Чистые либералы продолжали оставаться чистыми, они и не думали складывать оружия. Освободительная война продолжала полыхать по всей стране, партизанское движение ширилось, среди французских солдат росло недовольство. Многие французы, которым давно уже опостылела эта бессмысленная колониальная авантюра, мечтали только об одном: как бы поскорее вернуться восвояси, к своим семьям.
Хуарес тоже разлучился со своей семьей во второй половине 1864 года. В Сальтильо, где она временно обосновалась, родился его последний сын — Антонио, вскоре стала матерью и старшая дочь Хуареса, Мануэла, вышедшая замуж за кубинского революционера Сантасилию. Она родила девочку, сделав дона Бенито дедушкой.
Донья Маргарита со свойственными ей мужеством и стойкостью переносила все трудности, выпавшие на долю семьи во время кочевой жизни по пустынным штатам северо-западной Мексики. Сколько раз приходилось донье Маргарите с детьми спасаться от погони французских отрядов, засад предателей, терпеть голод, испытывать всевозможные лишения…
Опасаясь, чтобы кто-нибудь из его родных не попал в руки врагов, Хуарес направил семью в Соединенные Штаты, поручив Сантасилии все заботы по ее устройству и быту в этой стране.
Факсимиле письма Хуареса донье Маргарите.
Семья переехала с Сантасилией в Нью-Йорк. Письма от родных приходили к Хуаресу иногда с двухмесячным опозданием. Отсутствие сведений о семье удручало президента, он сильно переживал невзгоды и несчастья, преследовавшие его близких в Соединенных Штатах. Там умерли два сына Хуареса — Хосе и Антонио. Скупой на выражение своих чувств, Хуарес трогательно утешал в письмах донью Маргариту, которая после смерти сыновей в чужой стране, разлученная с любимым мужем, пришла в полное отчаяние. Только благодаря заботам Сантасилии удалось поправить пошатнувшееся здоровье доньи Маргариты, наладить воспитание детей.
Хуарес в своих письмах жене и зятю подробно сообщал о состоянии дел в Мексике, о борьбе с французскими интервентами, о положении в правительственном лагере. Его письма проникнуты верой в победу.
Хуарес часто спрашивал у Сантасилии, что думают в Соединенных Штатах о событиях в Мексике.
Пока шла гражданская война в США, заручиться какой-либо существенной, практической помощью со стороны правительства Линкольна но представлялось возможным. Ромеро, представитель Мексики в Вашингтоне, Добладо и Гонсалес Ортега, находившиеся там же, пытались закупить оружие, боеприпасы, вербовать добровольцев, но все это стоило огромных средств, кроме того, американцы требовали взамен предоставления им земельных концессий, особых прав и привилегий. Эти требования отвергались Хуаресом, который предупреждал Ромеро быть начеку и не соглашаться ни на какие комбинации, ущемляющие национальный суверенитет Мексики.
26 января 1865 года Хуарес писал Ромеро в Вашингтон: «Некоторые люди, как Вы мне пишете, предлагают уступить им часть нашей территории в обмен на помощь. Такие предложения не только антинациональны, но и вредны для нашего дела. Нация, через свой законный орган — конгресс, ясно и решительно заявила, что осуждает всякую уступку или сдачу в залог каких-либо частей своей территории. Если мы нарушим эту директиву, народ восстанет против нас, и мы тем самым поможем нашим врагам завершить завоевание. Враг может вторгнуться в нашу страну и грабить нас, если такова наша судьба, но мы не вправе узаконить это преступление, отдавая добровольно то, что от нас пытаются отобрать силой. Если Франция, Соединенные Штаты или любая другая страна захватит часть нашей территории я мы из-за нашей слабости не сможем изгнать их оттуда, мы тем не менее должны будем оставить грядущим поколениям право вернуть эти земли. Несомненно, было бы огромным злом, если бы более сильному противнику удалось нанести нам поражение, но будет несравненно хуже, если мы лишим наших сынов их законных прав на нашу землю, чтобы в будущем люди, по сравнению с нами более мужественные, патриотичные и выносливые, не смогли бы их использовать и вернуть то, что мы потеряли».
Текст этого письма после смерти автора был отлит в бронзе и навечно установлен в назидание потомству в его кабинете — в Национальном дворце в Мехико, где размещен теперь музей Хуареса.