В начале XIII века Дагестан переживает опустошительные набеги монголо-татар, впервые появившихся на Кавказе в 1220 году. После нападения на Грузинское царство разведывательные отряды Чингис-хана под предводительством Субэдэ и Джебе напали и на Дербентское княжество. Жители Дербента оказали упорное сопротивление монголо-татарам и не пропустили их в город, через который пролегал наикратчайший и удобный путь на Северный Кавказ. Монголо-татары в 1222 году прошли на Северный Кавказ через центральный Дагестан, видимо, через лезгинские, лакские и аварские земли.
В 1227 году отряды монголо-татар вновь появились в Дербенте, но основные их действия в Дагестане относятся к 30-м годам XIII в. В 1229 г. под ударами монголов пал Дербент, и вскоре Дагестан был включен в состав Золотой Орды. С образованием на территории Дагестана государства Хулагидов частыми стали кровавые походы монгольских ханов. Длительные войны между Золотой Ордой и государством Хулагидов и грабительская политика монголов привели Дагестан в состояние разорения и истощения. В 1385–1396 гг. для Дагестана вновь повторились времена Чингис-хана. В конце XIV в. предпринял поход золотоордынский хан Тохтамыш. Вслед за ним с большим войском в Дагестан вторгся Тимур, полчища которого в течение ряда лет опустошали дагестанские земли, грабили села и города. Во время нашествия Тимура в Дагестане происходили непрерывные выступления народных масс. В борьбе против Тимура объединились кайтаги, кумыки, акушинцы, лакцы, аварцы.
Только после распада державы Тимура Дагестан освободился от иноземных угнетателей. В этот период получило дальнейшее развитие устно-поэтическое народное творчество. Предпри нимаются новые попытки к созданию письменности на родных языках. Появились исторические сочинения, написанные местными людьми на арабском языке, такие как «Тарихи-Дагестан» (охватывает события XIII–XIV вв.), приписываемые Мухамеду Рафи, и «Дербенд-наме» Мухамеда Аваби из Акташа, описывающего события V–X вв.
К этому же времени относится завершение процесса исламизации Дагестана. Так как культура народов Дагестана сложилась задолго до появления арабов на Кавказе, то с принятием ислама дагестанцы не только восприняли достижения арабской культуры, но и сами приняли участие в создании так называемой мусульманской культуры. В XVI–XVII вв. широкую известность получили на мусульманском Востоке дагестанские ученые Магомед Кудутлинский, Дамадан Мугинский, Тайгиб Харахинский, Шабан Ободинский и другие.
В конце XV в. наблюдается резкое обострение внутриполитических отношений в Дагестане. В то время, как в Восточной Европе с распадом Золотой Орды шел процесс консолидации народностей и образования национальных государств, в Дагестане происходит совершенно противоположное. В Дагестане, в частности в Кумыкии и Кайтаге, идет распад, дробление ранее крупных и сильных политических объединений на мелкие уделы. Конечно, не падение власти татарских ханов, а сдвиги, происшедшие в социально-экономической жизни, сыграли в этом решающую роль.
После освобождения от власти татарских ханов Дагестан столкнулся с рядом трудностей экономического и политического характера. Трудности экономического порядка заключались в том, что Дагестан оставался очень отсталой страной. Земледелие и скотоводство, пришедшие в упадок в результате многочисленных войн на территории Дагестана, еще только возрождались. Но в Дагестане не было своей промышленности, не было и крупных городов, за исключением таких феодальных городов, как Дербент, Тарки и Эндирейаул. В основе экономической жизни Дагестана в одной его части лежал феодальный способ производства, а в другой – полупатриархальные общинные отношения. Феодальные и племенные объединения были экономически изолированы друг от друга. При такой отсталости и экономической раздробленности нечего было и говорить о сколько-нибудь значительном подъёме производительных сил.
Трудности социального порядка заключались в том, что классовые отношения в Дагестане были неразвиты и неравномерны.
Так, например, в дагестанских ханствах горские крестьяне находились в разной степени феодальной зависимости, а в так называемых вольных обществах крестьяне считались свободными, в то же время в общинах имелись рабы. Так, в зависимости от способа производства общественный строй Дагестана носил характер или феодальный, или патриархально-общинный. Следствием этого была неразвитость классовых отношений у большинства населения Дагестана.