Если мы представим себе, каким образом совершилось Воплощение, мы увидим, что две природы соединились нераздельно, неслиянно и непреложно. При этом плоть остается плотью: это не есть Божественная природа, хотя это и плоть Бога, подобным образом и Слово есть Бог, а не плоть, хотя в порядке «икономии» Он и соделал плоть Своею собственной.
После использования такого возвышенного халкидонского языка св. Кирилл, тем не менее, возвращается к своим излюбленным выражениям: «Мы говорим, что есть один Сын, как говорили Отцы, единая воплощенная природа Бога–Слова». Ясно, что jusis и upostasis, согласно св. Кириллу, не означают «сущность». В таком случае сущность Богочеловека была бы новой сущностью, полученной в результате смешения Божества и человечества, взаимодополняющих реальностей, из которых составилась бы ипостась воплощенного Слова. Эта идея сложной сущности, по замечанию Диодора Тарсийского, составляла основную ошибку Аполлинария, но у Кирилла мы не находим ничего подобного. Однако, в отличие от позднейших монофизитов, великий Александрийский епископ не требовал от антиохийцев принятия своей терминологии: словосочетание «единая природа» не встречается ни в «Анафематизмах» против Нестория, ни в тексте соглашения 433 года, которое восстановило единство между Антиохийской и Александрийской Церквами.
Победа св. Кирилла в Ефесе (431 год) имела своим результатом не только отсечение от православного богословия «несторианского соблазна». Ее значение состояло не только в утверждении истины единства исторического Христа, но также в провозглашении положительной творческой богословской концепции полноты человечества во Христе, всецело усвоенного Словом, концепции, утверждающей идею обожения, к которому предназначены все, кто «во Христе». Именно это защищал Ефесский Собор, догматизируя термин «Теотокос» как наименование Божией Матери, ведь Мария не могла быть матерью только «плоти» Христа, потому что эта плоть не обладала независимым существованием, но поистине была «плотью Божией». Именно в этой плоти (kata sarka) Сын Божий пострадал, умер и воскрес, через эту плоть все искупленное человечество призывается приобщиться Святому Духу. Учение о «причастии» Божеству и обожении человека не могло быть создано в контексте строго антиохийского богословия.
Однако св. Кириллу не хватало терминов, которые могли бы совершенно отклонить подозрения в аполлинаризме и сделать его учение приемлемым для всей Церкви. Его порывистый ум не обладал той спокойной ясностью, с которой за пятьдесят лет до того великие каппадокийцы освободили от словесной путаницы противоарианскую полемику и сформулировали никейскую веру в выражениях, приемлемых для большей части восточного епископата. Будучи верен богословской системе св. Афанасия (использованные св. Кириллом аполлинарианские формулы приписывались св. Афанасию), александрийский епископ не сумел или не захотел применить к христологии каппадокийские определения jusis, ousia и upostasis. Этот шаг предстояло сделать Халкидонскому Собору, существенной заслугой которого является изложение учения св. Кирилла на богословски точном и понятном для антиохийских богословов языке.
Такая определенность была необходима в силу того, что на Ефесском соборе споры велись в исключительных условиях, и соборные решения, носившие полемический характер, лишь утверждали православие св. Кирилла, оставляя при этом без ответа реальные вопросы, поставленные антиохийской христологией. В переписке со св. Кириллом Несторий отказался признать, что Слово, будучи Богом, могло «быть рожденным» от Девы и умереть на кресте. Тем не менее, он согласился с тем, что Христос–Бог, соделавшийся человеком, был рожден и пострадал во плоти. Учение Нестория было изначально двусмысленным, потому что оно безусловно предполагало наличие двух субъектов — Христа и Слова. Очевидно, в терминологии Нестория подразумевалось, что все, что может быть сказано о Слове, вне зависимости от Его Воплощения, непременно относится к Самой Божественной природе. По мнению Нестория, такие выражения, как «Слово, умершее на кресте» или «рожденное от Марии», умаляли свойства Божественной природы, оставшейся неизменной и после Воплощения. Через взаимодействие с «храмом, в котором она обитала» (th tou naou sunajeia), Божественная природа Слова Сама подвергалась разрушению.