Надежды Хуареса на то, что, оставаясь в правительстве, он сможет продолжить свою реформаторскую деятельность, не оправдались. Враждебные правительству силы продолжали открыто выступать против него. Им удалось привлечь на свою сторону видных местных каудильо, боровшихся ранее против Санта-Анны, но вовсе не желавших лишаться своих привилегий в результате новых государственных преобразований. Среди левых либералов также нашлись предатели. Один из них, губернатор штата Гуанхуато Мануэль Добладо, выходец из народных низов, адвокат, выступавший против американских интервентов, теперь переметнулся на сторону реакции и в начале декабря поднял восстание в защиту «религии и фуэрос», требуя отставки Альвареса. Последний, чувствуя себя изолированным в столице, где бойцы его армии, родом из тропических областей, с трудом переносили высокогорный климат, утомленный интригами противников правительства, не проявил должной стойкости, подал в отставку и передал власть Комонфорту. Составив правительство из либералов правого крыла, Комонфорт объявил, что будет продолжать политику умеренных реформ.
Новый президент, не желая обострять отношения с левыми либералами, назначил Хуареса губернатором Оахаки. Хуарес принял назначение, надеясь превратить родной штат в опору прогрессивных сил страны. Революции в Мексике, как правило, начинались в штатах, а в Оахаке у власти все еще оставались агенты Санта-Анны, в их числе Максимо Ортис, некогда покушавшийся на дона Бенито. К тому же Хуарес вот уже три года как не виделся с семьей. Маргарита с детьми все еще находилась в Эгле, ведя очень скромную жизнь и стараясь никому не бросаться в глаза. Ведь все эти годы политические страсти были накалены и близкие Хуареса могли в любой момент оказаться жертвами распоясавшихся реакционеров.
В декабре 1855 года Хуарес в сопровождении небольшого отряда вооруженных сторонников перешел границу штата Оахаки. Весть об этом вызвала всеобщее ликование среди местного населения. В мгновение ока санта-аннисты были сметены со своих постов, бежали, попрятались или были убиты, как, например, тот же Максимо Ортис. Из Эгли, где он встретился с женой и детьми, Хуарес направился в город Оахаку, куда прибыл 10 января 1856 года, в тот же день приступив к выполнению обязанностей губернатора.
Задача стояла перед ним не из легких, но теперь он ясно себе представлял, какие вопросы предстоит решить в первую очередь. В штате Оахака, как, впрочем, и других провинциях Мексики, постоянно дислоцировались армейские части местного военного округа, командующий которыми подчинялся не губернатору, а непосредственно президенту республики. По приказу из столицы командующий этими войсками мог в любой момент направить их против местных властей, снять губернатора, разогнать провинциальную палату представителей. Эти армейские части состояли из солдат-наемников, недисциплинированных, всегда охочих к грабежу, к мародерству и, как правило, послушно выполнявших волю своих командиров. «Губернаторы, хотя и считались главами свободных, суверенных и независимых штатов, — отмечал Хуарес, — в действительности таковыми являлись только в теории. На практике они были пленниками местных командующих. Эта пагубная система государственного устройства, установленная в республике конституцией 1824 года, была одной из причин военных мятежей, которые столь часто вспыхивали после завоевания независимости».
Чтобы нейтрализовать эту враждебную силу, Хуарес приступил к организации Национальной гвардии, бойцы которой рекрутировались среди бедняцких слоев населения, ремесленников, крестьян — сторонников левых либералов. Оружием и амуницией их снабжал местный арсенал. В Институте наук и искусств Хуарес открыл специальные офицерские курсы для командного состава Национальной гвардии. На них учились студенты права и адвокаты, сторонники левых либералов, многие из которых впоследствии дослужились до генеральского чина. Запомним фамилию — Порфирио Диас. Метис, родом из микстекского племени, сын мелкого торговца, осиротевший в 12-летнем возрасте, Порфирио, как и Хуарес, вначале учился в духовной семинарии, а затем закончил юридический факультет Института наук и искусств. Участник войны против американских интервентов и сражений против Санта-Анны, в которых он заслужил чин лейтенанта, Диас по совету Хуареса закончил офицерские курсы, был произведен в капитаны и стал одним из командиров Национальной гвардии. Решительный, храбрый, хитрый, Диас, как и его брат Феликс, также вступивший в Национальную гвардию, стал одним из надежных сотрудников дона Бенито, которому тог полностью доверял.
Укрепив Национальную гвардию, Хуарес потребовал от Комонфорта ликвидировать военный округ в Оахаке и распустить или отозвать за пределы штата входившие в него военные части. Комонфорт не решился на столь радикальный шаг. Вместо этого он снял командующего округом, назначив Хуареса на его место. Теперь вся власть в штате была сосредоточена в руках Хуареса. Оахака становилась, таким образом, мощным оплотом левых либералов. Хуарес основал здесь газету «Бич тиранов». Ее читали либералы всей страны.
«Чистые», используя демократические свободы, восстановленные после свержения диктатуры Санта-Анны, укрепляли свои позиции и в других штатах. Реакция между тем не складывала оружия. Она толкала Комонфорта на разрыв с левыми, надеясь превратить его во второго Санта-Анну. Комонфорт проявлял нерешительность. Он и рад был бы повернуть вправо, но опасался, что это приведет его к такому же печальному концу, как и Санта-Анну. К тому же он, как и все предыдущие Президенты Мексики, остро нуждался в деньгах, а единственным источником, который мог ему предоставить средства, являлась все та же церковь — оплот реакции.
Считая Комонфорта неспособным на решительные действия, реакционеры, лидируемые церковниками и офицерами санта-аннистами, энергично готовились к его свержению. Они создали ряд тайных организаций (Центральная консервативная директория в Мехико, Священный союз в Пуэбле), монастыри превратили в склады оружия. В начале 1856 года они подняли в Пуэбле мятеж, подавленный Комонфортом. Хуарес настаивал на строгом наказании мятежников. «Не забывайте, — говорил он тем, кто просил снисхождения к ним, — что, когда вы милуете одного из этих людей, для которых политика — это не что иное, как анархия и военный мятеж, вы тем самым осуждаете на смерть многие сотни ни в чем не повинных людей».
Решительные действия правительства встретили широкую поддержку в стране, что побудило его принять ряд мер, ограничивающих финансовое могущество церкви. В мае 1856 года Комонфорт утвердил выработанный его министром финансов Мигелем Лердо де Техадой закон, согласно которому церковное имущество (поместья и городская недвижимость), за исключением зданий, используемых в чисто религиозных целях, переходило в собственность лиц, арендующих их, если они в трехмесячный срок заявляли о своем желании приобрести его. В таком случае арендатор должен был уплатить стоимость имущества ежегодными шестипроцентными взносами. Имущество церкви, не сданное в аренду, духовенство обязано было продать в трехмесячный срок любому лицу, в противном случае оно поступало в продажу с аукциона. Вырученные деньги передавались церкви после отчисления в государственную казну соответствующего налога.
Закон рекомендовал использовать полученные от продажи церковного имущества средства для финансирования сельскохозяйственных, промышленных и других предприятий.
Одновременно согласно закону Лердо подлежали продаже и общинные земли индейцев. Владевшие наделами общинной земли индейцы приравнивались к арендаторам церковного имущества и должны были выкупать их на общих основаниях.
Закон Лердо преследовал цель создания класса мелких собственников, но выгоден он был только крупной буржуазии и латифундистам, в распоряжении которых имелись средства для покупки церковных имений и общинных земель индейцев. В течение 1856 года, несмотря на сопротивление духовенства, угрожавшего отлучением каждому, кто воспользуется законом Лердо, было выручено от продажи в основном церковного имущества 23 миллиона песо и появилось девять тысяч новых собственников. Осуществление закона Лердо, таким образом, способствовало капиталистическому развитию Мексики и знаменовало один из этапов буржуазной революции, начавшейся со свержения диктатуры Санта-Анны.