Таким образом, к началу мая 1867 года остатки монархической армии были загнаны в Мехико и Керетаро и окружены в этих городах превосходящими их республиканскими силами.
После того как Диас осадил Маркеса в столице, генерал Эскобедо приступил к штурму Керетаро. 15 мая республиканцам удалось прорвать оборону города и благодаря предательству полковника Лопеса ворваться в укрепление, где находился Максимилиан, Мирамон, Томас Мехия и другие персонажи империи, в их числе генерал Мендес, ответственный за гибель Артеаги и Саласара. Мендеса на месте расстреляли, остальных взяли под стражу. В тот же день сопротивление осажденных прекратилось и над Керетаро взвился флаг мексиканской республики.
Оказавшись в плену, Максимилиан заявил Эскобедо, что готов отречься от престола и дать обязательство никогда в будущем не вмешиваться во внутренние дела Мексики, если ему разрешат вернуться в Европу вместо с иностранными наемниками. В ответ последовало распоряжение президента Хуареса предать государственных преступников — австрийского эрцгерцога Максимилиана Габсбурга, генералов Мирамона и Томаса Мехию военному трибуналу в соответствии с законом от 25 января 1862 года, по которому полагалась смертная казнь иностранным интервентам и сотрудничающим с ним мексиканцам. Получив об этом уведомление, Максимилиан попросил встречи с Хуаресом для личного объяснения. Ему было заявлено, что он сможет объяснять все что пожелает трибуналу. Тогда он заявил, что отказывается выступать на суде, хотя и нанял трех самых знаменитых адвокатов Мексики, которым поручил защищать себя и своих бывших подопечных — Мирамона в Мехию.
Суд открылся 13 июня в местном театре Керетаро, он продолжался три дня. Прокурор обвинил Максимилиана в том, что он является «узурпатором, врагом независимости и безопасности нации, нарушителем общественного порядка, насильником народных прав и индивидуальных гарантии». Бывшему императору ставилось в вину и то, что его террористический декрет от 3 октября 1865 года привел к гибели тысячи мексиканских патриотов. Максимилиан, заявил прокурор, преступно затянул воину, оставшись в стране после эвакуации французских войск. Мирамон и Мехия неуклюже пытались оправдать свои предательские действия тем, что служили интересам церкви и партии порядка. Адвокаты стремились доказать некомпетентность трибунала судить обвиняемых.
Трибунал единогласно признал всех подсудимых виновными в преступных действиях против мексиканской нации, в предательстве ее интересов и постановил четырьмя голосами против трех приговорить их к смертной казни через расстрел. Три члена трибунала голосовали за высылку Максимилиана из страны.
Решение трибунала подлежало исполнению в течение 24 часов.
Максимилиан воспринял приговор спокойно. Он был уверен, что великие державы не допустят его казни. Кроме того, он надеялся, что его друзьям, оставшимся на свободе, на худой конец удастся организовать ему побег, подкупив охрану. Все эти расчеты имели под собой основание.
Узнав о решении трибунала, дипломатические представители европейских держав в Мехико во главе с прусским посланником бароном Магнусом обратились к Хуаресу с просьбой помиловать Максимилиана и выслать его из страны. Хуарес ответил отказом. Тогда Магнус и его коллеги попросили отсрочить приведение приговора на три дня, надеясь в это время организовать побег Максимилиана. Магнус прибыл в Керетаро и посетил Максимилиана, содержавшегося под стражей в бывшем монастыре капуцинов. Максимилиан выразил уверенность, что Хуарес не посмеет привести приговор в исполнение из опасения гневной реакции королевских домов Европы.
— Я уеду на моей яхте в Кадис, — фантазировал Максимилиан. — Проведу там лето, а зимой вернусь в Америку, в Бразилию, куда меня приглашал император дон Педро.
Магнус не разделял его оптимизма. Он снабдил принцессу Сальм-Сальм деньгами, поручив ей любой ценой добиться освобождения Максимилиана. Принцесса посулила начальнику охраны полковнику Паласио сто тысяч песо за свободу его узника; когда же ее предложение было отвергнуто, она предложила в качестве дополнительной платы саму себя, но и в этом потерпела неудачу. Это ее не обескуражило. Она помчалась в Сан-Луис-Потоси, где встретилась с Хуаресом, бросилась ему в ноги и, рыдая, умоляла пощадить Максимилиана.