De este planteamiento del problema metafísico por Aristóteles ha dependido toda la historia ulterior de esta disciplina. Su cultivo como tal ha estado unido siempre a la reaparición de la obra aristotélica. Así en la Edad Media, tanto en la escolástica musulmana (Avicena, Averroes) como en la cristiana (Santo Tomás, Duns Escoto) y en cierto modo en la judía (Maimónides). Todos ellos invocan a Aristóteles, y buena parte de la obra metafísica que realizan es un comentario aristotélico. Claro es que, a pesar de este designio, la situación histórica en que se hallan y el propósito de su acción intelectual dan un sentido bien distinto a una metafísica que pretende con frecuencia ser la misma de Aristóteles. No se olvide que Santo Tomás, por ejemplo, es primariamente un teólogo, y que su obra intelectual íntegra está orientada hacia la teología. Gilson ha hablado certeramente de un orden teológico, propio de Santo Tomás, a diferencia de un orden puramente "filosófico", ajeno a la revelación, que sería "tomista" en el sentido de que se trataría de una filosofía compuesta con elementos tomados de su obra. En rigor, la escolástica no es filosofía, sino una peculiar combinación de teología y filosofía.
Esto condiciona incluso el detalle de la metafísica medieval. Piénsese que, a diferencia de la griega, su problema capital no es el movimiento, sino la creación; que al ser no se opone tanto el no ser (mè ón) como la nada; que el sentimiento radical del problema de la analogía no es el de los modos del ser de las cosas sino el del ser creador y el ser creado; que son consideraciones teológicas (trinidad, encarnación, pecado original, eucaristía) las que provocan y orientan el planteamiento de problemas como el de los universales o la sustancia. Pero hay que subrayar tanto como esto el hecho de que toda la metafísica de la Edad Me dia permanece dentro del ámbito intelectual del aristotelismo, utiliza sus conceptos y sólo difiere de él en la medida en que es inevitable.
Esta metafísica, distinguida de la teología en Santo Tomás, pero unida a ella, que se va desligando en el siglo XIV, alcanza su existencia como disciplina independiente y autónoma a fines del siglo XVI, en manos de Francisco Suárez (1548-1617). Las Disputationes metaphysicae (1597) son -si se prescinde del problemático Sapientiale, de Tomás de York, en el siglo XIII- el primer tratado de metafísica que ha existido, elaborado -son las propias palabras de Suárez- "distinta y separadamente". Suárez, que tiene que repensar la tradición en vista de las cosas, va a hacer una teología natural distinta de la sobrenatural o revelada; la metafísica sigue ordenada a la teología, porque Suárez es teólogo; pero es una fundamentación previa de ésta. La metafísica adquiere, pues, autonomía y figura de ciencia; tiene que hacerse cuestión de sí misma, de su tema y estructura.
Las Disputaciones metafísicas se inician con una discusión sobre el objeto de la metafísica; Suárez examina diversas opiniones y las critica, para llegar a su propia definición: el ente en cuanto ente real es el objeto total de la metafísica; y teniendo en cuenta el grado de abstracción que le es propio, la define como "la ciencia que contempla al ente en cuanto ente, o en cuanto prescinde de materia según el ser" (Disp. I, sect. III). La metafísica así entendida es una ciencia especulativa y no práctica, cuyo fin es la contemplación de la verdad por sí misma; se ocupa del conocimiento de las cosas y las causas más altas, de los entes más nobles y las nociones más universales y más abstractas; es, en suma, sabiduría, y la ciencia más apetecible naturalmente para el hombre en cuanto hombre.
Finalmente, el esquema de la metafísica sufre una última inflexión en el siglo XVIII. Descartes había renovado la expresión aristotélica en el título latino original de sus Meditationes de prima philosophia, y había centrado este saber en las cuestiones de la existencia de Dios y la inmortalidad del alma. A partir de aquí y especialmente de la distinción cartesiana entre la sustancia pensante y la sustancia extensa, toda la metafísica del siglo XVII -Malebranche, Spinoza, Leibniz, Berkeley- va a tener como tema central el problema de la comunicación de las sustancias, en conexión estricta con la realidad del mundo exterior y la existencia de Dios. Cuando se llega, en manos de Wolff (1679-1754), a un "escolasticismo" de la filosofía moderna, aparece un esquema de la metafísica que va a influir sobre todo en la neoescolástica tomista desde la segunda mitad del siglo XIX. Para Wolff, la metafísica se divide en metafísica general u ontología y metafísica especial, que comprende tres ciencias: cosmología racional, psicología racional, teología natural. Ésta es la última forma de lo que podemos llamar "metafísica clásica", anterior a la crisis que, iniciada en la filosofía inglesa desde el siglo XVII, alcanza su forma madura en la Crítica de la razón pura, de Kant. Al ponerse en duda la posibilidad misma de la metafísica, se hace necesaria una reflexión distinta y más honda sobre sus supuestos y su justificación; y toda metafísica posterior a la crisis kantiana está condicionada por venir de ella, por haberse constituido y afirmado teniéndola en cuenta y, por consiguiente, absorbiéndola e incluyéndola en sus entrañas.