Напрасно власти взывали к патриотизму церковников, напоминая, что победа американцев-протестантов гибельно скажется на интересах католической религии в Мексике. Духовенство оставалось глухим к такого рода призывам. Привыкнув служить колонизаторам и люто ненавидя идею независимости, которая подорвала ее влияние на массы, духовенство явно симпатизировало американским захватчикам, встречая их повсеместно колокольным звоном.
Убедившись, что просьбами и призывами к патриотической сознательности у церковников не заполучить ни гроша, Гомес Фариас вновь предложил конгрессу конфисковать церковную собственность на сумму в 15 миллионов песо и использовать ее на нужды обороны. Хуарес и другие пурос энергично поддержали это предложение, и конгресс его одобрил, однако осуществить конфискацию и на этот раз не удалось. Церковники и прочие предательские элементы в ответ подняли очередной мятеж во главе с полькос.
Гомес Фариас смог при поддержке населения нанести поражение мятежникам, когда в столицу явился с лаврами победителя Санта-Анна. Незадолго до этого его войска неожиданно для него самого в сражении при Ангостуре отбросили американские части, взяв пленных, знамена и другие трофеи. Такой исход сражения не входил в расчеты ни американцев, ни их агента и невольного победителя Санта-Анны. Последний «великодушно» отказался от плодов победы, отпустил 400 пленных американских солдат и, вместо того чтобы продолжать наступление, повернулся к врагу спиной.
Когда сведения о мятеже полькос дошли до Санта-Анны, он бросил на произвол судьбы своих солдат и поспешил в столицу «спасать родину». Здесь, используя симпатии населения, приветствовавшего в его лице победителя американцев, Санта-Анна возглавил мятежников, отстранил Гомеса Фариаса от власти и изгнал его из страны. Вслед за тем Санта-Анна отменил закон о продаже церковного имущества. Сделал это он не бескорыстно. Церковники в знак благодарности преподнесли своему спасителю королевский подарок — 2 миллиона песо наличными. Санта-Анне, несомненно, везло. В его услугах нуждались американцы и местные реакционеры, причем и те и другие готовы были щедро за них платить.
С падением Гомеса Фариаса в Мексике вновь начались гонения на левых либералов. Хуареса и его единомышленников изгнали из конгресса. Реакционеры во главе с предателем Санта-Анной делали все возможное, чтобы открыть дорогу американским войскам в столицу. По приказу Санта-Анны был без боя сдан американцам порт Тампико. В марте 1847 года американцы после жестоких боев захватили Веракрус, откуда предприняли наступление на столицу Мексики. По дороге при Серро-Гордо американцы нанесли тяжелое поражение мексиканской армии, брошенной на произвол судьбы все тем же Санта-Анной. Почти вся мексиканская артиллерия попала в руки американцев. В мае американцы заняли Пуэблу, важный центр на полпути к столице, где церковники встретили их как избавителей от «тирании» либералов благодарственными молебнами.
Мстя мексиканским патриотам, оказывавшим вопреки предательству Санта-Анны и церковников ожесточенное сопротивление агрессору, американские войска совершали чудовищные жестокости, грабили и насиловали гражданское население. Американский офицер Отто Циркель, участник этого похода, в своем дневнике, выдержки из которого опубликовал в 1851 году журнал «Отечественные записки», так описывает поведение захватчиков, вступивших в город Хуамантлю: «Пехота, артиллерия, кавалерия — все с остервенением бросились в дома; после тяжелых дней марша, трудов и лишений солдаты уже не знали никакой меры. Напившись допьяна, они начали разбойничать; множество невинных жертв было поднято на штыки. В отвратительных оргиях и зверском буйстве застала их ночь; медленно, поодиночке собирались всю эту ночь усталые и обремененные добычею солдаты к своим бивакам, и до самого утра вокруг бивачных огней не умолкали рассказы о совершенных преступлениях. С рассветом следующего дня начали приходить на бивак остальные солдаты со множеством одежды, шалей, кусков материи, домашнею утварью, лошадьми, ослами и проч. и проч., по всему лагерю открылся рынок, мена, брань и драки».