Примерно с 1490 года возникает впечатление, что исследования Леонардо приобретают характер постоянного стремления к «спиралевидному» познанию высших сфер. Отчасти это соответствовало рационально вычисленному покорению нового, неизвестного, во-вторых, он следовал таинственной интуиции, которая нередко помогала ему делать прыжок через столетия. Подумайте только над известным высказыванием, предвосхитившим открытие кислорода: «Там, где не живет пламя, не может жить животное, которое дышит». Здесь необходимо вспомнить и о всех его пророческих открытиях и познаниях, и это несмотря на то, что он, uomo senza lettere, не только не получил образования в университете, но даже не посещал гимназию. Он овладевал всеми существующими знаниями, скрупулезно наблюдая за явлениями окружающего мира, читая научные статьи и принимая участие в дискуссиях, проходивших между учеными и философами миланского двора. В своей рабочей тетради он упоминал многих авторов, с которыми, по-видимому, контактировал; а в списке его личной библиотеки было 170 книг, которые он в то время читал. В возрасте сорока лет ему стало совершенно ясно, что продолжение образования невозможно без знания латинского языка, и он словно гимназист, начал упражняться в спряжении и склонении, писал свой словарь латинского языка, постепенно расширяя словарный запас. Как у ревностного поклонника трудов Аристотеля, у него зародилось дерзкое желание создать универсальную энциклопедию, в которую были бы включены все достижения и открытия в области техники (от строительства новых типов военно-технических аппаратов с применением гидравлики до чертежей летательных машин), а также все знания в сфере геологии, оптики и анатомии с тем, чтобы передать их потомкам. Такой труд, обобщавший все достижения своего времени, настраивал художника на описание «гипотетическим образом бесконечности, животного и растительного мира, а также географических местностей». Леонардо-ученый стремился к универсальности, как и Леонардо-художник. Если Вазари обвинял его в ереси, то только потому, что он не был сторонником религии и «ставил научное познание выше христианской веры». Разумеется, Леонардо верил в Бога, как создателя и творца всего сущего, и никогда ни под каким предлогом не занимал атеистической позиции. Его очевидный антиклерикализм определялся, впрочем как и у многих верующих того времени, только протестом против двурушничества, лживости и лукавства священников, которые, как он пишет, «болтают, обогащаются и сулят рай». Он осуждал постыдные индульгенции, обогащавшие церковь, насмехался над бесполезными прелатами, «утверждающими, что делают Богу приятное тем, что год от года бьют баклуши, пребывая в роскоши». Можно лишь удивляться тому, что высказывания Леонардо по поводу реформации воспринимались как ересь: ведь по сравнению с непрерывной проповедью разлагающегося морально высшего духовенства они не имели сколько-нибудь значимого влияния на общество.