Вскоре после открытия художественных мастерских в Кудымкаре Субботин занялся организацией таких же мастерских в Перми и других местах губернии. Но первое время дело это не находило поддержки. На различных конференциях, совещаниях, заседаниях Субботину пришлось доказывать необходимость организации мастерских.
Наконец наступил момент, когда нужно было срочно решить — следует ли создавать художественные мастерские? На одном из совещаний губернского отдела народного образования (совещание это в связи с болезнью Субботина проходило в комнате, где он жил) было решено, кроме уже имевшихся Кудымкарских мастерских, открыть производственные художественные мастерские в Перми, в селе Ильинске, в Чердыни, Кунгуре и Добрянке. Художник писал об этом совещании: «Выяснилось после долгих споров, что мастерские в Перми должны существовать. Приехавший чрезвычайный уполномоченный оказался тоже на моей стороне. Теперь уже окончательно решено. Я остался уполномоченным по всей Пермской губернии. Мне предложили в Пермских мастерских вести декоративный факультет. Кроме этого, при отделе народного образования заведывать делами изобразительного искусства».
В Перми художественные мастерские были созданы на базе существовавшей здесь художественной студии. В начале 1921 года Субботину удалось получить под мастерские хорошее помещение — здание бывшего банка (ул. Коммунистическая, 22). Мастерские имели отделения: живописное, декоративное, графическое и керамическое. Кроме того, часть учащихся занималась резьбой по дереву. При мастерских были организованы музей наглядно-учебных пособий, библиотека, столовая, пекарня. Всего в мастерских было до 150 учащихся.
Субботин все свое время отдает укреплению Пермских, Кудымкарских и других художественных мастерских. Он часто бывает в них, заботится о снабжении их материалами, помогает в составлении планов работы, отыскивает преподавателей, добивается финансирования. Художник стремится к тому, чтобы возможно больше способной молодежи получило художественное образование. Говоря о привлечении учащихся в Кудымкарские мастерские, он писал: «Нужно просто самим ездить в Юсьву, в Куву, в Купрос, в Нердву, в Юрлу и искать способных и одаренных людей. Необходимо устраивать лекции, диспуты, беседы в школе второй ступени. Заинтересовывать и знакомить молодежь с вопросами искусства».
На различных митингах, собраниях, конференциях Субботин горячо призывал больше внимания уделять художественному воспитанию масс, особенно молодежи. На одной из учительских конференций он, например, говорил: «Вы, учителя, являетесь носителями культуры! Вы должны украшать свою жизнь и жизнь народных масс. В своей воспитательной работе должны пользоваться произведениями искусств, которые помогают раскрыть сущность человека, его переживания, стремления и внутренний мир. Всякий культурный человек всегда сможет воздействовать, окрылить народные массы на большие дела…»
Субботин радуется каждому успеху молодых художников. Для него было большим событием, когда представители из Пермского губернского отдела народного образования нашли работу Кудымкарских мастерских хорошей. Он радуется, когда ему удалось Григорьева, Пьянкова и других способных учащихся Кудымкарских мастерских послать в творческую командировку в Москву.
Работать приходилось чрезвычайно много. В одном из писем к жене Субботин сообщил: «Уходил я [на работу] к 8 часам утра и приходил к 11–12 часам ночи. А ночью дома еще сидел, работал. Теперь учащиеся довольны своей учебой. Дело пошло на лад, чему я очень рад… Вот жду из Москвы новых художников, моих учеников, теперь они уже со званием. Ячейка в мастерской активно включилась в работу, чему я очень рад. Болею душой, что не могу уделить внимания Кудымкарским мастерским. Приезжали кунгурцы, и я с неделю возился с ними. Теперь там тоже государственные мастерские. Учащиеся там малыши по сравнению с Кудымкаром и Пермью».
Учащиеся художественных мастерских с большим уважением относились к Субботину — своему учителю и отзывчивому человеку. Показателен такой пример. В марте 1921 года, когда художник в связи с болезнью вынужден был выехать в Кудымкар на отдых, учащиеся Пермских мастерских писали ему: