Маркес с Видаурри во главе кавалерийской части в 1200 человек прорвали весьма неплотную осаду Керетаро и явились в столицу, где им удалось, собрав все остатки монархических сил, сколотить армию в 4 тысячи солдат. Но вместо того чтобы вернуться в Керетаро, Маркес направился к Пуэбле, опасаясь, что ее освободит Порфирио Диас и тем самым отрежет дорогу на Веракрус. Порфирио Диас к Пуэбле подошел раньше. На этот раз ему понадобилось всего два дня, чтобы вернуть город Сарагосы республике. Маркес, преследуемый по пятам Диасом, бежал в столицу. Здесь он решил выждать; результатов сражения у Керетаро, надеясь в худшем случае через дипломатических представителей великих держав сдать столицу Хуаресу, выторговав для себя и своих единомышленников если не амнистию, то по крайней мере право на экспатриацию. Вскоре войска Порфирио Диаса подошли к столице и осадили ее.
Таким образом, к началу мая 1867 года остатки монархической армии были загнаны в Мехико и Керетаро и окружены в этих городах превосходящими их республиканскими силами.
После того как Диас осадил Маркеса в столице, генерал Эскобедо приступил к штурму Керетаро. 15 мая республиканцам удалось прорвать оборону города и благодаря предательству полковника Лопеса ворваться в укрепление, где находился Максимилиан, Мирамон, Томас Мехия и другие персонажи империи, в их числе генерал Мендес, ответственный за гибель Артеаги и Саласара. Мендеса на месте расстреляли, остальных взяли под стражу. В тот же день сопротивление осажденных прекратилось и над Керетаро взвился флаг мексиканской республики.
Оказавшись в плену, Максимилиан заявил Эскобедо, что готов отречься от престола и дать обязательство никогда в будущем не вмешиваться во внутренние дела Мексики, если ему разрешат вернуться в Европу вместо с иностранными наемниками. В ответ последовало распоряжение президента Хуареса предать государственных преступников — австрийского эрцгерцога Максимилиана Габсбурга, генералов Мирамона и Томаса Мехию военному трибуналу в соответствии с законом от 25 января 1862 года, по которому полагалась смертная казнь иностранным интервентам и сотрудничающим с ним мексиканцам. Получив об этом уведомление, Максимилиан попросил встречи с Хуаресом для личного объяснения. Ему было заявлено, что он сможет объяснять все что пожелает трибуналу. Тогда он заявил, что отказывается выступать на суде, хотя и нанял трех самых знаменитых адвокатов Мексики, которым поручил защищать себя и своих бывших подопечных — Мирамона в Мехию.
Суд открылся 13 июня в местном театре Керетаро, он продолжался три дня. Прокурор обвинил Максимилиана в том, что он является «узурпатором, врагом независимости и безопасности нации, нарушителем общественного порядка, насильником народных прав и индивидуальных гарантии». Бывшему императору ставилось в вину и то, что его террористический декрет от 3 октября 1865 года привел к гибели тысячи мексиканских патриотов. Максимилиан, заявил прокурор, преступно затянул воину, оставшись в стране после эвакуации французских войск. Мирамон и Мехия неуклюже пытались оправдать свои предательские действия тем, что служили интересам церкви и партии порядка. Адвокаты стремились доказать некомпетентность трибунала судить обвиняемых.
Трибунал единогласно признал всех подсудимых виновными в преступных действиях против мексиканской нации, в предательстве ее интересов и постановил четырьмя голосами против трех приговорить их к смертной казни через расстрел. Три члена трибунала голосовали за высылку Максимилиана из страны.
Решение трибунала подлежало исполнению в течение 24 часов.
Максимилиан воспринял приговор спокойно. Он был уверен, что великие державы не допустят его казни. Кроме того, он надеялся, что его друзьям, оставшимся на свободе, на худой конец удастся организовать ему побег, подкупив охрану. Все эти расчеты имели под собой основание.
Узнав о решении трибунала, дипломатические представители европейских держав в Мехико во главе с прусским посланником бароном Магнусом обратились к Хуаресу с просьбой помиловать Максимилиана и выслать его из страны. Хуарес ответил отказом. Тогда Магнус и его коллеги попросили отсрочить приведение приговора на три дня, надеясь в это время организовать побег Максимилиана. Магнус прибыл в Керетаро и посетил Максимилиана, содержавшегося под стражей в бывшем монастыре капуцинов. Максимилиан выразил уверенность, что Хуарес не посмеет привести приговор в исполнение из опасения гневной реакции королевских домов Европы.
— Я уеду на моей яхте в Кадис, — фантазировал Максимилиан. — Проведу там лето, а зимой вернусь в Америку, в Бразилию, куда меня приглашал император дон Педро.
Магнус не разделял его оптимизма. Он снабдил принцессу Сальм-Сальм деньгами, поручив ей любой ценой добиться освобождения Максимилиана. Принцесса посулила начальнику охраны полковнику Паласио сто тысяч песо за свободу его узника; когда же ее предложение было отвергнуто, она предложила в качестве дополнительной платы саму себя, но и в этом потерпела неудачу. Это ее не обескуражило. Она помчалась в Сан-Луис-Потоси, где встретилась с Хуаресом, бросилась ему в ноги и, рыдая, умоляла пощадить Максимилиана.
Хуарес ей ответил:
— Сударыня! Мне больно видеть вас на коленях, во даже если бы все короли и королевы находились бы во вашем месте, я не смог бы, к сожалению, помиловать эрцгерцога Максимилиана. Сударыня, он был осужден не мной, а народом и законами республики. Если бы я не выполнил волю народа и требований закона, я не выполнил бы своего долга. Народ все равно лишил бы жизни Максимилиана, а потом, справедливо возмущенный, потребовал бы и моей головы.
Явилась к Хуаресу и жена Мирамона с двумя детьми. И она молила пощадить ее мужа. Хуарес ответил ей столь же твердым отказом, как и принцессе Сальм-Сальм.
Одновременно из-за границы посыпались просьбы от влиятельных персонажей даровать жизнь Максимилиану. Об этом просили Хуареса государственный секретарь США Сьюард, император Франц-Иосиф, обещавший вернуть Максимилиану право на престолонаследие, короли Англии, Бельгии и других стран.
Вся эта возня, цель которой была снасти Максимилиана от заслуженного возмездия, вызвала огромное возмущение в народе и в армии. Порфирио Диас прямо заявил президенту, что в случае помилования Максимилиана его войска восстанут против правительства. Такие же настроения преобладали и в армии, освободившей Керетаро. Бойцы требовали примерного наказания предателей и иностранных наемников, и в первую очередь Максимилиана.
Эти чувства разделял сам Хуарес. Он писал Сантасилии: «Казнь Максимилиана и предателей послужит назидательным примером всем врагам нашей независимости. Это гуманный акт, который поможет сберечь кровь наших граждан. Мы боролись за независимость Мексики, и необходимо, чтобы это стало действительностью!»
Томас Мехия был малограмотным индейцем, фанатично преданным церкви. Под влиянием ионов он стал служить Максимилиану. Однажды генерал Эскобедо попал в плен, и Мехия помог ему бежать. Теперь Эскобедо хотел ему вернуть свой долг я предложил освободить его. Мехия отказался.
— Я служил Максимилиану и должен разделять его участь, — сказал он Эскобедо.
— Но ведь ты индеец, монархисты тебя презирали.
— Именно потому я не могу один спастись, чтобы не сказали, что индеец — предатель. Может быть, я сражался за неправое дело, но теперь уже поздно раскаиваться. Я должен заплатить за содеянное.
19 июня 1867 года на поле близ Керетаро, именуемом Холмом колоколов (Серро де лас Кампанас), в 7 часов утра в присутствии республиканского гарнизона и населения города эрцгерцог Максимилиан Габсбург, присвоивший себе титул императора Мексики, и генералы Мигель Мирамон и Томас Мехия, предавшие родину и служившие иностранным интервентам, были расстреляны за свои преступления против Мексики.
Народ воспринял этот суровый акт возмездия с удовлетворением. «Прощай, мама Шарлотта, прощай, моя нежная любовь!» — пели в этот день солдаты, индейцы; горожане, веселясь на улицах и площадях Керетаро.