Повелитель правоверных, таким образом, не только приблизил к себе сорокатрехлетнего ученого, но и дал ему официальное задание — заняться комментированием Аристотеля. Одновременно Ибн-Рушд был назначен кадием Севильи. Несколько месяцев спустя им была завершена работа над толкованием аристотелевской книги «О возникновении животных». Л. Готье считает этот его комментарий первым (см. 47, стр. 7), но М. Алонсо относит еще к периоду до 1159 г. комментирование «Органона», а к 1159 г. возводит первую редакцию комментариев к шести другим сочинениям Стагирита (см. 43, стр. 55–68). Можно согласиться с мнением Дж. Хоурани, указывавшего на маловероятность того, чтобы Абу-Якуб и Ибн-Туфейль поручили такую задачу человеку, до этого не показавшему своих способностей в подобного рода работе (см. 14, стр. 15).
В 1171 г. Ибн-Рушд вернулся в Кордову, где вскоре занял уже ставшую наследственной в его роду должность великого кадия. Государственная служба, несмотря на свои положительные стороны, отнимала много времени и отвлекала от осуществления научных замыслов. В одном из своих трудов философ жалуется, что мог допустить кое-какие ошибки, поскольку был занят посторонними неотложными делами и не имел под рукой нужных источников, оставшихся в его кордовском доме; в другом сочинении он сетует на то, что недостаток времени вынудил его ограничиться наиболее важными вопросами, сравнивая себя с погорельцем, который выхватывает из огня лишь самые необходимые пожитки.
В 1182 г. Ибн-Рушд замещает Ибн-Туфейля на должности лейб-медика халифа. В 1184 г., после смерти Абу-Якуба, халифский престол перешел к его сыну Абу-Юсуфу Якубу. У нового правителя Ибн-Рушд был в не меньшем фаворе, чем у прежнего. Часами, бывало, засиживался он в покоях халифа на подушке, отведенной для самых близких друзей хозяина, ведя с ним ученые беседы и время от времени обращаясь к нему со словами: «Послушай, брат мой». А между тем над ним уже сгущались тучи.
Гроза разразилась в 1195 г. Абу-Юсуф повелел сжечь сочинения Ибн-Рушда, а самого философа сослал в местечко аль-Ясана, близ Кордовы. Распоряжение было отдано халифом в Кордове тогда, когда он возвращался с похода на кастильцев.
Средневековые арабские авторы комментируют это событие по-разному. Некоторые из них ищут мотивы, побудившие халифа подвергнуть Ибн-Рушда опале, в чрезмерной фамильярности последнего, выразившейся, в частности, в том, что он назвал повелителя правоверных в одной из своих книг просто королем берберов, как это было принято у ученых, без обычных пышных титулов и эпитетов. Предполагали также, что причиной немилости Абу-Юсуфа были его подозрения по поводу близких отношений между Ибн-Рушдом и братом халифа Абу-Яхьей, тогдашним губернатором Кордовы. Согласно еще одной версии, по Андалузии разнесся слух о приближающейся гибели рода людского от небывалого урагана, и губернатор Кордовы созвал по этому случаю наиболее мудрых и уважаемых людей города; Ибн-Рушд дерзнул дать упомянутому метеорологическому явлению естественнонаучное объяснение, а когда один из теологов спросил его, верит ли он в передаваемый Кораном рассказ о племени Ад, погибшем при аналогичных обстоятельствах, воскликнул: «Бог ты мой, само существование племени Ад нереально, так что же говорить о причине его гибели!» Говорили, наконец, что некие злопыхатели раздобыли комментарий, написанный собственноручно Ибн-Рушдом, где имелась фраза: «Ясно, что аз-Зухра (Венера) есть божество», показали эту фразу в отрыве от контекста халифу и, приписав ее самому философу, объявили его язычником.
Решение халифа подвергнуть Ибн-Рушда опале нельзя объяснить простым заговором царедворцев лично против одного из фаворитов Абу-Юсуфа. Во-первых, помимо Ибн-Рушда репрессиям подверглись и другие представители андалузской интеллигенции: ученые, врачи, судьи, поэты и даже некоторые богословы; во-вторых, халифский эдикт накладывал общий запрет на изучение философии, в связи с чем предусматривал изъятие и уничтожение всех подозрительных сочинений, кроме книг по медицине, астрономии и арифметике; наконец, в-третьих, опала Ибн-Рушда продолжалась относительно недолго: после успешного завершения похода, принесшего Абу-Юсуфу почетное прозвище аль-Мансур (Победитель), халиф вернулся в Марокко, куда пригласил Ибн-Рушда и других ученых. Речь здесь, следовательно, шла о другом — о стремлении халифа угомонить религиозных фанатиков, дать их агрессивным чувствам хотя бы временный выход и тем самым обеспечить спокойствие в своих владениях на Пиренейском полуострове.