Результатом поездки Орлова и Трифонова в Царское Село явилось учреждение императрицей Секретной комиссии по поимке Пугачева, в состав которой вошли два человека: капитан Преображенского полка Галахов и сам Остафий Трифонов. Правда, впоследствии к ним присоединился майор Рунич, тяжело контуженный во время турецкой компании и находившийся в то время в Москве на излечении.
Секретной комиссии были даны самые широкие полномочия. Галахов получил право требовать выдачи паспортов на любое имя, он мог останавливать курьеров штабов любого уровня и знакомиться с перепиской должностных лиц. Члены Комиссии могли требовать выделения в их полное распоряжение любых сил, необходимых для организации вооруженного конвоя; в местах боевых действий они могли перемещаться сообразно своим планам, не подчиняясь воинским командирам. О хозяйственных полномочиях — получении корма для лошадей, внеочередном проезде почтовых станций, получении у местных властей лошадей, размещении на постой и т. п. — и говорить нечего: все это Секретная комиссия получила сполна.
Одновременно для организации похищения Пугачева и оплаты накладных расходов Галахову выделили 25 тысяч рублей.
Вечером 19 июля 1774 года Галахов и Трифонов выехали сначала из Петербурга в Москву, где Галахов поменял бумажные ассигнации на 15 тысяч золотом. По расчетам, этих денег должно было хватить на аванс казакам. После этого, три члена Секретной комиссии с двенадцатью Преображенскими гренадерами 5 августа 1774 года выехали из Москвы.
Наконец, после многодневных блужданий по степи, в конце августа 1774 года Секретная комиссия прибыла в Саратов и разместилась в пустовавшем архиерейском доме.
Здесь же было проведено и итоговое совещание членов комиссии. После продолжительного обсуждения сошлись на следующем: Галахов и Рунич с деньгами и конвоем отправляются в Сызрань, где ждут сигнала от Трифонова о поимке Пугачева. Сам Трифонов в сопровождении трех сотников переправляется через Волгу в районе Сызрани; в районе переправы он оставляет первого казака. С двумя другими он отправляется вглубь заволжской степи и примерно через 70 верст оставляет второго казака. Продолжая свой путь, он еще через 50 верст оставляет третьего и далее движется один, пока не найдет свой отряд. Встретившись сними поймав Пугачева, Трифонов отправит на встречу с третьим казаком своего посыльного, который условной фразой известит о происшедшем. Далее, казаки по эстафете передадут информацию в Сызрань. Галахов с Руничем немедленно выедут из города и отправятся к тому месту в степи, где Трифонов расстанется с третьим казаком: именно туда будет привезен плененный Пугачев, и там необходимо будет произвести окончательный расчет с отрядом захвативших его казаков. Для авансирования казаков Трифонову было выделено три тысячи рублей, хотя он требовал всю причитающуюся казакам сумму. Остановившись на таком решении, комиссия разъехалась: Галахов отправился в Сызрань, Трифонов — вглубь степи, а Рунич — в Пензу, на доклад графу Панину о принятом решении.
Рунич, после доклада Панину, направился в Сызрань. И к своему немалому удивлению столкнулся в дороге с Галаховым и его охраной. От него он узнал самую актуальную на тот момент новость: 14 сентября 1774 года Емельян Пугачев был пойман и передан на руки Суворову. С этого момента нужды ни в Остафии Трифонове, ни в самой Секретной комиссии не было. Чтобы вернуть с дороги Трифонова Галахов послал поручика Дидриха.
Поручик догнал Трифонова на симбирской дороге в 90 километрах от Казани. После этого все пятеро отправились в Симбирск. Но, не доезжая до него 50 километров, остановились на ночлег в оказавшейся на их пути деревне.
Проснувшись утром, поручик Дидрих с ужасом увидел, что Остафий Трифонов исчез. Хотя лошадь его осталась на месте. Этот факт навел на мысль, что Трифонов ушел пешком. Поэтому было потрачено несколько часов на поиски Трифонова в деревне и ее окрестностях.
Убедившись, что того в деревне нет, бросились на тракт. Для поисков беглеца по приказу Дидриха деревенский староста отрядил сотских и десятских старшин с крестьянами. Однако поиски успехом не увенчались. Трифонов исчез. А вместе с ним и три тысячи казенных денег. Но дело было даже не в деньгах. Этот человек воспользовался доверием высочайших лиц государства и фактически украл деньги. Но история на этом не завершилась…