Капитан Луазильон был не точен: из 20 пленных генералов бежало не 4, а 7, в их числе Порфирио Диас и Берриосабаль; из 303 высших офицеров бежало 193; из 1179 младших офицеров — 772. Бежала и значительная часть пленных солдат. Оставшиеся в плену генералы были высланы во Францию, откуда вскоре скрылись и разными путями вернулись на родину, где, как и остальные бывшие пленники французов, продолжали сражаться с захватчиками. Таким образом, взятие Пуэблы в конечном счете оказалось пирровой победой для французов.
Форей простоял в Пуэбле десять дней, прежде чем собрался с духом и решил продолжать наступление на Мехико, где надеялся разгромить остатки мексиканской армии и закончить свой поход.
Перед Хуаресом стоял выбор: или дать бой французам у стен столицы, или, следуя примеру Кутузова в 1812 году, покинуть ее, перебраться в более отдаленную и недосягаемую для французов местность и оттуда развернуть всенародное партизанское движение против захватчиков, которое в конце концов должно было бы подточить их силы и принести победу мексиканцам.
Вначале Хуарес склонялся к тому, чтобы дать бой французам в столице, превратив ее во вторую Пуэблу. Об этом он заявил нации в манифесте от 20 мая 1863 года. Но выяснив, что в его распоряжении только 12 тысяч плохо вооруженных солдат, в то время как у Форея их имелось вдвое больше, Хуарес решил покинуть столицу и перевести свое правительство в город Сан-Луис-Потоси, расположенный в 360 километрах на северо-западе от Мехико.
31 мая Хуарес выступил на закрытии очередной сессии конгресса с краткой речью. Он выразил твердую уверенность в том, что Мексика, несмотря на потерю Пуэблы, сумеет отстоять свою независимость. Конгресс подтвердил диктаторские полномочия президента на период военных действий против французов и одобрил намерение правительства переехать в Сан-Луис-Потоси. Правительство должна была сопровождать постоянная делегация конгресса, которая как бы являлась его президиумом и была наделена законодательными правами.
В тот же день жители столицы пришли на площадь перед президентским дворцом проститься с Хуаресом. Президент и члены его кабинета вышли на балкон. Под пушечный салют был спущен национальный флаг, развевавшийся над дворцом, и торжественно вручен на хранение президенту. Хуарес поцеловал его, спрятал на груди и воскликнул: «Да здравствует Мексика!» Священный для мексиканцев клич Идальго был подхвачен собравшейся на площади толпой. Никаких речей никто не произносил. Всем было и так ясно, что столицу и страну ждут новые тяжелые и суровые испытания. И все же свидетели этой печальной церемонии надеялись, что еще настанет день, когда этот священный для мексиканцев флаг, на котором орел, символизирующий нацию, раздирает увивающуюся вокруг кактуса змею, будет вновь поднят на президентском дворце его законным хозяином.
Вечером началась эвакуация правительственных учреждений из столицы. Были вывезены национальный архив, государственная казна и другие ценности, оружие, боеприпасы. В городе были оставлены надежные люди для наблюдения за французами и организации диверсий в их тылу.
Глубокой ночью Хуарес и его министры покинули столицу.
Хуареса сопровождала в отдельном экипаже донья Маргарита с детьми и кубинцем Сантасилией, давнишним другом президента по Новому Орлеану. Вот уже несколько месяцев как Сантасилия находился в Мехико, исполняя обязанности секретаря Хуареса и заботливого помощника доньи Маргариты. Сантасилия выполнял эти обязанности с тем большим удовольствием, так как был помолвлен со старшей дочерью Хуареса.
10 июля правительство Хуареса провело заседание в Сан-Луис-Потоси. Оно одобрило «Манифест к соотечественникам», предложенный Хуаресом. В нем определялись дальнейшие задачи борьбы с интервентами. Президент писал в «Манифесте»:
«Враг, концентрируя свои силы в одном месте, будет слаб в других местах; распыляя свои силы, будет слаб всюду. Он будет вынужден признать, что наша страна не сводится к Мехико и Сарагосе; что энергия и жизнь, сознание права и своей собственной силы, любовь к независимости и демократии, благородная гордость, негодующая против подлого захватчика, покусившегося на нашу землю, — что эти чувства свойственны всему мексиканскому народу. Наполеон III рассчитывал, что затеянное им самое большое преступление XIX века получит поддержку молчаливого и порабощенного народа. Но это оказалось вымыслом кучки предателей.