К педагогическим разногласиям следует прибавить и политические. О. Илиодор уже успел выказать себя ярым монархистом, а воспитанники семинарии придерживались прямо противоположных взглядов. Современники делали упор на эту политическую подоплеку конфликта преподавателя и учеников. Дескать, о. Илиодор «не на шутку задумал очистить семинарию от вредного элемента», часто повторяя: «Я ваш бич». Однако трудно сказать, что было первично, а что вторично, — политика или педагогика, — не зная, кем больше ощущали себя юные воспитанники — революционерами или детьми, которым наставили плохих отметок.
Относительно методов преподавания тот же «Петрович» сообщает, что о. Илиодор «вел себя крайне деспотично», твердя: «закрою семинарию, если вы не будете делать так, как я хочу». Новый преподаватель «начал уже приводить в исполнение свой план, ставя ученикам единицы и сбавляя поведение». Подобные репрессии применялись к «каждому плохо ответившему урок или по какой-нибудь причине отказавшемуся от него» (а какую отметку надо ставить тем, кто не учит уроки?), к «обитателям камчатки» и, наконец, к «тем, которые не интересовались будущим духовным поприщем и сквозь пальцы смотрели на богословие». Семинаристы шептались, что о. Илиодор «в пятом классе поставил 20 единиц. В шестом 30 и т. д. Достаточно ученику при ответе задуматься, Илиодор сухо произносит „довольно“ и ставит в журнале 1».
В целом картина совершенно ясна. С одной стороны, строгий и несдержанный преподаватель, сыплющий единицами и угрозами. С другой стороны, лодыри-ученики, расслабившиеся после трехмесячных незапланированных каникул, чувствующие себя хозяевами положения и гордящиеся тем, что они закрывают семинарию когда хотят и выходят на учебу тоже когда хотят. Яблоко раздора — гомилетика, не интересующая тех, кто никогда не станет священником и кому от семинарии нужен только аттестат.
Разгорелась нешуточная ссора. Всего через два дня после начала занятий либеральная газета «Северная область» сообщила, что старшеклассники недовольны о. Илиодором и намереваются либо устроить ему бойкот, либо добиваться от преосвященного отставки своего педагога. Покамест ограничились кошачьими концертами. Уроки о. Илиодора проходили под пение революционных песен, свистки, хрюканье и «другие неприличные звуки». Ученики болтали, ложились на скамьи. На классных досках появлялись оскорбительные рисунки, а до ушей бедного преподавателя долетали ругательства по его адресу.
Словом, как и все молодые педагоги, которым доводится работать не с детьми, а со взрослой молодежью, о. Илиодор столкнулся с проблемой сохранения своего авторитета. 17–20-летние воспитанники не желали слушаться 25-летнего преподавателя. С обычной грубостью о. Илиодор упрекал учеников, говоря, что они держат себя, как мужики, крючники и зимогоры. Слушатели ничуть не образумились и продолжали ненавидеть «преподавателя-ругателя». Жаловались и о. ректору — архимандриту Евсевию (Гроздову). Тот посетил несколько уроков о. Илиодора, после чего, по одним сведениям, «сделал ему должные замечания», а по другим — «никаких замечаний не делал, а напротив, вынес убеждение, что о. Илиодор образцовый преподаватель, о чем и заявил на педагогическом собрании».
После этого отношения совсем обострились. «О. Илиодор еще с большей настойчивостью начал преследовать жалующихся на него крамольников». На уроках происходили скандалы.
Однажды один ученик оспорил заданную о. Илиодором тему сочинения.
— Это кто спрашивает меня? — поинтересовался преподаватель.
Ученик назвался. Его фамилия была знакома о. Илиодору: этот юноша высмеивал его в местной левой печати.
— Я не желаю с вами разговаривать, — вспылил иеромонах и выбежал из класса.
Остыв, преподаватель вернулся и предложил тому же ученику отвечать урок.
— Я не желаю с вами разговаривать, — возразил тот.
О. Илиодор влепил ему единицу и ушел. В отместку ученик напечатал о нем новую заметку под заголовком «Черный ворон».
В другой раз на уроке в 5-м штатном классе через печную форточку из нижнего этажа кто-то стал обзывать о. Илиодора «черносотенцем». Тот, выбежав из класса, поймал некоего ученика П-кого, предполагая, что он-то и кричал, и затем передал дело на педагогический совет. Юноша был исключен. Из-за о. Илиодора покинул семинарию и ученик 5-го класса Студитов, недовольный оскорбительным обращением с ним и его товарищами.