Следствие вел толедский генерал-викарий инквизиционного трибунала. Он сразу понял, что Лойола не еретик и не сектант, а просто настоящий, но все еще невежественный католик, еще не способный быть ни священником, ни духовником. Через несколько дней с четверых студентов сняли обвинения в ереси и выпустили из тюрьмы. Инквизиторы вернулись в Толедо, а дело было поручено закончить викарию-заместителю местного епископа доминиканцу Фигероа. Через некоторое время он объявил Лойоле и его товарищам, что произведенное следствие и процесс не обнаружили никакой ошибки ни в их учении, ни в их образе жизни. Им запретили носить одинаковую одежду, поскольку студенты не были священниками, и выполнять религиозные службы. Лойоле и его товарищам было приказано вести себя как все прочие студенты. Иниго не сдержался: «Не знаю, какой толк в этих расследованиях? Зачем нам чинят затруднения, если мы не совершили никакой ереси?» Доминиканец спокойно ответил: «Нет, вы не еретики, но если вы учините ересь, вас просто сожгут». Лойола посмотрел на Фигероа и вдруг заявил: «Вас тоже сожгут, если Вы учините ересь!» Доминиканец так же спокойно напомнил Иниго, чтобы он не забыл обуться. 21 ноября 1526 года дело о несостоявшихся еретиках было закрыто, но Иниго Лойоле не пришлось долго учиться в университете Алькалы. В начале 1527 года Фигероа опять арестовал Лойолу и его учеников. Теперь обвинения были гораздо серьезней.
Наслушавшись рассказов Лойолы о его страннической жизни во славу Божью, две замужние дамы решили совершить пешком в нищенской одежде паломничества к Божьей Матери Гваделупской и к Жеанской Плащанице. Ночью доньи Мария де Вадо и Людовика Веласкес исчезли из своих домов. Алькала загудела.
Утром к дому Лойолы пришли альгвазилы и попросили его ненадолго пройти с ними. Через полчаса Иниго уже сидел в алькальской тюрьме. У Фигероа на столе лежали заявления мужей бежавших дам об их исчезновении. Родственники не знали, где их жены, но почему-то уверяли, что это дело рук Иниго Лойолы. Вся Алькала следила за разгоравшимся скандалом. Сорок дней отсутствовали две доньи, и сорок дней апреля и мая 1527 года Иниго сидел в тюрьме. Мать герцога Диего Макведа Тереза Карденас и бывшая кормилица сына Карла V Филиппа Алиенора Маскареньяс попросили выпустить Лойолу под залог, но Фигероа резко отказал. Иниго отказался от адвоката, объявив, что «Тот, ради любви к которому я сюда попал, вызволит меня, если захочет». Лойола узнал, что очередной донос на него написал профессор Алькальского университета Педро Сируэло, которому, очевидно, не нравился красноречивый студент. На допросах Иниго сказал следователям: «Вам следует знать, что эти две женщины много раз горячо убеждали меня в том, что они как странствующие рыцари хотят пойти по всему свету, чтобы служить нищим в госпиталях, но я всегда отговаривал их от этого намерения, поскольку дочь так юна и хороша собой. Я сказал им, что если они хотят навещать нищих, они могут делать это в Алькале, так же как и молиться перед Святыми Дарами». Дело принимало дурной оборот для первого духовного рыцаря, но на сорок третий день взбалмошные доньи вернулись домой из паломничества. Под присягой они подтвердили, что дон Иниго Лопес де-Рекальдо отговаривал их от поездки, и они не послушались его настоятельных советов. Фигероа освободил Лойолу, посоветовав ему не баламутить народ. Ему запретили проповедовать до окончания университета. В конце июня 1527 года Иниго опять пришлось отвечать на вопросы Фигероа. Следствие интересовали многочисленные обмороки слушателей выступлений Лойолы, а также его утверждения о чудодейственной силе, которую дает ему обет целомудрия, данный им еще в Манресе. Интересовались теорией Иниго о различии между смертными и искупаемыми грехами. Это не давало достаточного повода, чтобы осудить Лойолу за ересь, но 1 июня 1527 года в Алькале ощутимо запахло горелыми дровами костра инквизиции. Методы работы испанской инквизиции, разработанные недоброй памяти великим инквизитором Томласом Торквемадой, были широко известны, и дон Иниго Лойола решил пойти к архиепископу Толедскому Фонсеке. Первому духовному рыцарю казалось, что перед ним закрыли все двери для спасения заблудших душ, без всякой причины. В июле Лойола с товарищами вышел из Алькалы и пришел в Вальядолид, к епископу. Фонсека одобрил его решение продолжить учебу в Саламанке и дал денег на дорогу. Незадолго до этого архиепископ Толедский специально для помощи талантливым испанцам основал в Саламанке Старшую коллегию святого Иакова.