Считая, что за деньги можно купить все и вся, Вашингтон предложил мексиканцам продать ему Калифорнию и Новую Мексику. С таким предложением к мексиканскому правительству по поручению Вашингтона обратился член конгресса от Луизианы Джон Слайделл, ставший в период гражданской войны в США одним из лидеров южан. Однако, несмотря на то, что Слайделл, как потом писал о нем в одной из своих статей К. Маркс, был завзятым интриганом и отличался бессовестностью и бесцеремонностью, осуществить такую сделку ему не удалось.
Мексиканцы решили воевать за свою землю, хотя положение их было отчаянным. Их армия была плохо вооружена, плохо обучена, плохо дисциплинирована. На двадцать тысяч солдат имелось 500 генералов. Генералы больше мечтали о президентском кресле, чем о защите национальной территории от посягательств США. В стране царил климат гражданской войны. Именно на внутренние междоусобицы рассчитывали США, провоцируя вооруженный конфликт со своим беззащитным южным соседом.
В начале этих событий власть в Мексике находилась в руках умеренных либералов. Получив сведения, что войска США, вступив в Техас, движутся по направлению к мексиканской границе, президент Эррера отправил на север шеститысячную армию под командованием генерала Паредеса, профессионального мятежника. Паредес в 1841 году помог Санта-Анне захватить власть, а в 1844 году помог его свергнуть. С тех пор он выжидал удобного момента, чтобы самому захватить власть.
Получив командование армией, Паредес поднял мятеж, вернулся в столицу, где свергнул Эрреру и сам себя провозгласил президентом.
Паредес, реакционер и монархист, вместо того чтобы мобилизовать народ на борьбу с иностранными захватчиками, все свои силы направил на преследование либералов. Он распустил конгресс и установил режим жестокой диктатуры, опираясь на церковников и латифундистов.
Следует ли удивляться, что в этих условиях американская армия смогла, начав военные действия в марте 1845 года, к сентябрю не только захватить Новую Мексику, Калифорнию с Лос-Анхелесом, но и продвинуться на сотни километров к югу от Рио-Гранде-дель-Норте, оккупировав города Монтеррей и Сальтильо. Успехи американской армии объясняются в первую очередь предательством генерала Аристы, командовавшего мексиканскими войсками на севере страны и подкупленного генералом Тэйлором, возглавлявшим американскую армию вторжения. Мексиканские реакционеры, мечтавшие о «добрых» старых колониальных временах, готовы были пожертвовать независимостью Мексики в угоду американским или любым другим захватчикам, лишь бы обеспечить свои привилегии и латифундии.
Чтобы избежать худшего, следовало свергнуть Паредеса и создать правительство из настоящих патриотов. Движение против Паредеса возглавил лидер «чистых» либералов Гомес Фариас. Его сторонники в провинциях готовились к захвату власти. В Оахаке патриотов поднял на борьбу Хуарес. Но «чистые» были безоружны. Они могли рассчитывать на успех, только заручившись поддержкой части офицерства. А помочь им в этом мог все тот же Санта-Анна, имевший своих сторонников в армии. Гомес Фариас решил в интересах дела принять услуги Санта-Анны, поверив его заверениям, что он будет послушно выполнять указания «чистых». Разумеется, Гомес Фариас тогда не знал, что еще в период отделения Техаса Санта-Анна запродался американцам.
Договорившись с Гомесом Фариасом о совместных действиях, Санта-Анна поспешил вновь предложить свои услуги американцам. Из Гаваны, где он тогда находился, Санта-Анна известил президента США Полка, что, придя к власти, уступит американцам за 30 миллионов долларов любую часть мексиканской территории. Предложение Санта-Анны явилось для Полка сущей находкой, тем более что в США противники рабовладельцев резко осуждали грабительскую войну против Мексики и даже призывали американцев — сторонников свободы — сражаться на стороне мексиканцев.
Выступал против войны и Линкольн. В конгрессе, депутатом которого он являлся, Линкольн заявил, что «кровь, пролитая в этой войне, обличает Полка, подобно крови Авеля». Затяжная война в Мексике угрожала Полку не только серьезными внутренними, но и внешними осложнениями: Англия решительно выступала против территориальной экспансии США.
Президент Полк охотно пошел на сделку с предателем Санта-Анной, приказав американскому флоту, блокировавшему побережье со стороны Мексиканского залива, не чинить препятствий для его возвращения в Мексику из Гаваны.
В августе 1846 года либералам при содействии Санта-Анны удалось свергнуть Паредеса и захватить власть. Вскоре состоялись выборы в конгресс, который избрал президентом Санта-Анну, а вице-президентом — Гомеса Фариаса. Санта-Анна возглавил армию, заверяя население, что не только приостановит продвижение американских войск к столице, но и изгонит их из пределов страны, освободит Техас и чуть ли не завоюет Вашингтон.
В Оахаке с падением диктатуры Паредеса власть перешла к триумвирату в составе генерала Диаса — участника войны за независимость, Артеаги — сторонника Санта-Анны — и Хуареса, представлявшего левое крыло либералов. Некоторое время спустя временным губернатором штата Оахака был назначен Артеага, а исполняющим обязанности председателя верховного суда штата — Хуарес. На состоявшихся в том же году выборах в национальный конгресс левые либералы одержали победу, Хуарес был избран депутатом от Оахаки.
В декабре 1846 года Хуарес впервые прибывает в Мехико, где активно включается в работу конгресса.
Положение республики в то время было катастрофическим. Пользуясь предательством главнокомандующего мексиканской армии Санта-Анны, американцы одерживали одну победу за другой и медленно, но неуклонно приближались к столице. Правительство во главе с Гомесом Фариасом создало для борьбы с захватчиками народное ополчение — Национальную гвардию, однако во главе ее оказались сынки аристократов и богатеев, прозванных в народе «полькос» из-за их увлечения танцами, в особенности модной тогда в Мексике полькой.
Полькос, увешанные иконками — эскапуляриос и крестами, воинственные патриоты на словах, на деле и не помышляли сражаться с американцами. Они прожигали жизнь в столице, устраивая дебоши и понося «нечестивых» либералов.
Защита страны от американских агрессоров требовала все больших и больших расходов, но казна, как обычно, была пуста. Помещики и церковники, располагавшие огромными средствами, не несли никакого бремени по защите родины, они даже отказывались платить налоги. Гомес Фариас был вынужден на одну четверть сократить жалованье чиновников. Он обратился к спекулянтам — в Мексике их называли ажиотистами — за займом, но те потребовали соответствующих гарантий обеспечения. Дать такое обеспечение правительство попросило церковь, в «мертвых руках» которой находились поместья и недвижимое имущество стоимостью в сотни миллионов песо. Церковь, оказывавшая в период войны за независимость не только моральную, но и существенную материальную помощь испанским колонизаторам, категорически отказалась гарантировать правительственный заем и тем более предоставить его сама.
Напрасно власти взывали к патриотизму церковников, напоминая, что победа американцев-протестантов гибельно скажется на интересах католической религии в Мексике. Духовенство оставалось глухим к такого рода призывам. Привыкнув служить колонизаторам и люто ненавидя идею независимости, которая подорвала ее влияние на массы, духовенство явно симпатизировало американским захватчикам, встречая их повсеместно колокольным звоном.
Убедившись, что просьбами и призывами к патриотической сознательности у церковников не заполучить ни гроша, Гомес Фариас вновь предложил конгрессу конфисковать церковную собственность на сумму в 15 миллионов песо и использовать ее на нужды обороны. Хуарес и другие пурос энергично поддержали это предложение, и конгресс его одобрил, однако осуществить конфискацию и на этот раз не удалось. Церковники и прочие предательские элементы в ответ подняли очередной мятеж во главе с полькос.
Гомес Фариас смог при поддержке населения нанести поражение мятежникам, когда в столицу явился с лаврами победителя Санта-Анна. Незадолго до этого его войска неожиданно для него самого в сражении при Ангостуре отбросили американские части, взяв пленных, знамена и другие трофеи. Такой исход сражения не входил в расчеты ни американцев, ни их агента и невольного победителя Санта-Анны. Последний «великодушно» отказался от плодов победы, отпустил 400 пленных американских солдат и, вместо того чтобы продолжать наступление, повернулся к врагу спиной.