Между тем в провинциях, в том числе в Оахаке, местную власть захватили ставленники его «светлейшего высочества». Одним из первых актов нового губернатора Оахаки генерала Мартинеса было удаление Хуареса с поста директора Института наук и искусств и с должности профессора. Но этого самозванному губернатору показалось недостаточно, и он поручил некоему Максимо Ортису убить Хуареса. Ортис, в прошлом один из единомышленников Хуареса, перебежавший затем в стан реакции, нанял напротив резиденции дона Бенито дом и 9 марта 1853 года, когда Хуарес сидел со своей супругой Маргаритой на балконе, выстрелил в него, но промахнулся. Хуарес встал, ушел в комнаты, откуда вернулся с пистолетом и крикнул Ортису: «Если ты хочешь убить меня, то сделай это лицом к лицу». Ортис отказался от предложенной дуэли и поспешил скрыться из города.
По приказу Санта-Анны левых либералов смещали с постов, подвергали различным гонениям, арестовывали, высылали из страны. Такой же участи подвергся вскоре и Хуарес. 27 мая по приказу губернатора он был арестован и выслан, сопровождаемый кавалерийским эскортом, в город Халапу, штат Веракрус, причем по дороге один из солдат выстрелил в него, пытаясь убить. К счастью Хуареса, и этот убийца промахнулся.
В Халапе Хуарес был отпущен на свободу и некоторое время жил под наблюдением местных властей. В начале сентября он был вновь арестован лично сыном диктатора Хосе Санта-Анной и заточен в крепость Сан-Хуан-де-Улуа. Там он содержался в сыром каземате вплоть до 9 октября, когда ему было объявлено, что по приказу «светлейшего высочества» его высылают в Европу. Хуареса препроводили на английский корабль «Авон», который в тот же день отплыл из Веракруса в Гавану. Здесь Хуаресу удалось покинуть корабль. Он надеялся, что из Гаваны сможет переправиться в Новый Орлеан, являвшийся в то время центром мексиканской политической эмиграции в Соединенных Штатах.
Между тем донья Маргарита после ареста мужа уехала в провинциальный городок Эглу, где при помощи друзей открыла лавчонку, что позволило ей содержать семью. Узнав, что Хуарес находится в заточении в крепости Сан-Хуан-де-Улуа, она направила к нему своего брата Хосе-Марию Macy с небольшой суммой денег. Maca, не застав Хуареса в Улуа, последовал за ним в Гавану, где они оба нанялись матросами на корабль, отходивший в Новый Орлеан, куда прибыли в начале 1854 года.
В Новом Орлеане Хуареса и Macy радушно встретили проживавшие в городе мексиканские изгнанники. Они создали здесь Революционный комитет с целью свержения режима Санта-Анны и установления в Мексике демократического правительства. Президентом этой организации состоял Мельчор Окампо, левый либерал, бывший губернатор штата Мичоакан, секретарем — Хосе-Мария Мата, стойкий демократ из города Халапы.
Мельчор Окампо был весьма колоритной фигурой в либеральной партии. Приемный сын богатой помещицы из штата Мичоакан, он по тем временам получил блестящее образование. Как и Хуарес, Мельчор Окампо вначале учился в духовной семинарии, после же провозглашения независимости закончил юридический факультет в Мехико и стал адвокатом. В 1831 году его приемная мать умерла, оставив ему в наследство обширное поместье в Мичоакане. Одно время молодой Окампо управлял поместьем, применяя наиболее современные методы ведения сельского хозяйства. В 1840 году Окампо направляется во Францию, где в течение двух лет изучает естественные науки. В Париже он познакомился с трудами великих утопистов, произведениями Гюго, Бальзака и других знаменитых французских писателей, стал сторонником Прудона, ряд работ которого перевел и издал на испанском языке. Поклонник французской революции 1789 года, антиклерикал, сторонник демократических преобразований, Окампо по возвращении на родину примкнул к левому крылу либералов, одним из вождей которого он вскоре стал. Блестящий оратор и полемист, пылкий патриот Окампо верил в общественный прогресс и мечтал о счастливом будущем для мексиканского народа.
Окампо несколько раз избирался депутатом национального конгресса, а вскоре после начала американской агрессии становится губернатором Мичоакана. На этом посту он, подобно Хуаресу в Оахаке, мобилизует все средства для защиты страны от американских захватчиков. Местное духовенство ведет против него ожесточенную борьбу. Церковники и в Мичоакане откровенно сочувствовали американским захватчикам.