В 1689 году, за несколько недель до победы Петра над Софьей, Гордон перешел на его сторону. Еще до возвращения своего в первопрестольную из Троице-Сергиева монастыря Петр позвал к себе Гордона, имел с ним продолжительный разговор и одарил его камкою и атласом.
Так, с самого начала единодержавия Петра I, Гордон оказался в кругу лиц, близких молодому царю.
О некоторых действиях Гордона Петр I, похоже, и не подозревал.
Вероятнее всего, не знал он и о том, что в 1691 году приехавший от цесаря ходатайствовать за иезуитов Курций, едва оказавшись в Москве, послал за Гордоном для важной беседы. Встретились они в доме Гуаскони.
Как следствие этой беседы было то, что при Гордоне (точнее сказать: в Москве, но при Гордоне) остались вначале Блеер, а затем присланные Курцием миссионеры Лефрер и Еросиха. Гордон был их тайным руководителем.
Франц Лефорт — знаменательная личность в истории Российского государства. Он приехал в Москву в 1675 году. Его семья во время Реформации покинула город Кони, где она называлась Лифорти, и поселилась в Женеве. Отец Франца был аптекарем.
Восемнадцати лет Лефорт покинул родителей и отправился в Голландию, имея при себе рекомендательное письмо от принца Карла Курляндского к его брату Казимиру. Карл жил в Женеве, а брат его служил в Голландии с корпусом войска. Казимир принял молодого человека по-доброму, принял в нем участие, назначил своим секретарем. Платил он ему не деньгами, а давал вместо жалованья, как пишут, свое старое платье. А зная слабость Лефорта к карточной игре, выделял немного денег на игру. Волонтером Лефорт принял участие в военных действиях против французов.
В 19 лет Франц Лефорт вместе с полковником Фростеном, который набирал людей на службу русского царя, направляется в Архангельск. Францу льстило, что ему обещан был чин капитана. Однако дела в России пошли совсем не так, как предполагал молодой швейцарец. Если бы не случай, неизвестно, удалось бы ему попасть в Москву. Разрешение на приезд в Москву было добыто с большим трудом. В Архангельске Франц встретился и сошелся с Гуаскони (некоторые пишут — Гваскони), который, как полагал исследователь Поссельт, познакомил затем его с Менезием.
В сложном, неопределенном положении в течение двух с лишним лет находился в Москве Франц Лефорт. В те времена отъезжающие из России иностранцы считались шпионами. Лефорт делал попытки попасть в свиту одного из видных членов дипломатического корпуса, искал друзей в Немецкой слободе, влиятельных покровителей и находил их. В числе их мы увидим Менезия и Гордона. Нашлась у Франца и хорошенькая покровительница, вдова иностранца-полковника, женщина довольно-таки богатая.
В 1678 году Франц принимает решение остаться в России. Неопределенное положение его кончилось, когда он женился на ближайшей родственнице жены Патрика Гордона, молодой, красивой католичке с великолепными связями, что еще более упрочило союз Гордона, Менезия и Лефорта. Положение Франца Лефорта упрочилось. Он очень дорожит родством с Гордоном и в письме к матери от 23 июля 1678 года, извещая ее о своей женитьбе, спешит выразить надежду, что это событие послужит его служебному повышению.
Так оно и случилось. Лефорт принят на службу в чине капитана и под начальством Патрика Гордона проводит два с половиной года в Малороссии, где в то время шла борьба с татарами. Лефорт избрал военную карьеру, к которой, впрочем, у него не было ни любви, ни призвания. В правление Софьи он участвовал в военных действиях против татар, а также в обоих крымских походах — 1687 и 1689 гг.
Находясь в Киеве, он живет и столуется у Гордона, вначале один, затем с женой и тещей. Гордон же, когда Франц Лефорт собирается ехать в отпуск в Женеву, пишет ему прекрасную аттестацию, с которой знакомится князь В. В. Голицын. Через своих покровителей Гордона и Менезия Лефорт сблизился с всесильными князьями В. В. и Б. А. Голицыными.
В 1683 году Лефорт переведен в Москву, поближе к царскому двору. Отметим, переведен он в полк двоюродного брата Менезия, графа Граама, которому покровительствовал князь Б. А. Голицын.
Ощущая благорасположение обоих Голицыных, Лефорт, по справедливому замечанию одного из историков, подобно ласковому теленку, ухаживал за обоими, пока, наконец, не перешел окончательно на сторону Петра.
Говорун и весельчак, человек подвижного ума, увлекательный рассказчик, Лефорт с 1690 года завоевал искреннюю привязанность Петра Первого и добился, чего хотел, — стал одним из ближайших его друзей.