Гораздо труднее было для иезуитов и католической церкви не войти в конфронтацию с малабарскими обрядами. Китайские обряды были, в сущности, довольно невинны, так как почитание Конфуция и предков не содержало в себе языческих представлений, даже с точки зрения чистого конфуцианства исключало их и принадлежало к числу гражданских действий, как объявил по просьбе иезуитов император Канси. Малабарские обряды, напротив, находились в прямом противоречии с самим духом христианства, которое не допускает никаких различий между верующими в отношении религиозных таинств. Мысль о том, что священник может отказать умирающему парию в причастии, протянуть ему остию на конце палки или положить ее у его двери, должна была внушить чувство ужаса и действительно внушала его. Нужны были необычайно реалистический ум иезуитов, их стремление покорить церкви мира всеми средствами, их убеждение в необходимости «стать всем для всех», чтобы принять те компромиссы, на которые пошли Роберт де Нобили и его преемники. Впрочем, это были в высшей степени замечательные люди: они вели то жизнь факиров, переносивших все лишения, то жизнь знатных сеньоров, окруженных восточной помпой, и настолько овладели языками Индии, что могли сочинять на туземных языках поэмы, песнопения, благочестивые, богословские и философские книги. Впрочем, если существовали иезуиты-браманы, как Роберт де Нобили, Дон Жуан де Бритто и Констанций Бресчи, то были и иезуиты-парии, как Эмануэль Лопец, жившие среди париев, всегда полуголые, ходившие в лохмотьях и которых не приветствовали даже их братья-браманы, когда тех проносили мимо на паланкинах.
Впрочем, трудность вопроса достаточно четко проясняется, если принять во внимание те колебания, которые характеризуют позицию папы и церковных властей в отношении китайских и малабарских обрядов. Первое осуждение китайских обрядов папской властью имело место лишь в 1645 году. Виновниками этого осуждения были францисканцы и доминиканцы, появившиеся в Китае соответственно в 1631 и 1633 годах и изгнанные оттуда мандаринами в 1637 году. Инквизиция и Иннокентий X поверили всем обвинениям, предъявленным иезуитам доминиканцем Ж.-Б. Моралесом. Но в 1656 году святая инквизиция декретом, одобренным папой Александром VII, разрешила проведение церемоний в честь Конфуция и предков, а это и было важным. В 1669 году дело против иезуитов было возобновлено по инициативе другого доминиканца, отца Иоанна Поланко, и новый декрет инквизиции, утвержденный Климентом IX, подтвердил оба противоречащих друг другу декрета, 1645 и 1668 годов, и приказал соблюдать их в зависимости от обстоятельств, что было равносильно предоставлению миссионерам полной свободы действий. После преследований 1664–1665 годов иезуиты, высланные в Кантон совместно с одним францисканцем и тремя доминиканцами, определили в 42 параграфах правила апостольства в соответствии с декретом 1656 года, а 26 января 1668 года избрали патроном миссий святого Иосифа.
Но это перемирие продолжалось недолго. Доминиканец отец Наваррет, возвратившись из Китая, издал в 1676 и 1679 годах двухтомное сочинение, в котором крайне резко осудил китайские обряды. Спор принял еще более резкий характер с прибытием в Китай французских миссионеров, посланных туда Обществом чужеземных миссий и проникнутых более чем вековой враждебностью французского духовенства к иезуитам. По требованию апостольского викария Фу-киена Шарля Мегро после непрерывного одиннадцатилетнего разбирательства в Риме святая инквизиция и Климент XI 20 ноября 1704 года в конце концов осудили всю практику иезуитов, за исключением употребления термина Тьен-чу (Господин неба) для обозначения Бога, хотя и не отменили декрета от 20 марта 1656 года. Иезуиты, не желая того, скомпрометировали свое дело, добившись 20 ноября 1700 года от императора Канси заявления, в котором свидетельствовался чисто гражданский характер воздаваемых Конфуцию и предкам почестей. Враги иезуитов стали утверждать, что они противопоставили авторитету папы авторитет китайского императора.