Эта афера, которую Леонардо воскресил в памяти, по-видимому, была слишком унизительна для него. То, что процесс закончился оправдательным приговором, отнюдь не означало, что исчезли факты, которые вредили его репутации и порочили его имя. Его оправдали не самого по себе, а из-за родственных связей одного из обвиняемых, принадлежавшего к влиятельной семье Медичи. Может быть после этого у него появилась психологическая травма в виде клаустрофобии — непреодолимой боязни закрытых помещений. Он рассказывал о страхе, который «неожиданно возникал при виде всех посторонних предметов». Возможно, что его первое изобретение было предназначено для выламывания металлических прутьев из окон, а затем, «может быть, для того, чтобы открыть тюрьму изнутри», эскиз которого он нарисовал, переживая заново причинность событий спустя несколько лет после процесса. Наконец, из-за этого процесса могли возникнуть также еще и другие неприятности, а именно, возможность лишиться, по причине своего «распутства», расположения отца. Сейчас уже невозможно узнать, о ком он писал и о каком грехе хотел сообщить: «В действительности пороки не нравятся лишь тем немногим людям, которым они ненавистны от природы. Многие ненавидят своих отцов и теряют своих друзей, когда те упрекают их за ошибки, но сами не могут ни переубедить, ни дать человеческий совет».
Все свои действия и поступки он прикрывал вуалью, которая, по его собственному выражению, скрывала их «туманом сообщницы ночи». Естественно, это отнюдь не связывалось с его необычным почерком, поскольку он был левша, но у него было стремление, в хорошем смысле слова, «из всего делать тайну». В одном из писем к дяде Франческо он говорил о своей уединенности, и ему казалось, что от людей необходимо удалиться по крайней мере больше, чем на год.
В 1477 году он приступил к активному изучению всего того, что касалось человека: жестов, осанки, уродства. В заброшенной старости, в искалеченных фигурах и в беспризорных детях он искал олицетворение красоты. Уединенное существование, которое Леонардо вел соответственно своей более поздней максиме: «Нелюдим тот, кто бежит от других!» — было внезапно прервано кровавыми политическими событиями апреля 1478 года, когда состоялся заговор семьи банкиров Пацци против правящего семейства Медичи. В ходе процесса над мятежниками, которые во время богослужения, проходившего в кафедральном соборе Флоренции, зарезали Джулиано де Медичи и ранили его брата Лоренцо иль Магнифико, было вынесено около ста смертных приговоров. А главу заговорщиков повесили прямо в окне Дворца правосудия. В те времена было обычным делом, когда художник зарисовывал смертную казнь, чтобы сделать из нее устрашающий наглядный пример. И в этом случае было поручено группе художников запечатлеть экзекуцию над заговорщиками. Поручение в первую очередь относилось к Сандро Боттичелли, который запечатлел смертную казнь Бернандо ди Бандино Барончелли, убийцы Джулиано де Медичи, сбежавшего в Константинополь и в декабре 1479 года там схваченного и выданного Флоренции. По поручению синьории в этой работе должен был принять участие и Леонардо. Холодным и пытливым взглядом он изучал искаженные лица и позы задыхавшихся преступников, при этом не забывал фиксировать во всех подробностях дорогую и элегантную одежду, видимо, предумышленно надетую на них.
Леонардо, всесторонне изучая выражение лица и осанку человека, настойчиво старался изобразить различные душевные порывы. При этом он оставлял собственные чувства в стороне, чтобы по возможности объективно передать впечатления в соответствии со своей максимой: «Все наше познание основано на восприятии». Это необходимо для того, чтобы объективно передать восприятие и избежать фальсификации через субъективные тона. Такая установка объясняет, почему он уклонялся в своих художественных изображениях от религиозной темы. Он последовательно отвергал веру в чудо, вступающую в противоречие с законами природы, и для него было особенно трудно изображать различных библейских святых. И все-таки благодаря отцу, который стал посредником в получении заказа от монаха Сан Донато из Скопето, он вынужден был писать на алтаре «Поклонение волхвов». Здесь еще раз проявился «непостоянный и изменчивый» характер Леонардо, ставивший его очень много раз в затруднительное положение при выполнении работ по заказу. Несмотря на то, что ему удавалось воочию представить концепцию произведения, он быстро терял к нему всякий интерес и отказывался от работы.