Тем временем в оперативном штабе продолжались переговоры с угонщиками. Абу Снейна, измученный бессонной ночью и нервным напряжением, был готов в любую секунду начать расстреливать заложников. Эхуду Бараку необходимо было выиграть около часа, чтобы окончательно завершить подготовку к операции. Виктор Коэн продолжал успокаивать террористов лестью и обманом. Он передал, что министр обороны Израиля готов удовлетворить все требования «Черного сентября», поскольку «Израиль еще никогда не имел дело со столь серьезными людьми, которые держат слово». Он передал угонщикам, что все 315 заключенных уже находились в автобусах по дороге в Лод.
Нужно подождать еще час, чтобы доставить колонну заключенных по забитым автомобилями израильским дорогам. Абу Снейна потребовал, чтобы гарантом и контролером сделки выступил Красный Крест. Виктор Коэн подтвердил, что на всех этапах обмена будут присутствовать представители этой организации. Тем временем Виктор Коэн предложил Абу Снейне передать через сотрудников Красного Креста воду и еду. Он также сообщил угонщикам, что для перелета самолета в Каир следует провести техническую проверку и дозаправку. Абу Снейна согласился подпустить к самолету техников EL AL в обязательном сопровождении представителя Красного Креста. Террористы почему-то думали, что посредничество и контроль Красного Креста обеспечат им большие гарантии.
В это время Эхуд Барак инструктировал своих людей. 15 бойцов были разделены на пять штурмовых групп. Первая группа под командованием Дани Ятома, заместителя командира «Сайерет Маткаль», должна была ворваться в салон самолета через переднюю дверь рядом с кабиной пилотов и нижний аварийный люк в носовой части. Первым в группе шел Ицик Ганон. Вторая группа, ведомая Узи Даяном, племянником министра обороны, должна была проникнуть в салон через дверь в хвосте самолета. Третья группа Омера Эрана должна действовать через аварийный люк над правым крылом. Группе Мордехая Рахамим предстояло первой ворваться в салон самолета через аварийный люк над левым крылом. Следом за ней следовала пятая группа Биньямина Нетаньяху. Сам подполковник Барак должен был занять место под фюзеляжем самолета, чтобы руководить всей операцией, согласовывая действие всех штурмовых групп, спасательных служб, и поддерживать связь с оперативным штабом. Внутри самолета командование взял на себя заместитель Барака майор Дани Ятом. Чрезвычайно важно было действовать быстро и одновременно. Поэтому командиры групп, выйдя на исходные позиции, должны были руками подать Эхуду Бараку знак о готовности. По условленному свисту Барака ровно через 10 секунд все группы должны были начать штурм.
Барак предупредил своих бойцов, чтобы на протяжении всего пути к самолету они вели себя как техники EL AL и не вызывали подозрения не только у террористов, но и у сотрудников Красного Креста. Никто, кроме бойцов «Сайерет Маткаль» и двух сопровождавших их техников EL AL, не знали о подготовке к штурму. Если бы что-то вышло из-под контроля, террористы открыли бы стрельбу или возникла любая другая внештатная ситуация, бойцы должны были без промедления броситься на свои исходные позиции и начать штурм.
Особая роль отводилась Мордехаю Рахамим. Перед началом операции начальник Генерального штаба Давид Эльазар лично его проинструктировал: «Что бы ни происходило внутри, ты в первую очередь нейтрализуешь взрывное устройство. Успех всей операции зависит от тебя, мы верим в тебя». Предположительно взрывное устройство находилось слева, в двух рядах от аварийного люка, в который должен был ворваться Мордехай Рахамим. Фактически весь штурмовой отряд выполнял функцию огневой поддержки Мордоха, и он вообще не должен был использовать свой пистолет, действуя под прикрытием остальных групп. Но, как показали дальнейшие события, всё сразу пошло не по плану. Рахамиму первому пришлось принять бой и выполнить основную зачистку. Сами спецназовцы потом шутили: «БÓльшую часть работы выполнил Мордох, мы, можно сказать, были лишь его статистами…»
Итак, 9 мая 1972 года примерно в 16:00 началась антитеррористическая операция, получившая кодовое название «Изотоп». Со времени захвата бельгийского авиалайнера Sabena прошло более 22 часов. Спецназу «Сайерет Маткаль» предстояло впервые провести операцию по спасению заложников в закупоренном заминированном самолете, захваченном террористами-смертниками. До этого дня никто в мире не предполагал, что такое вообще возможно.