В 02:15 подполковник Зеэв Альмог связался по рации со штабом операции. Оценив ситуацию, начальник Генерального штаба генерал-лейтенант Хаим Бар-Лев отдал приказ к подготовке отхода и минированию крепости. В целом десант выполнил поставленную задачу, гарнизон крепости был раздавлен, египтяне деморализованы, и сейчас в первую очередь было необходимо спасти уцелевших спецназовцев.
Тем временем командир «Сайерет Маткаль» подполковник Менахем Дигли через мегафон призывал египетских солдат на арабском языке прекратить сопротивление. Не могло идти и речи, чтобы начать отход, оставляя у себя за спиной противника. В то время как морские коммандос и «Сайерет Маткаль» зачищали внутренний двор и помещения, все взрывные устройства были снесены в большой зал, расположенный в северной части крепости, недалеко от радарной башни. Первоначальный план подразумевал закладку взрывчатки в нескольких местах, однако развитие событий внесло свои коррективы. Бригадный генерал Рафаэль Эйтан решил ограничиться одним мощным взрывом, который следовало произвести уже после того, как лодки с десантом выйдут в залив. Во-первых, чтобы не погибли свои же бойцы, во-вторых, на некоторое время этот мощный взрыв мог бы послужить прикрытием, что позволило бы как можно дальше отойти от крепостных стен.
Пока северную часть крепости подготавливали к взрыву, в суматохе боя к зданию смогли пробиться несколько египетских солдат. Капитан Шауль Зив, в будущем командир «Шайетет-13», вместе с еще одним бойцом своей группы выбежал во двор и несколькими автоматными очередями отбил неожиданную атаку, которая могла бы обернуться настоящей катастрофой. К северной части были стянуты все раненые. Неожиданно во дворе прогремел мощнейший взрыв. По всей видимости, произошла детонация боеприпасов, находившихся на территории крепости. От неминуемой смерти израильских коммандос спасла бетонная стена, которая приняла на себя основную часть взрывной волны. Внушительный осколок бетонной стены, с торчащей железной арматурой, отлетев в сторону, серьезно повредил капитану Зиву ступню. Пересиливая нестерпимую боль, он остался в строю и наотрез отказался отойти с первыми лодками.
Несмотря на то что во дворе бой был в самом разгаре, и разгром египетского гарнизона был лишь вопросом пяти — максимум десяти минут, подполковник Дигли был вынужден подчиниться приказу и подать сигнал к отступлению. Перейдя от атаки к обороне, бойцы «Сайерет Маткаль» и «Шайетет-13» стали постепенно отходить к северной части крепости. Агонизирующее, но еще дышащее тело рядового Юваля Мерона обвязали канатом и вытянули на крышу. Затем поднялись остальные бойцы. Одновременно с отходом двое бойцов «Сайерет Маткаль» неожиданно атаковали две последние укрепленные точки противника, с которых время от времени велся огонь по отступающим. Воспользовавшись мощным огневым прикрытием, бойцы смогли приблизиться к египтянам на близкое расстояние и закидать одну из укрепленных точек ручными гранатами. Однако дальнейшее развитие атаки стало невозможным, поскольку начали рваться боеприпасы. Ничего иного не оставалось, как вернуться, оставив у себя за спиной последнюю укрепленную точку египетского гарнизона.
Возвращение с острова после окончания операции было невероятно тяжелым. В первую очередь на лодки погрузили тела убитых и раненых, тех, кто не в состоянии был перемещаться самостоятельно. Лодок не хватало на всех. Больше половины из них было отброшено в море или затоплено. Ситуация еще более усложнилась, после того как выяснилось, что канат, к которому было привязано подводное снаряжение, оборвался, и акваланги запутались в рядах колючей проволоки. Попытаться высвободить их под ураганным обстрелом египетской береговой артиллерии не представлялось возможным.
С огромным трудом удалось вытащить из-под обстрела тело капитана «Сайерет Маткаль» Эхуда Рама. Его с телами двух других погибших погрузили в лодку, готовую по первому сигналу выйти в море в направлении израильского берега. Чтобы не запутаться в счете, сколько бойцов отступило, сколько осталось, в каждой лодке размещалось одинаковое количество человек. В 02:25 от крепости в направлении Рас-Судара отошли первые четыре лодки, на которых в сопровождении врача и санитаров были эвакуированы большинство раненых.
Когда группа бойцов, находившаяся вместе с подполковником Менахемом Дигли во внутреннем дворе крепости, поднялась на крышу, командир «Сайерет Маткаль» обратил внимание на то, что отсутствовал один из его бойцов, 22-летний сержант Дани Ваза. Последний раз его видели, когда спускались во внутренний двор, чтобы поддержать атаку морских коммандос. Не желая подвергать опасности всех бойцов, командир «Сайерет Маткаль», взяв с собой одного человека, лично решил вернуться во внутренний двор. Вооружившись фонарем, он спустился вниз и метр за метром стал осматривать место боя. После того как поиски не увенчались успехом, он вернулся на крышу и, осматривая прибрежную насыпь, сразу же обнаружил у самой кромки воды тело своего бойца, запутавшееся в рядах колючей проволоки. Так как не представлялось никакой возможности спуститься к воде, Дигли вернулся к точке общего сбора и, взяв с собой нескольких бойцов, на двух моторных лодках обогнул крепость и вышел к месту, где было обнаружено тело сержанта. Спрыгнув в воду, бойцы «Сайерет Маткаль» стали резать колючую проволоку, чтобы подобраться к телу своего товарища, и обнаружили труп еще одного израильского спецназовца. Им оказался старшина «Шайетет-13» 22-летний Дани Леви. Таким образом, число погибших составило шесть человек, десятая часть десанта, если учитывать, что в операции участвовало в общей сложности 60 человек. Никогда спецназ не нес таких больших потерь.