Когда закончились два года обучения в барселонской школе, учитель сказал Лойоле, что он весьма преуспел в учебе и может продолжать ее в высшем учебном заведении. Иниго проэкзаменовал доктор теологии, посоветовавший ему то же самое. С XI века в бурно растущих средневековых городах появились universitas, университеты, высшие учебные и научные заведения, которые вели подготовку многогранных специалистов, обладавших всей совокупностью знаний и культуры. Первые высшие светские школы появились в итальянской Болонье, французском Париже, английском Оксфорде и Кембридже, испанской Саламанке. Среднее и высшее образование не разделялось. Все средневековые университеты имели начальные школы, одновременно являясь и крупными научными центрами. Летом 1526 года Лойола и его ученики отправились в многолюдный, оживленный и богатый город Алкала-де-Генарес, который называли средоточием кастильской образованности. В 1498 году знаменитый кардинал и регент Кастилии во времена детства будущего испанского короля и императора Карла V Франческо Хименес-де-Чиснерос основал в Алькале университет. Две недели Иниго и его ученики жили подаянием и проповедовали в городе, пока управляющий алькальским госпиталем Богородицы Милосердной не дал им комнату и все необходимое для существования. Лойола и его товарищи поступили в университет, где начали изучать логику, метафизику, богословие. Преподаватели рассказывали студентам «Логические термины» Доминго Сото, «Физику» Альберта Великого, «Сентенции и изречения» Петра Ломбарского, содержавшие систематическое изложение всей схоластической теологии. Лойола и его ученики переселились в дом испанского дворянина Диего да Гиа, владевшего большой типографией. Иниго и товарищи стали обучать школьников катехизису. Ежедневно они ходили по улицам Алькалы, проповедуя и прося подаяние. Вокруг них стали собираться кающиеся, о них заговорили в городе. Многие обращали внимание на незнакомого босого студента в черном плаще и шляпе с широкими полями. Многие жители называли Лойолу святым и стали приглашать его в качестве исповедника, хотя он вообще не был священником. По доносу из Толедо прибыли члены инквизиторского трибунала. Четверых студентов задержали и допросили, по какому праву «люди в серых кафтанах» разыгрывали роли духовников, не имея никакого права на совершение каких-либо духовных действий, и зачем они проповедовали покаяние тем, кто этого совершенно не хотел. Иниго Лойола узнал, что на него донесли алькальские священники и монахи в беспокойстве потерять свои доходы. Само собой, качество и нравственное содержание проповедей местного клира были намного ниже и слабее проповедей студентов. Но это вообще никого не интересовало. Впоследствии Иниго Лойола, постоянно встречавший активное сопротивление католического духовенства и монашества, учитывая это при создании ордена иезуитов. Именно из-за этого неожиданного завистливого сопротивления общество духовных рыцарей получило такую гибкую и одновременно жесткую структуру. В Алькале будущий святой понял, что его жизнь и борьба за истинную веру может получить смертельный удар вовсе не от язычников и неверных, а от братьев-католиков и даже от руководителей Римской церкви. Лойола решил, что его противники будут узнавать о его ударах тогда, когда они будут их поражать. Теперь его противниками могли стать все, кто мешал Иниго работать во славу Господа.