Хуарес со свойственным ему упорством принимается за изучение различных правовых дисциплин и попутно французского языка, на котором он будет со временем свободно говорить. Живется ему не легко. Ведь он, кроме учебы, должен еще трудиться, чтобы обеспечить себе кров и кусок хлеба. Много времени отнимает к тому же политика. Республику сотрясают внутренние конфликты, ей угрожают вторжением испанцы.
В 1829 году все студенты Института наук и искусств вступают добровольцами в народное ополчение, образованное для отражения ожидавшейся высадки испанцев в районе перешейка Теуантепек. В этом ополчении Хуарес получает чин лейтенанта. Но молодым ополченцам не пришлось сразиться с испанцами, которые высадились значительно севернее перешейка, где захватили город Тампико.
Генерал Санта-Анна, командовавший в то время войсками в Веракрусе, выступил по направлению к Тампико, но прибыл туда, когда испанцев уже разгромили. Это не помешало ему именовать себя «освободителем» Тампико.
В том же 1829 году Санта-Анна примкнул к Висенте Герреро, поднявшему восстание против правительства консерваторов. В ноябре войска Санта-Анны вступили в Оахаку, приветствуемые местными либералами. На банкете в его честь присутствовал и студент права Бенито Хуарес. Впоследствии, когда выявится подлинное реакционное лицо Санта-Анны и Хуарес объявит ему беспощадную борьбу, «освободитель» Тампико будет объяснять это тем, что во время банкета в Оахаке Бенито прислуживал ему «босиком и в полотняных портках» и якобы с тех пор не мог простить ему своего унижения…
В 1831 году Хуарес заканчивает Институт наук и искусств и в том же году избирается от партии либералов советником муниципалитета в Оахаке. Ему исполнилось 25 лет, и эта его первая общественная должность, У либералов много планов, но осуществить их не позволяет быстро меняющаяся политическая обстановка.
Восстание увенчалось успехом. Президентское кресло занял Висенте Герреро, но год спустя консерваторы, в свою очередь, подняли против него мятеж. В стране вновь началась гражданская война.
Герреро, покинув столицу, направился в Акапулько, где за 50 тысяч песо его выдал врагам один предатель. Консерваторы доставили его в Оахаку, где устроили над ним расправу: заставили на коленях выслушивать смертный приговор, а затем расстреляли. Его убили те же реакционеры, которые покончили с Идальго, Морелосом. Они не могли простить Висенте Герреро его участия в войне за независимость.
Вскоре либералам вновь удалось вернуть себе власть. В 1833 году президентом стал Санта-Анна, а вице-президентом лидер «чистых» — Гомес Фариас. Укрепились либералы и в Оахаке. В том же году Хуарес избирается депутатом провинциального конгресса. По его предложению предаются торжественному захоронению останки Висенте Герреро. Он один из лидеров местных «чистых», и, когда к Оахаке приближается во главе большого отряда мятежный генерал Каналисо, Хуарес в чине капитана принимает непосредственное участие в разгроме ворвавшихся в город мятежников. После этого его назначают членом окружного суда в Оахаке.
По настоянию Гомеса Фариаса правительство Мексики стало осуществлять некоторые реформы, ограничивающие власть церкви. Была отменена церковная десятина, введена светская регистрация актов гражданского состояния, изъято из-под контроля церковников образование, национализированы церковные ценности на сумму в 15 миллионов песо. Эти далеко не революционные преобразования вызвали отчаянное сопротивление церковников и других реакционеров. К ним присоединился Санта-Анна, отстранивший Гомеса Фариаса от власти и отменивший все антиклерикальные законы. Санта-Анна разогнал национальный и провинциальные конгрессы. Был распущен и провинциальный конгресс в Оахаке.
По всей стране начинаются преследования либералов. Хуареса лишили депутатского мандата, должности судьи и сослали в далекое селение Теуакан. Вернувшись некоторое время спустя в Оахаку, он решает заняться адвокатской практикой. Но первое же его дело закончилось тем, что он сам очутился в тюрьме. Жители городка Лохичи обратились в суд с жалобой на местного священника, взимавшего с них незаконные поборы. Хуарес взялся защищать их дело в суде. Местные власти, шедшие на поводу церковников, пытались заставить Хуареса отказаться от защиты интересов его клиентов, а когда этого им добиться не удалось, они упрятали его в тюрьму, обвинив в «подстрекательстве населения к бунту». Протесты жителей вернули ему свободу, но дело в суде он все же проиграл.
Столь же неудачно кончились и другие выступления адвоката Хуареса в защиту граждан, терпевших притеснения от властей и церковников.
«Удары, которые падали на меня, — читаем мы в его воспоминаниях, — и которые почти ежедневно, как я видел, сыпались на терпящих притеснения и жаловавшихся на произвол привилегированных классов, тесно связанных с гражданской властью, убедительно показали мне, что общество никогда не обретет счастья, пока будут существовать эти классы и их союз с гражданской властью. Мой печальный адвокатский опыт укрепил во мне решимость неустанно бороться за разрушение власти привилегированных классов. Этого добивались в силу своих возможностей я и либеральная партия. К несчастью для общества, лекарства, применяемые тогда, не лечили корень зла. Хотя правительства неоднократно свергались, менялись только лица, законы же и конституции продолжали гарантировать духовенству и военным особые привилегии. В стране продолжала господствовать религиозная нетерпимость, государственной религией продолжала оставаться католическая, а клир продолжал использовать свои огромные богатства для мятежей, добиваясь укрепления своего пагубного могущества. В результате не успевали либералы прийти к власти, как их свергали и вновь начинали преследовать».
У мексиканского народа были не только внутренние враги. Ему угрожал и не менее могущественный внешний враг — Соединенные Штаты, выжидавшие только оказии, чтобы подобно коршуну броситься на своего южного соседа и захватить его северные области, в первую очередь Техас. Воспользовавшись тем, что правительство Санта-Анны разогнало провинциальные законодательные органы и муниципалитеты, американские поселенцы Техаса при поддержке влиятельных кругов США, вооружавших и финансировавших их, подняли мятеж, создали «временное правительство» и даже свою собственную армию во главе с бывшим губернатором штата Теннесси Хьюстоном по прозвищу Большой пьяница.
Узнав об этих событиях, Санта-Анна направился с мексиканской армией в Техас, куда вступил в феврале 1836 года. Вначале Санта-Анне удалось нанести ряд поражений мятежникам, которые поспешили объявить о создании «независимой республики Техас». Вслед за тем войска США перешли границу Мексики и вступили на территорию опереточной «республики». Это была прямая агрессия против Мексики. Опираясь на войска США, мятежники разгромили солдат Санта-Анны, а его самого, пытавшегося бежать переодетым в женское платье, взяли в плен. Большой пьяница без труда договорился со своим пленником. Санта-Анна позорно предал свою родину. Он не только приказал всем своим войскам капитулировать перед мятежниками, но и подписал договор, признававший независимость Техасской республики. В благодарность американцы доставили его в Вашингтон, где он из рук президента Джексона получил награду за свое предательство — 3 миллиона долларов. После чего американский корвет «Непобедимый» доставил его в Веракрус.