Начальник Главсевморпути И. Д. Папанин был назначен Уполномоченным Государственного комитета обороны по перевозкам на Севере. Н. А. Еремеев, являвшийся начальником его штаба, руководил проводкой транспортов через льды Белого моря. Естественно, что он просил военное командование прикомандировать некоторых работников штаба морских операций, в том числе М. М. Сомова. С ноября 1941 года Сомов был назначен в штаб Беломорской военной флотилии для гидрологического обслуживания беломорских ледовых операций.
Михаил Михайлович ничего не знал о судьбе отца. И только после войны, встретившись, они узнали, что жили некоторое время в Архангельске на соседних улицах. Профессор Михаил Павлович Сомов из Мурманска в начале войны был эвакуирован в Архангельск, а потом переехал работать в Нарьян-Мар.
Весной 1942 года, когда льды в Белом море растаяли, полярников откомандировали в распоряжение Главсевморпути для участия в проводке судов в Арктике. Тогда часть Арктического института была эвакуирована в Красноярск. Там обрабатывалась вся гидрометеорологическая и ледовая информация и разрабатывались ледовые прогнозы. В Красноярске находились жена и сын Сомова. Перед отправлением в штаб морских операций Западного района Сомов заехал в Красноярск, где снова включился в работу по подготовке арктической навигации. Вскоре из Красноярска он вылетел на самолете в Арктику. До развертывания морских операций на самолете летчика М. Н. Каминского он совершил несколько полетов на ледовую разведку на летающей лодке типа «МП-7». Кабина самолета была просторной, и Сомов вел ледовые наблюдения, расположив на столике рядом со штурманом бланковые карты и журналы для нанесения и записи ледовой обстановки. Штурман С. И. Богданов был опытным специалистом и симпатичным человеком. Они поладили между собой и работали дружно: Богданов вел счисление пути и сообщал Сомову местоположение самолета, Сомов наносил ледовую обстановку на карту. Потом они совместно развязывали маршрут полета и уже по карте составляли ледовое донесение для передачи по радио органам Службы льда и погоды.
«Наличие готовой карты, — вспоминает Сомов, — упрощало нам задачу составления донесения, и тем не менее эта работа, вместе с кодированием по цифровому коду, занимала у нас настолько много времени, что бывали случаи, когда мы просиживали за ней все время между двумя полетами и уходили вновь в воздух, не отдохнув ни одного часа».
Работников штаба морских операций самолетом доставили в Усть-Кару — полярную станцию в юго-западной части Карского моря, а оттуда на самолете ледовой разведки, на котором летал Сомов, их перебросили на Диксон. Впервые штаб морских операций Западного района обосновался на Диксоне. Началась арктическая навигация второго года войны. Начальником операций был А. И. Минеев, начальником штаба — Н. А. Еремеев, гидрологом — М. М. Сомов, старшим синоптиком В. В. Фролов. Это были хорошо сработавшиеся люди.
В навигацию 1942 года Северный морской путь стал играть крупную роль в Великой Отечественной войне. Баренцево море оказалось в зоне активных действий противника. Поэтому теперь грузы на Север завозились в основном с востока нашей страны. Этим же путем шли военные грузы по ленд-лизу из западных американских портов. Ледокол «И. Сталин», работавший на проводке судов в Белом море зимой 1942 года, получил сильные повреждения при одной из бомбардировок Архангельска, и его перегоняли Северным морским путем на ремонт в Сиэтл.
Теперь при проводке караванов и отдельных судов приходилось учитывать не только ледовую обстановку, но и военные действия противника. Поэтому штаб морских операций Запада согласовывал свои действия с военным командованием Северного флота. Ледовые условия были сравнительно благоприятные.
В августе 1942 года гитлеровское командование направило в Карское море тяжелый крейсер, или «карманный линкор», «Адмирал Шеер» и несколько подводных лодок для уничтожения советских транспортов, идущих с востока, и нарушения гидрометеорологической и ледовой службы в Карском море. Все это немцы назвали операцией «Вундерланд».
М. М. Сомов оказался в центре этих событий. Работая в штабе морских операций, он одним из первых узнал о полетах немецких самолетов над районами Новой Земли, о том, что немецкая подводная лодка зажигательными снарядами сожгла станцию Малые Кармакулы, о потоплении парохода «Куйбышев», шедшего из Югорского Шара на Диксон.
25 августа с борта ледокольного парохода «Сибиряков», выполнявшего задание по снабжению полярных станций в северо-восточной части Карского моря, была получена радиограмма: «В районе острова Белуха обнаружен корабль неизвестной национальности». Радиосвязь на этом прервалась. Стало очевидным, что знаменитый пароход погиб. После войны стало известно, что экипаж советского судна под командованием капитана А. А. Качаравы принял неравный бой, героически сражался. Когда «Сибиряков» потерял ход и был обречен на гибель, уцелевшие моряки спустили шлюпки, пытаясь спастись, а боцман, оставшийся на борту, по ранее отданному капитаном приказу, открыл кингстоны. Судно затонуло. Часть экипажа с «Сибирякова» из шлюпок была взята в плен. Многие из них вернулись из плена, живы и поныне.
В это время в Усть-Таймыре базировались два самолета ледовой авиаразведки: один под командованием Черевичного и второй — Черепкова. Черевичному было поручено взлететь и указать во льдах путь каравану «Красина» через пролив Вилькицкого, а Черепкову — обследовать район гибели «Сибирякова» и срочно лететь на Диксон. Самолет Черепкова вылетел и бесследно исчез. О нем и о его экипаже больше ничего неизвестно. Вероятно, его сбили зенитчики фашистского крейсера. На борту находился гидролог-разведчик И. Г. Овчинников.
Впоследствии Сомов с грустью говорил о друге своей юности:
— Тогда погиб замечательный парень и, вероятно, в будущем крупный ученый-полярник, Ванюшка Овчинников.
…О появлении в Карском море вражеского надводного корабля в штабе было известно заранее от военного командования Северного флота. Поэтому еще до потопления «Сибирякова» на Диксоне начали готовиться к обороне. После сообщения с «Сибирякова» и прекращения от него донесений вероятность нападения фашистов на остров Диксон стала не только предположительной, но и реальной. Штаб морских операций превратился в центр обороны. Были приведены в боевую готовность военный гарнизон на берегу и сторожевое судно «Дежнев».
В светлую августовскую ночь с 26 на 27-е дозорные, находившиеся на северной стороне острова на Новом Диксоне, обнаружили вражеский корабль, приближавшийся с севера. На всех береговых пунктах прозвучала боевая тревога. Линкор, обогнув остров с запада, подошел к проливу и открыл огонь из орудий по порту и находившимся в бухте судам. Прогремели ответные выстрелы с береговых батарей, с борта «Дежнева» и с парохода «Революционер». Стрельба советских артиллеристов была меткой. Прямые попадания вынудили неприятельский крейсер отойти к северу от Диксона. Работники штаба, полярной станции, вооружившись винтовками, заняли позиции для встречи возможного десанта. М. М. Сомов рассказывал, что ему и В. В. Фролову были поручены мешки с материалами и документами. В мешках были уложены ледовые карты, планы морских операций, шифры и коды. Вооружившись гранатами и одной винтовкой, засунув в карманы бутылки с керосином для уничтожения документов на случай, если нависнет опасность, что они попадут в руки противнику, Сомов с Фроловым потащили тяжелые мешки к берегу гавани, намереваясь переправиться в порт, а далее на материке уйти в тундру. К счастью, этого делать не пришлось — «Адмирал Шеер» был отогнан от бухты.
Но, обойдя остров Диксон с северной стороны, фашисты открыли огонь по Новому Диксону. Здесь они снарядами сожгли электростанцию, повредили антенну передающей радиостанции, подожгли жилой дом. Полагая, что они полностью сожгли Новый Диксон, немцы двинулись к северо-востоку от острова и направили орудия на остров Конус. Здесь зажигательные бомбы попали в угольный склад и в бочки с соляром. Снаряды противника, выпущенные в сторону Старого Диксона, где была полярная станция, приемный радиоцентр, штаб морских операций и жилой поселок, в цель не попали. Тем временем с береговой батареи порта советские артиллеристы вели интенсивный меткий огонь по противнику. Крейсер развернулся и, вероятно, опасаясь атаки советских кораблей, ушел из Карского моря в Норвегию.