После окончания феодосийской гимназии Волошин поступил в 1897 г. на юридический факультет Московского университета. Выбор учебного заведения не был самостоятельным: Елена Оттобальдовна, женщина строгая и властная, настоятельно советовала пойти по стопам отца. Университет произвел на недавнего гимназиста «унылое и мрачное впечатление: полутемные, мрачные, холодные коридоры с каменными полами, в которых гулко отдается каждый шаг, скучная пустая канцелярия» (письмо к А. М. Петровой от 26 августа 1897 г.). Унылое впечатление произвело и знакомство со студентами. Волошин с горечью писал: «…я думал, что они все-таки будут лучше, чем то, что я здесь нашел. Они все ужасные гимназисты, и от них можно было бы потребовать большего развития и умственного, и нравственного». Однако «впечатление страшной пустоты и одиночества» продолжалось до приезда А. Пешковского. Вскоре Волошин познакомился со студентами Михаилом Свободиным (в будущем переводчиком и драматургом), Львом Кобылинским (поэтом и переводчиком). Он с интересом прослушал курс римского права и увлекся политической экономией (лекции А. И. Чупрова и И. Х. Озерова), а затем стал охотно посещать «посторонние» лекции на естественном и историко-филологическом факультетах.
Юный Волошин много читал и часто посещал театры, следил за современной русской литературой, особенно за творчеством Л. Н. Толстого и А. П. Чехова, разделял увлечение многих передовых людей произведениями Максима Горького. Его самобытность проявлялась в широте знаний, в его ранних творческих опытах. В начале 1898 г. он задумал написать поэму «XIX век». «Теперь работаю над большим оригинальным стихотворением. Тема очень необыкновенная, – писал он А. М. Петровой, – я хочу в стихах обрисовать XIX век как личность: его воспитание, обстоятельства жизни, характер». В Москве Волошин переводил стихотворения Г. Гейне и стихи из пьесы «Ганнеле» Г. Гауптмана.
Процесс самоопределения личности идет постепенно. Волошин вступает в «Общество попечительства о бедных», в котором было много студентов, и активно там работает; изучает материалы о народовольцах. «Передо мной раскрылись течения и движения семидесятых годов, и раскрылись в таком свете и в таком виде, что я был поражен и подавлен… Какие громадные личности, какая железная сила воли, какая страстная любовь к родине… Мы, русские, совсем не знаем своего прошлого – наше наследство, наше достояние скрыто и отнято у нас». В конце января 1898 г. Волошин писал А. М. Петровой: «Московские студенты отправили несколько писем Золя, причем первое было отправлено по моей инициативе. Только поражаешься на то, что теперь делается во Франции. <…> Раньше я думал, что такие безобразия и такой культ генералов возможны только в России – оказывается, нет. Поразительно!» Он пишет стихотворение «Доля русского поэта», звучащее программой:
Волошин узнает, что его оппозиционные взгляды замечены: он находится под негласным надзором полиции. Поначалу он относится к этому с иронией. Надзор, по его мнению, «сказывается только в том, что меня знают все университетские педеля да городовой на нашем углу вытягивается передо мной во фрунт и отдает честь». Но в феврале 1899 г. началась первая всероссийская студенческая забастовка. По донесению помощника инспектора, Кириенко-Волошин пытался «произвести волнение в актовом зале, где собирал вокруг себя кружок слушателей; то же он пытался делать и в аудитории своего курса». Это явилось достаточным основанием для того, чтобы уволить студента четвертого семестра юридического факультета из университета. Сам Волошин позднее уточнял, что в актовом зале «в тот день не агитировал… зато в библиотечной сказал пять слов». Он был выслан со свидетельством о неблагонадежности по месту жительства, то есть в Феодосию. В начале сентября, воспользовавшись тем обстоятельством, что будет принят в университет только в январе будущего года, Волошин вместе с матерью отправляется в свое первое заграничное путешествие (Краков, Вена, Северная Италия, Швейцария, Париж, Берлин). В январе 1900 г. он вернулся в Москву, чтобы «окончательно выяснить свои отношения к университету». Весной сдал экзамены за второй курс юридического факультета.