Впрочем, ради служения вере Лойола совершал и достаточно жесткие поступки. Именно он, не один раз страдавший от инквизиторов, убедил Павла III учредить Римскую инквизицию. Вот его подлинные слова из письма Симону Родригишу: «Я убедительно и часто призывал к этому кардинала Бургоса [Альвареса де Толедо] и кардинала Театинского [Караффу] — кардиналов, которые по поручению Папы занимались этим делом; и когда в Лукку проникали новые еретические заблуждения, они несколько раз разговаривали с Папой. Его Святейшество назначил шесть кардиналов, дабы они, составив здесь, в Риме, организацию наподобие инквизиции, могли в различных частях Италии предупредить подобные заблуждения — предупредить во всем». Вместе с тем Лойола постоянно предостерегал духовенство от любых проявлений алчности, «поскольку это уже причинило так много вреда и дает столько поводов для плохого мнения о Святом престоле». Он требовал назначать на видные посты только священников с безупречной репутацией, к тому же хорошо образованных, а также тщательно следить за детскими школами, оберегая их от преподавателей-еретиков. Что касается наказаний за распространение ереси, то, по его мнению, «возможно, было бы благоразумно наказывать ссылкой или тюрьмой, а в некоторых случаях даже смертью». «Однако, — добавляет Игнатий, — об этой крайней мере я не говорю, потому что мне кажется, что Германия в ее нынешнем положении не сможет этого вынести».
Еще одним суровым решением Лойолы стало предписание для врачей. Всех лекарей в Риме обязали прекращать обслуживать больных-христиан, если те отказываются от причастия. Сейчас нам это кажется вопиющей жестокостью, но, с точки зрения глубоко верующего человека, подобный закон являл собой только милосердие. Он помогал спасти от адских мук многие души, которые, испугавшись отсутствия лечения, спешно причастились бы и не умерли во грехе, как это случалось до принятия предписания.
В некоторых источниках можно найти информацию об антисемитизме святого Игнатия. Обычно цитируется беседа с Фигероа, навестившим нашего героя в алькальской тюрьме: «Когда он спросил Иньиго, есть ли у него обычай соблюдать субботу, тот ответил, что «в его стране евреев нет»». Наделе его поступки говорят об обратном. В Риме бытовало драконовское правило: когда еврей крестился, у него отнималось имущество, а его дети лишались права наследования. Лойола добился запрещения этого обычая. Об отношении Лойолы к евреям есть еще свидетельство иезуита Рибаденейры: «Однажды, когда мы ели в большой компании, в ответ на чье-то замечание он сказал о себе, что почитал бы за особую благодать от Господа, если бы его предки были евреями. Он объяснил это так: «Еще бы! Быть связанным родственными узами по плоти с Господом нашим Христом и нашей Богородицей, прославленной Девой Марией!».
Было бы неверно ассоциировать Лойолу и его орден с мракобесием, как иногда делают из-за термина «контрреформация». Как раз один из основных акцентов в идеологии иезуитов всегда ставился на образовании. Качественная педагогическая деятельность помогла иезуитам в тяжелые дни найти приют у российской императрицы Екатерины II. Ими основано огромное количество учебных заведений по всему миру. Знаменитый Папский Григорианский университет в Риме ведет свое начало от Римской коллегии, открытой Игнатием в 1551 году. Щедрость герцога Гандии Франциска Борджа, а впоследствии папы Григория XIII позволила сделать обучение там бесплатным, что привело римлян в крайнее изумление, а у преподавателей публичных городских школ вызвало недружелюбные чувства к конкурентам. По плану Лойолы эта коллегия, находившаяся в самом центре католического мира, должна была стать образцом для других иезуитских коллегий. К моменту его смерти только в Испании их открылось уже восемнадцать, а были еще и в Германии, несмотря на немецких протестантов, и в других странах.
В период своего расцвета Общество Иисуса часто вызывало ненависть и раздражение из-за своей предприимчивости. Негативное отношение к иезуитам, до сих пор принятое в России, на самом деле пришло с Запада. Исходило оно не только от преподавателей и политиков, но и от прямых «коллег» иезуитов — других монашеских орденов католической церкви. Это вполне понятно. Ведь иезуиты не только подчинялись напрямую папе и зачастую действовали «в обход» сложившейся иерархии, но еще и не давали никому жить спокойно своей бешеной активностью, приезжая куда только можно с миссиями, обличениями и педагогической деятельностью. К тому же их психологические методики постоянно отрабатывались, дабы действовать как можно убедительнее.