Новое правительство созвало учредительное собрание. Избирательный закон, автором которого был Хуарес, впервые в истории республики лишал духовенство избирательных прав и представительства в выборных органах. «Печальный опыт убедил нас, — писал по этому поводу Хуарес в своих воспоминаниях, — что духовенство из-за невежества или из хитрости считало себя в конгрессах представляющим только свой собственный класс и противилось принятию любых мероприятий, направленных на искоренение несправедливостей и благоприятствующих рядовым мексиканцам. В этих условиях интересы общественного блага требовали лишить духовенство избирательных прав».
Хуарес пошел еще дальше. Он подготовил закон о судопроизводстве, носящий его имя, лишавший духовенство и офицерский корпус «фуэрос» — особых прав и привилегий, которыми они пользовались с колониальных времен. Закон упразднял специальные церковные и военные суды и обязывал духовенство и офицеров платить государственные налоги наравне со всеми гражданами. При поддержке Альвареса этот закон был одобрен правительством. 25 ноября 1855 года, пять дней спустя после своего вступления в Мехико, новое правительство устроило чистку офицерского корпуса, уволив из него 800 генералов и офицеров, наиболее отъявленных реакционеров, которые были отданы под надзор полиции. В противовес прежней преторианской армии правительство приступило к формированию Национальной гвардии из плебейских элементов во главе с деятелями левого крыла либеральной партии.
Крупная буржуазия, помещики, церковники и реакционное офицерство, не располагая силами для открытого выступления против правительства, делали ставку на его наименее стойкого члена — Игнасио Комонфорта, придерживавшегося умеренных взглядов и выступавшего против реформистских устремлений Хуареса и других левых либералов. Реакция, в совершенстве владевшая искусством пленения колеблющихся, нестойких, тщеславных, падких на лесть и деньги элементов, стала обхаживать и превозносить до небес Комонфорта, толкая его на смещение Альвареса под предлогом, что именно он, Комонфорт, а не Альварес, неотесанный и безграмотный индеец, является подлинным лидером движения, свергнувшего Санта-Анну. Одновременно они направили свой огонь и против другого индейца — Хуареса. Церковная иерархия объявила его еретиком и пригрозила предать анафеме всех, кто подчинится закону, носившему его имя.
Маневры реакции имели успех. Комонфорт поддался влиянию врагов правительства и стал оказывать все большее сопротивление осуществлению прогрессивной программы левых либералов. Правительство было вынуждено уйти в отставку. Альварес отставки министров не принял. Однако вспыльчивый Окампо отказался вернуться в правительство, в котором остались Комонфорт, Прието и Хуарес. «Меня, — вспоминал впоследствии Хуарес, — заставила остаться на своем посту надежда, что, пребывая в правительстве, я буду иметь возможность осуществить одну из многих реформ, способствующих улучшению условий общества, оправдав таким образом жертвы, которые принес народ, свергнув угнетавшую его тиранию». Хуарес стремился, как он писал, к осуществлению реформ во всех областях общественной жизни, справедливо считая, что свержение Санта-Анны и приход к власти правительства Альвареса, не связанного какими-либо обязательствами с эксплуататорскими классами, создавали предпосылки для реализации «социальной революции».
Хуарес и его единомышленники мыслили эту «социальную революцию» как серию реформ, ограничивающих права духовенства, военной касты, латифундистов, предоставляющих демократические права мексиканскому народу, способствующих развитию просвещения и культуры. Такие реформы главным образом благоприятствовали буржуазии, ибо, порывая с феодальными пережитками, они открывали путь для капиталистического развития страны. Однако Хуарес вряд ли отдавал себе в этом отчет. Он считал, что действует в интересах всего мексиканского народа, в первую очередь его неимущих классов. В его выступлениях мы ни разу не встретим слово «буржуазия» или «капиталистический путь развития». Если бы он оперировал тогда такими терминами, то, возможно, имущие классы, в частности крупная буржуазия, не относилась бы к нему с таким недоверием и даже ненавистью, считая его чуть ли не разрушителем социального порядка, основанного на классовом угнетении. Ему оказывали поддержку только наиболее просвещенная и патриотическая часть национальной буржуазии и народные массы, к солидарности которых он всегда обращался.