ход боя еще до прибытия второй волны десанта «Сайерет Маткаль» и резервной группы «Шайетет-13». Необходимо было только миновать крышу здания и соскочить на землю, чтобы оказаться в непростреливаемой зоне, а затем вплотную приблизиться к укрепленной точке и попытаться закидать ее оставшимися гранатами. Когда уже оставались считаные метры до мертвой зоны, неожиданно блеснула ослепительная вспышка и раздался оглушительный взрыв. По всей видимости, один из египетских солдат метнул на крышу здания связку ручных гранат или другое взрывное устройство. Старшина Хаим Штурман и сержант Йоав Шахар погибли на месте. Один из бойцов «Шайетет-13» спрыгнул во двор и автоматной очередью скосил египетского солдата.
Тем временем израильтянам удалось прорваться к трупам своих товарищей и оттащить их к месту высадки второй волны десанта.
Их лодки находились в 600 метрах от острова Грин и по расчетам должны были достигнуть объект за считаные минуты. Но высадка произошла только в 02:00. Несмотря на то что каждая минута для находившихся на острове была критической, второй волне десанта понадобилось более 20 минут, прежде чем начать высадку. Как выяснилось, расстояние от места ожидания до крепости оказалось намного больше, чем предполагали в штабе операции. К тому же у некоторых лодок неожиданно возникли неполадки с моторами.