Юстиниан открыто противостоял монофизитству, отстаивая единичное понимание ипостаси и ведя полемическое сражение с Севиром по вопросу о «числе» природ. Тем не менее, он сделал ряд существенных терминологических уступок Севиру. В частности, Юстиниан полагал, что две природы во Христе возможно различать только «словесно или созерцательно, а не как две различные вещи» (logw monw kai qewria, ou mhn autwn twn pragmatwn ecei thn diaresin). Именно в таком смысле понимал две природы (duo juseis en qewria) и Севир. Кроме того, императорское исповедание веры провозглашало истинно православной формулу св. Кирилла (mia jusis tou Qeou Logou sesarkwmenh). После краткого изложения дифизитской христологии император продолжает: «Исповедуя это учение, мы в то же время принимаем и выражение св. Кирилла, учившего лишь об одной воплощенной природе Бога–Слова…, поскольку всегда, когда св. Отец говорил mia jusis tou Qeou Logou sesarkwmenh), он использовал слово «природа» в значении «ипостаси».
Далее Юстиниан приводит отрывки из «Послания к Суксенсу» св. Кирилла, стремясь доказать, что монофизитством окрашена только терминология св. Кирилла, в то время как суть его учения согласуется с определением Халкидонского Собора.
Юстиниан шел навстречу монофизитам настолько, насколько позволяла его верность Халкидону. Многие православные, например Ипатий Ефесский на совещании 532 года, — безоговорочно принимали только те творения св. Кирилла, которые были официально одобрены в Ефесе и Халкидоне. Религиозная политика Юстиниана, напротив, состояла в том, чтобы, полностью восстановив авторитет св. Кирилла среди православных, привести монофизитов к принятию Халкидонского собора. Существовало только одно средство добиться единства веры: надо было показать обеим сторонам, что противоречия между св. Кириллом и Халкидоном имели не более чем терминологический характер. В 553 году эта политика была принята официально в результате посмертного осуждения тех, кто, естественно, уже не мог себя защитить, но чьи произведения представляли серьезное препятствие на пути окончательного триумфа александрийского богословия.
«Исповедание веры» Юстиниана содержало в себе 14 анафематизмов, которые Собор 553 года просто переработал, не изменяя содержания. Значение анафематизмов понятно: представляя их на одобрение Собора, Юстиниан стремился снять с Халкидона обвинения в несторианстве (см. особенно анафематизмы 5, 6 и 14). Повторное осуждение несторианства «Трех глав» в том виде, в каком оно там содержится, выражается в неоднократном утверждении единства субъекта воплощенного Слова (анафематизмы 2, 3, 4 и 5), кроме того, в торжественном провозглашении теопасхизма (анафематизм 10) и, помимо этого, в запрещении (анафематизм 13, касающийся произведений Феодорита) выражать любое несогласие с творениями св. Кирилла, в частности с «Двенадцатью главами» против Нестория, которые не были официально приняты на Ефесском и Халкидонском Соборах. Оставалось только одно препятствие для триумфа кириллова богословия. Собор провозгласил, что выражение mia jusis («единая природа») можно и должно, под угрозой анафемы, понимать только в значении mia upostasis (анафематизм 8). Таким образом, св. Кирилл признается православным, но православие его следует понимать в свете халкидонского вероопределения, и, наоборот, Халкидон не должен рассматриваться как отречение от св. Кирилла. Конечно, для монофизитов это было камнем преткновения, хотя Собор и шел им навстречу, принимая выражение Юстиниана, согласно которому различие между природами во Христе является только созерцательным (en qewria, анафематизм 7). И в самом деле, разве Севир Антиохийский говорил не то же самое?
Непосредственное осуждение «Трех глав» было включено в три последних анафематизма. Персонально осужден был только Феодор Мопсуэстийский. Имена Ивы и Феодорита формально были защищены авторитетом Четвертого Вселенского Собора. Последнего попрежнему продолжали читать и цитировать наряду с другими великими учителями Греческой Церкви; что касается Ивы, текст, в котором о нем упоминается, набросил тень сомнения на подлинность его письма к Марию, и, таким образом, его личный авторитет не пострадал.