Чтобы избежать худшего, следовало свергнуть Паредеса и создать правительство из настоящих патриотов. Движение против Паредеса возглавил лидер «чистых» либералов Гомес Фариас. Его сторонники в провинциях готовились к захвату власти. В Оахаке патриотов поднял на борьбу Хуарес. Но «чистые» были безоружны. Они могли рассчитывать на успех, только заручившись поддержкой части офицерства. А помочь им в этом мог все тот же Санта-Анна, имевший своих сторонников в армии. Гомес Фариас решил в интересах дела принять услуги Санта-Анны, поверив его заверениям, что он будет послушно выполнять указания «чистых». Разумеется, Гомес Фариас тогда не знал, что еще в период отделения Техаса Санта-Анна запродался американцам.
Договорившись с Гомесом Фариасом о совместных действиях, Санта-Анна поспешил вновь предложить свои услуги американцам. Из Гаваны, где он тогда находился, Санта-Анна известил президента США Полка, что, придя к власти, уступит американцам за 30 миллионов долларов любую часть мексиканской территории. Предложение Санта-Анны явилось для Полка сущей находкой, тем более что в США противники рабовладельцев резко осуждали грабительскую войну против Мексики и даже призывали американцев — сторонников свободы — сражаться на стороне мексиканцев.
Выступал против войны и Линкольн. В конгрессе, депутатом которого он являлся, Линкольн заявил, что «кровь, пролитая в этой войне, обличает Полка, подобно крови Авеля». Затяжная война в Мексике угрожала Полку не только серьезными внутренними, но и внешними осложнениями: Англия решительно выступала против территориальной экспансии США.
Президент Полк охотно пошел на сделку с предателем Санта-Анной, приказав американскому флоту, блокировавшему побережье со стороны Мексиканского залива, не чинить препятствий для его возвращения в Мексику из Гаваны.
В августе 1846 года либералам при содействии Санта-Анны удалось свергнуть Паредеса и захватить власть. Вскоре состоялись выборы в конгресс, который избрал президентом Санта-Анну, а вице-президентом — Гомеса Фариаса. Санта-Анна возглавил армию, заверяя население, что не только приостановит продвижение американских войск к столице, но и изгонит их из пределов страны, освободит Техас и чуть ли не завоюет Вашингтон.
В Оахаке с падением диктатуры Паредеса власть перешла к триумвирату в составе генерала Диаса — участника войны за независимость, Артеаги — сторонника Санта-Анны — и Хуареса, представлявшего левое крыло либералов. Некоторое время спустя временным губернатором штата Оахака был назначен Артеага, а исполняющим обязанности председателя верховного суда штата — Хуарес. На состоявшихся в том же году выборах в национальный конгресс левые либералы одержали победу, Хуарес был избран депутатом от Оахаки.
В декабре 1846 года Хуарес впервые прибывает в Мехико, где активно включается в работу конгресса.
Положение республики в то время было катастрофическим. Пользуясь предательством главнокомандующего мексиканской армии Санта-Анны, американцы одерживали одну победу за другой и медленно, но неуклонно приближались к столице. Правительство во главе с Гомесом Фариасом создало для борьбы с захватчиками народное ополчение — Национальную гвардию, однако во главе ее оказались сынки аристократов и богатеев, прозванных в народе «полькос» из-за их увлечения танцами, в особенности модной тогда в Мексике полькой.
Полькос, увешанные иконками — эскапуляриос и крестами, воинственные патриоты на словах, на деле и не помышляли сражаться с американцами. Они прожигали жизнь в столице, устраивая дебоши и понося «нечестивых» либералов.
Защита страны от американских агрессоров требовала все больших и больших расходов, но казна, как обычно, была пуста. Помещики и церковники, располагавшие огромными средствами, не несли никакого бремени по защите родины, они даже отказывались платить налоги. Гомес Фариас был вынужден на одну четверть сократить жалованье чиновников. Он обратился к спекулянтам — в Мексике их называли ажиотистами — за займом, но те потребовали соответствующих гарантий обеспечения. Дать такое обеспечение правительство попросило церковь, в «мертвых руках» которой находились поместья и недвижимое имущество стоимостью в сотни миллионов песо. Церковь, оказывавшая в период войны за независимость не только моральную, но и существенную материальную помощь испанским колонизаторам, категорически отказалась гарантировать правительственный заем и тем более предоставить его сама.