Надежды Хуареса на то, что, оставаясь в правительстве, он сможет продолжить свою реформаторскую деятельность, не оправдались. Враждебные правительству силы продолжали открыто выступать против него. Им удалось привлечь на свою сторону видных местных каудильо, боровшихся ранее против Санта-Анны, но вовсе не желавших лишаться своих привилегий в результате новых государственных преобразований. Среди левых либералов также нашлись предатели. Один из них, губернатор штата Гуанхуато Мануэль Добладо, выходец из народных низов, адвокат, выступавший против американских интервентов, теперь переметнулся на сторону реакции и в начале декабря поднял восстание в защиту «религии и фуэрос», требуя отставки Альвареса. Последний, чувствуя себя изолированным в столице, где бойцы его армии, родом из тропических областей, с трудом переносили высокогорный климат, утомленный интригами противников правительства, не проявил должной стойкости, подал в отставку и передал власть Комонфорту. Составив правительство из либералов правого крыла, Комонфорт объявил, что будет продолжать политику умеренных реформ.
Новый президент, не желая обострять отношения с левыми либералами, назначил Хуареса губернатором Оахаки. Хуарес принял назначение, надеясь превратить родной штат в опору прогрессивных сил страны. Революции в Мексике, как правило, начинались в штатах, а в Оахаке у власти все еще оставались агенты Санта-Анны, в их числе Максимо Ортис, некогда покушавшийся на дона Бенито. К тому же Хуарес вот уже три года как не виделся с семьей. Маргарита с детьми все еще находилась в Эгле, ведя очень скромную жизнь и стараясь никому не бросаться в глаза. Ведь все эти годы политические страсти были накалены и близкие Хуареса могли в любой момент оказаться жертвами распоясавшихся реакционеров.
В декабре 1855 года Хуарес в сопровождении небольшого отряда вооруженных сторонников перешел границу штата Оахаки. Весть об этом вызвала всеобщее ликование среди местного населения. В мгновение ока санта-аннисты были сметены со своих постов, бежали, попрятались или были убиты, как, например, тот же Максимо Ортис. Из Эгли, где он встретился с женой и детьми, Хуарес направился в город Оахаку, куда прибыл 10 января 1856 года, в тот же день приступив к выполнению обязанностей губернатора.
Задача стояла перед ним не из легких, но теперь он ясно себе представлял, какие вопросы предстоит решить в первую очередь. В штате Оахака, как, впрочем, и других провинциях Мексики, постоянно дислоцировались армейские части местного военного округа, командующий которыми подчинялся не губернатору, а непосредственно президенту республики. По приказу из столицы командующий этими войсками мог в любой момент направить их против местных властей, снять губернатора, разогнать провинциальную палату представителей. Эти армейские части состояли из солдат-наемников, недисциплинированных, всегда охочих к грабежу, к мародерству и, как правило, послушно выполнявших волю своих командиров. «Губернаторы, хотя и считались главами свободных, суверенных и независимых штатов, — отмечал Хуарес, — в действительности таковыми являлись только в теории. На практике они были пленниками местных командующих. Эта пагубная система государственного устройства, установленная в республике конституцией 1824 года, была одной из причин военных мятежей, которые столь часто вспыхивали после завоевания независимости».
Чтобы нейтрализовать эту враждебную силу, Хуарес приступил к организации Национальной гвардии, бойцы которой рекрутировались среди бедняцких слоев населения, ремесленников, крестьян — сторонников левых либералов. Оружием и амуницией их снабжал местный арсенал. В Институте наук и искусств Хуарес открыл специальные офицерские курсы для командного состава Национальной гвардии. На них учились студенты права и адвокаты, сторонники левых либералов, многие из которых впоследствии дослужились до генеральского чина. Запомним фамилию — Порфирио Диас. Метис, родом из микстекского племени, сын мелкого торговца, осиротевший в 12-летнем возрасте, Порфирио, как и Хуарес, вначале учился в духовной семинарии, а затем закончил юридический факультет Института наук и искусств. Участник войны против американских интервентов и сражений против Санта-Анны, в которых он заслужил чин лейтенанта, Диас по совету Хуареса закончил офицерские курсы, был произведен в капитаны и стал одним из командиров Национальной гвардии. Решительный, храбрый, хитрый, Диас, как и его брат Феликс, также вступивший в Национальную гвардию, стал одним из надежных сотрудников дона Бенито, которому тог полностью доверял.