По приказу Петра ее продолжали убеждать добровольно удалиться в монастырь.31 августа, как свидетельствует Гвариенти, государь в доме почтмейстера Виниуса беседовал с Евдокией Федоровной в течение четырех часов. Он убеждал ее добровольно удалиться в монастырь. Евдокия проявила твердость и отказывалась дать на то согласие. То, что беседа продолжалась так долго, говорит о том, что Петр с уважением относился к жене. Видимо, какие-то качества ее были симпатичны ему. Не решился он сразу, одним махом, волею своею, без беседы с ней, удалить ее в монастырь. Правда, в дневнике у Корба есть сообщение, что Петр беседовал не с женой своей, а с любимой сестрой — Натальей Алексеевной. Но доверимся Н. Г. Устрялову, заметившему, что свидетельство Гвариенти «вероятнее потому, что с любимою сестрою царь без сомнения виделся и прежде».
В разговоре с мужем Евдокия, по-видимому, проявила определенную твердость и показала свой характер. Беседа Петра с женой не привела ни к чему. Государь прибегнул к силе. Недели три спустя царевна Наталья Алексеевна, исполняя волю брата, увезла царевича Алексея из кремлевских палат в Преображенское, оторвав восьмилетнего мальчика от матери, а 25 сентября, как пишет Гордон, волею-неволею, в самой простой карете, без свиты, Авдотья Федоровна отправлена в суздальский Покровский девичий монастырь.
«Со всем почтением, — пишет историк М. М. Щербатов, — которое я к сему великому в монархах и великому в человеках в сердце своем сохраняю, со всем чувством моим, что самая польза государственная требовала, чтоб он имел кроме царевича Алексея Петровича законных детей, преемниками его престола, — не могу я удержаться, чтобы не охулить развод его с первою его супругой, рожденною Лопухиной, и второй брак, по пострижении первой супруги, с пленницею Екатериною Алексеевною… Пусть монарх имел к тому сильные причины, которых однако ж я не вижу, кроме склонности его к Монсовым, сопротивления жены его новым установлениям». В чем заключалась вина царицы перед своим мужем? Сие, писали историки прошлого, остается тайною. Некоторые иностранные писатели (Левек, Вильбоа, Лекрерк) уверяли своих читателей в том, что удалению Евдокии Федоровны из первопрестольной особенно содействовал А. Д. Меншиков (не утверждали ли они чью-то версию, отводя гнев на Меншикова, зная, что причина в другом?). Меншиков, писали они, в это время был в фаворе, имел сильное влияние на «ум и волю государя». Прочитаем строки, написанные Вильбоа: «Гордая царица не любила Меншикова, как безвестного простолюдина, взятого с улицы и из-под пирожкового лотка поставленного на ступенях трона. На ее презрение царский фаворит отвечал ненавистью и умел подвигнуть государя к ссылке и заточению Лопухиной». Но согласимся с тем, что о ту пору, как говорили в старину, Александр Данилович не был еще настолько силен, чтобы руководить действиями и волей Петра. Он еще только набирал силу, приглядывался и оглядывался.
В июне 1699 года окольничий Семен Языков объявил архимандриту суздальского Спасо-Ефимьева монастыря Варлааму именное царское повеление. Согласно повелению, пострижена была Евдокия Федоровна в келии старицы Маремьяны, под именем инокини Елены.
По столице пополз слух, будто остудила мужа к жене законной царевна Наталья Алексеевна. Ненавидела она ее. За что? Богу о том одному известно. Может, за нрав, а может, за красоту. Да только о неприязненном отношении царевны к царице говорили стрельчихи, говорили упорно. А можно ль им не верить? Впрочем, Н. Г. Устрялов замечал, едва ли это справедливо: «то был простонародный толк стрельчих, не знавших дела». Все же многие склонялись к тому, что Евдокия Федоровна пострадала, будучи старого покроя человек. Александр Гордон в своей «The History of Petor» (1775 г., II, 281) пишет, что она отдалила супруга от себя «безотвязною ревностью и упреками за привязанность его к иностранцам». Все в роду Лопухиных питали неприязнь и ненависть к иноземцам. Неприязнь эта была не случайной, как мы то увидим позже. Она доходила до того, что однажды один из братьев Евдокии Федоровны в присутствии царя оскорбил Лефорта. Шведский резидент Кохен, как и все иностранные посланники, внимательно наблюдавшие за происходящими событиями при царском дворе, сообщал об одном примечательном обеде у Лефорта 26 февраля 1693 года, на котором присутствовал государь. «В жару спора Лопухин (не Абрам ли Федорович? — спрашивает М. Семевский) стал поносить генерала самыми непристойными выражениями, наконец схватился в рукопашную, и в драке сильно измял прическу великого адмирала. Царь тут же заступился за своего любимца и наказал оскорбителя пощечинами».