XIII – XI вв. до н.э. – эпоха завоевания Земли Израиля (Ханаана) евреями. Овладеть Иерусалимом евреи не смогли. Иевусейский городок продолжал оставаться независимым. Причиной этому были длительные войны между евреями и филистимлянами («плиштим»), которые отвлекали вождей еврейского государства от оставшихся на их территории незавоеванных городков ханаанцев. Выгоднее было торговать с последними.
Ок. 1000 года до н.э. – начало истории еврейского Иерусалима, столицы объединенного Израильско-Иудейского царства. Захват города войсками царя Давида произошел фактически бескровно, причем часть иевусеев осталась жить в Иерусалиме. По приказу Давида удобный своим расположением Иерусалим становится главным городом государства, простиравшегося от Синайского полуострова до Дамаска на севере, от Средиземного моря до Заиорданья на востоке. На горе Мориа по указанию Давида воздвигли «скинию» – шатер для главного культового предмета иудаизма, Ковчега Завета, деревянного ящика в котором хранились полученные Моисеем от Бога каменные скрижали с 10 заповедями. Земля на горе Мориа была выкуплена у местного жителя Аравны (судя по имени – хуррита или миттанийца) – царь Давид не стал, в отличие от многих царей древности, силой отбирать землю на строительство культового центра для своего народа. Так Храмовая Гора – центр мира для иудеев – стала принадлежать Народу Израиля не только по праву Завета, но и по праву договора о продаже.
Ок. 960 года до н.э. – строительство Первого Храма. Царь Соломон (Шломо) был первым царем, при котором началось расширение города. Он приказал обнести Иерусалим новыми крепостными стенами. Его главным достижением стало строительство Первого храма. Это окончательно превратило Иерусалим в культовый иудейский центр. Построенный с помощью финикийских архитекторов и инженеров, Храм, небольшое, искусно построенное здание, стал местом притяжения всего еврейского народа, навсегда определив нерушимую связь Иерусалима и евреев. Первому Храму было суждено простоять 376 лет.
925—586 годы до н.э. – Иерусалим – столица Иудеи. Вскоре после смерти Соломона Израильско-Иудейское царство распалось на два: Северное – Израиль и Южное – Иудея. Иерусалим стал столицей Иудеи. Отношения между еврейским царствами проходили множество стадий – от ненависти и войн до сотрудничества и крепкой дружбы. Северное царство было уничтожено в 722 г. ассирийцами. Иудея выстояла в значительной степени благодаря укреплению Иерусалима, осуществленному царем Хизгиягу (Иезекией) из династии Давида. Осада Иерусалима ассирийцами в 701 году до н.э была неудачной для осаждающих. Царю Ассирии Синнахерибу пришлось уйти, и Иудея вздохнула свободно, отстояв свою независимость.
В 586 году до н.э Иерусалим был захвачен и разрушен вавилонянами. По приказу царя Навуходоносора (Невухаднеццар в еврейской транскрипции, Набу-Кудур-Иццур – в вавилонской) Первый храм был полностью уничтожен и предан огню, а иудеи отправлены в изгнание в Вавилон. Так закончился в еврейской истории так называемый период Первого Храма.
516 год до н.э. – возвращение в Сион и восстановление Храма.
Вавилонская империя была завоевана персами. Персидский царь Кир в 538 г. разрешил евреям вернуться на Родину и заново отстроить Храм. Кир приказал также вернуть в Иерусалим храмовую утварь, увезенную Навуходоносором, лично из своей казны оплатил расходы по постройке Храма. Храм был отстроен заново к 516 году, и с этого момента начинается эпоха Второго Храма. Во Втором Храме уже не было Ковчега Завета со скрижалями, полученными Моисеем – они таинственно исчезли незадолго до разрушения Первого Храма, и сегодня никто не знает место их нахождения.
445 год до н.э. – реформы Эзры и Нехемии. Хотя Храм и был отстроен, Иерусалим долго оставался малозаселенным. В 445 г. иудейский правитель Нехемия (Неемия) провел ряд серьезных реформ, направленных на возвращение Иерусалиму статуса столицы Иудеи. Он же обнес город новой крепостной стеной. Современник Нехемии, выдающийся еврейский законоучитель Эзра (Ездра), учредил в Иерусалиме высший орган еврейского самоуправления – Кнессет а-Гдола (Великое Собрание), в который входило 120 мудрецов. До 332 года до н. э. Иерусалим продолжал оставаться столицей полунезависимой персидской провинции Иудея.