Подполковник Барак первым соскочил с тягача и приблизился к самолету. Ему был хорошо виден Абу Снейна, который смотрел на него через иллюминатор в кабине пилота, намеренно выставив свой Magnum 11-го калибра. В сравнении с пистолетами Beretta 22, которыми были вооружены бойцы «Сайерет Маткаль», это была настоящая «пушка». Барак осторожно взглянул на часы. Он понимал, что террористы, не спавшие уже более двух суток, «потеряли цепкость глаза». Абу Снейна попросил пилотов обыскать Барака. Командир «Сайерет Маткаль» расстегнул свой комбинезон, и бельгиец произвел поверхностный обыск. Конечно, он заметил спрятанный за спиной пистолет, но не подал виду. На всякий случай Барак улыбнулся и спокойно произнес: «Это для самозащиты». Бельгийский пилот развернулся к кабине самолета и жестом показал, что всё чисто. Абу Снейна высунул руку с пистолетом и махнул: «Следующий!» Бойцы «Сайерет Маткаль» по очереди подходили к пилотам, распахивая перед ними свои белые комбинезоны. Один из бельгийцев, обыскивая Марко Ашкенази, коснувшись пистолета, улыбнулся и тихо произнес на английском: «Good luck!» Проверка заняла около 20 минут. Можно было только восхищаться хладнокровием бельгийцев, хотя все прекрасно понимали, что, к своему счастью, на борт они уже едва ли успеют подняться. Как минимум двух заложников уже удалось спасти. Можно было попытаться в последнюю минуту вытащить и командира Реджинальда Леви. Для этого под кабину пилота под предлогом зарядки бортовых аккумуляторов подогнали генератор, чтобы в случае крайней необходимости пилот имел возможность выпрыгнуть из иллюминатора на генератор.
Как только «Сайерет Маткаль» оказался под фюзеляжем самолета, штурмовые группы распределились по своим местам. Пока подносили приставные лестницы, бойцы специально стучали по корпусу самолета и четырем двигателям, создавая видимость технических работ. Сразу возникла первая неучтенная проблема. Из-за генератора, установленного под кабиной пилотов, группа Дани Ятома не смогла прислонить свою лестницу к передней двери самолета. Подполковник Барак поднял руки, что означало: «Всем приготовиться и ждать команды к штурму». Это движение заметили бельгийские пилоты и двое техников EL AL, ожидавших у тягача с тележками. Поняв, что сейчас начнется штурм, они в панике бросились бежать от самолета. Это был самый критический момент в операции — если бы террористы, наблюдавшие за всем происходящим из иллюминаторов, заметили бегство, они сразу разоблачили бы истинные намерения израильтян. Положение мог спасти только немедленный штурм.
Эхуд Барак в 16:24 свистом подал команду к началу штурма. Но свист Барака услышали не все. Биньямин Нетаньяху находился по другую сторону самолета, командир последней штурмовой группы Узи Даян оставался у хвостового выхода. Из-за отвлекающего шума они не услышали сигнал к штурму. Заметив активизацию остальных штурмовых групп, Узи Даян подбежал к Бараку прояснить ситуацию. Это недоразумение стоило 15 секунд задержки, и группы Нетаньяху и Даяна ворвались в салон самолета позже, когда внутри салона уже шла стрельба. Также произошла заминка и в группе Дани Ятома, но уже по техническим причинам. Поэтому, вместо того чтобы параллельно ворваться с пяти точек: переднего и хвостового выходов и трех аварийных люков, атака началась лишь с одной стороны — с аварийного люка над левым крылом.
Сейчас с полной точностью невозможно во всех деталях описать операцию: кто первым поразил террористов, в какой очередности, кто за кем следовал, кто кого прикрывал огнем. Всё произошло так быстро, что даже непосредственные участники тех событий в полной мере не могут воссоздать общую картину. Первым через левый аварийный люк ворвалась группа, ведомая Мордехаем Рахамим. У него был приказ не открывать огонь, а уклоняться от боя и продвигаться к взрывным устройствам, оставив террористов на попечение остальных групп. Аварийный люк с грохотом вылетел в салон самолета, и Мордох, пригнувшись к днищу корпуса, вбежал внутрь. Из-за кресел он не сразу заметил Абд эль-Азиза эль-Атраша — тот находился слева от него и с расстояния трех метров вел стрельбу в открывшийся аварийный люк. К счастью, все пули прошли над головой в обшивку салона. Рахамим отпрыгнул назад, и следом за ним в салон буквально пронырнул Омер Эран. Он попытался открыть огонь по террористу, но в этот момент пожилая заложница со страху ухватила его за штанину комбинезона у самой щиколотки. В салоне началась паника. Пассажиры кричали в истерике и падали друг на друга на пол между креслами. Стараясь высвободить ногу, Омер нанес женщине сильный удар кулаком в лицо. Она наконец-то разжала мертвую хватку, и Омер смог подняться и выпустить несколько пуль в эль-Атраша. Тем временем Мордехай Рахамим вернулся в салон и, прикрываясь сиденьями, начал продвигаться в сторону террориста, опустошая свою обойму. Развитие событий внесло коррективы в начальный план. Приказ обезвредить взрывное устройство отменился сам собой. Шаг за шагом Мордох приближался к террористу, стреляя на ходу, не давая ему возможность высунуться в проход. Неожиданно патроны закончилась, и Мордехай Рахамим нырнул между креслами сменить обойму. Слева от себя он заметил женщину, бившуюся в истерике. Как выяснилось позже, это была Дора, супруга командира экипажа. Рахамим крикнул ей на английском: «It will be OK, don’t worry! [34]» Выглянув в проход, он увидел лежащего на полу, харкающего кровью Абд эль-Азиза эль-Атраша. Он уже не представлял опасности, и Мордох просто не стал расходовать на него патроны, а перескочил через него к проходу у кабины пилотов, где уже завязалась перестрелка между группой Дани Ятома и главарем террористов Абу Снейной.