Недоверие иезуитов к совести отдельного индивидуума и даже к суждениям духовника заставило их одобрить и пропагандировать учение, которое, несмотря на защиту отца де Равиньяна и других ученых-теологов, остается совершенно неприемлемым, пробабилизм. Согласно этому учению, в том случае, когда возникают сомнения относительно дозволенности или недозволенности того или иного поступка, можно сослаться на мнение теологов, причем, если они высказывают различные мнения, разрешается выбирать из них то, которое предпочитаешь, хотя бы оно было наименее probabilis, то есть такое, которое можно было бы менее всего одобрить. Генерал Тирс Гонзалес пытался бороться с этим учением, но едва не навлек на себя недовольство всего ордена. Если бы пробабилизм утверждал, что из различных мнений мы должны следовать тому, которое одобряет наша совесть, он стал бы для нас приемлемым. Но в действительности он, скорее, является способом оправдать в собственных глазах поведение, дозволенность которого кажется сомнительной, лишь бы только можно было прикрыться внешним авторитетом. Мы сталкиваемся здесь со слабой стороной всей нравственной доктрины и всей педагогической системы иезуитов, состоящей в замене голоса совести авторитетом текста, вышедшим из-под пера того или иного теолога.
Опасности, к которым приводит чрезмерная снисходительность, проповедуемая иезуитами, неоднократно указывались авторитетными деятелями. Здесь рядом с Урбаном VIII и Иннокентием XI стоит Боссюэ, который, восхищаясь иезуитами, вместе с тем упрекал их в том, что они «кладут подушки под локти грешников» и который говорил об «отбросах казуистов»; и особенно Бурдалу, наиболее знаменитый из членов ордена, который говорил, обращаясь как будто к верующим, а на самом деле к некоторым казуистам: «Я знаю, что если каждый из нас будет слушаться только самого себя, то не найдется ни одного человека, который бы стал считать себя вправе освободить себя от исполнения наиболее обязательных велений Божественного закона. Я знаю, например, что закон, запрещающий захват имущества своего ближнего и повелевающий возвратить ему захваченное, окажется уничтоженным, если обратиться за советом к политикам, которые, несомненно, решат его в пользу честолюбия и корыстолюбия. Я знаю, что закон, запрещающий месть, не найдет себе применения, если самым даже очевидным проявлениям мести давать название правосудия, если каждый, оправдывая нанесенные им самим обиды, будет добиваться должного, по его мнению, удовлетворения нанесенных ему обид, отказываясь пойти на какие-либо уступки. Я знаю, что закон о воздержании и посте, который вскоре будет опубликован церковью, превратится в пустой звук, если каждый, служа идолу своего здоровья, захочет считаться только со слабостью своего здоровья или, лучше сказать, со своей изнеженностью».
Среди многочисленных обвинений, выставлявшихся против Общества Иисуса, одним из наиболее тяжких и чаще всего повторяющихся было обвинение в том, что оно постоянно скрывает под покровом тайны не только от мира, но и от членов самого ордена акты своей политики и их мотивы, что наряду с известными и открыто признанными правилами и законами оно имеет секретные правила, в которые главы ордена посвящают лишь самых надежных из своих сторонников и в которых содержатся глубинная мысль и дух ордена. Среди этих тайных правил наиболее известными являются те, которые были опубликованы в 1614 году под названием «Monita privata Societatis Iesu» и которые получили широкую известность под именем «Monіta secreta». Герман Мюллер, остроумно защищающий в своей книге «Les origines de la Compagnie de Iesus» парадоксальное утверждение, что Игнатий Лойола скопировал форму организации своих учреждений с мусульманских братств, и не сомневается в том, что тайное правительство и секретные правила заимствованы у этих братств, которые действительно требуют от своих членов соблюдения тайны как по отношению к посторонним, так и между собой, в том смысле, что они осведомлены о правилах своего ордена в зависимости от степени своего посвящения.