Самая большая дружба у якудза завязалась с ультранационалистами и милитаристами — их стиль импонировал друг другу. В обмен на услуги по легализации якудза поставляли людей для милитаристских организаций. Однако, когда началась Вторая мировая война, терпеть двоевластие военные уже не могли. Большая часть якудза либо забрали в армию, либо посадили в тюрьму.
В современном виде структуры якудзы окончательно сформировались после Второй мировой войны и американской оккупации.
И хотя администрация оккупационных войск считала якудза своими злейшими врагами, однако, существенно что-либо изменить не могла — дефицит самого необходимого привел к расцвету черного рынка и появления четвертой группы предтеч современных якудза — гурэнтай («бандитов»).
Собственно, гурэнтай и были первыми якудза в современном смысле слова. Они осмыслили весь опыт предшественников и взяли большую часть власти в стране в свои руки — американцы ведь уничтожили верхний слой японской администрации. В первую очередь гурэнтай контролировали черный рынок, но занимались всем, за что им платили деньги.
В 1950 году американская оккупационная администрация была вынуждена признать, что не может побороть организованную преступность в Японии. Якудза нового времени уже не носили мечи. Они предпочитали ножи и пистолеты. Насмотревшись американских фильмов, они начали одеваться как гангстеры: черные костюмы и галстуки, белые рубашки, короткие стрижки, темные очки. Они вели жестокие войны друг с другом и терроризировали мирное население. К 1963 году их численность превысила японские силы самообороны: 184 тысячи членов в 5200 группировок.
Поэтому возникла потребность в человеке, который бы смог утихомирить якудза. Им оказался Кодама Есио, бывший член ультранационалистической группировки и шпион в Восточной Азии, во время войны — контр-адмирал и советник премьер-министра. Когда вместе с другими членами правительства Кодама был заключен американцами в тюрьму, он начал сотрудничать с американской разведкой.
Сначала Кодама использовал свои связи, чтобы примирить американцев с якудза. Затем, уже в 1960-х, он был посредником между крупнейшими кланами, чтобы объединить их усилия во имя Японии и против коммунистической угрозы. Именно трудами Кодамы система кланов якудза приобрела вид, в котором существует до сих пор.
К этому времени японские мафиози освоили для себя новую отрасль — наркоторговлю. Под нажимом американских оккупационных властей японское правительство в 1951 году вынуждено было принять специальный закон, ограничивающий употребление наркотических препаратов. В начале 60-х годов мафия попыталась создать в Японии рынок потребления героина. Но жесткие меры правительства, принятые в 1964 году — накануне открытия токийской Олимпиады, оказались весьма результативными. Сеть торговцев героином была быстро разгромлена, и многие якудза надолго обосновались в тюрьмах. Контакты с зарубежными поставщиками наркотиков были оборваны.
Однако и это не отбило у якудзы интереса к столь прибыльному бизнесу. Правда, пришлось приспосабливаться к сложившимся условиям. И наркомафия переносит центр своей активности в соседнюю Южную Корею, где создается сеть подпольных лабораторий по производству наркотических стимуляторов, в основном амфетамина. Этот препарат считался безвреднее героина, гашиша и других распространенных в Америке и Западной Европе «жестких» наркотиков. Воздействуя на центральную нервную систему, он придавал потребителю чувство самоуверенности, повышал напористость, энергичность. Как ни странно, большим спросом амфетамин пользовался у женщин, считавших его безобидным средством для похудения. Затем на смену амфетамину пришел метамфетамин с удвоенным наркотическим воздействием.
Но в 1985 году правительство Японии договорилось с руководством Южной Кореи о координации действий против наркомафии. Однако уничтожить наркотическую паутину не удалось. Базы по производству наркотиков были без особого ущерба переведены на Тайвань. Японский клан «Ямагути-гуми» заключил соглашение с тамошним гангстерским синдикатом «Чулиен Панг» о сотрудничестве в производстве и доставке в Японию наркотиков. Сделка была явно удачной. Теперь 86 % наркопрепаратов поступают на японский рынок с Тайваня. В последние годы угрожающими темпами стало возрастать число приверженцев героина, кокаина, марихуаны. Полиция считает, что наркотики регулярно употребляют до 600 тысяч японцев.
К началу 90-х годов размах деятельности мафиозных кланов достиг таких размеров, что японское правительство было вынуждено в 1992 году принять закон о предотвращении незаконных действий членов преступных группировок. Помимо прочих мер, этот закон явно запретил «защитный рэкет», бывший главным бизнесом якудза, и определил понятие «преступной группировки» (борекудан), ранее отсутствовавшее в законодательстве. В частности, к таким группировкам были отнесены, скажем, любые собрания, более определенного процента членов которых имеют судимости.