26. II случилась беда. Некие семинаристы явились в манеж (близ Николо-Мокринских казарм) на собрание «Союза русского народа», где проповедовал о. Илиодор, и после его речи стали насмехаться над союзниками, обзывая их «хулиганами» и «илиодоровцами». Те набросились на обидчиков с кулаками. Впоследствии иеромонах с нескрываемой гордостью рассказывал, что благодаря его «последователям» от дерзких молодых людей «остались одни калоши»: «Это не по-благородному, но по-русски!». Били всерьез: по сведениям «Русского слова», один из семинаристов лег в больницу.
Хотя пострадавшие сами напросились на неприятности, левый лагерь поспешил представить дело так, словно иеромонах натравил толпу на собственных учеников. Воспитанники решили привести в силу свое давнее намерение, объявив преподавателю гомилетики бойкот. Один из них потом уверял, что это было общее единодушное решение: «Все семинаристы сознали, что о. Илиодор с своим тенденциозным преподаванием выслушан ими быть не может. Они это сознали и все вместе решили бороться». Однако, по сведениям А. И. Кругликова, некоторые ученики примкнули к бойкоту «только под принуждением, из страха».
На следующий день после побоища дежурные трех старших классов заявили о. ректору, что не будут заниматься у о. Илиодора. Его уроки прекратились за отсутствием учеников. Затем (4.III) депутация старшеклассников явилась к архиерею, поставив ему ультиматум: или удаление неугодного преподавателя, или закрытие семинарии. Были названы две причины — личные оскорбления о. Илиодором учеников и его политическая деятельность. Преосвященный оказался на стороне педагога и ответил посетителям отказом, пригрозив закрытием трех старших классов. Ученики ответили, что в таком случае и младшие классы откажутся учиться.
Наконец, воспитанники послали телеграмму в Училищный совет при Св. Синоде, прося удалить о. Илиодора и прислать ревизора для расследования. Ответа не последовало.
В свою очередь, политические друзья о. Илиодора — совет ярославского отдела «Союза русского народа» — телеграфировали в Синод о поведении семинаристов.
Правление семинарии передало дело на усмотрение высшей власти. В свою очередь, архиеп. Иаков отправил рапорт в Св. Синод (12.III) и затем устроил нечто вроде плебисцита среди духовенства Ярославской епархии, прося обсудить положение семинарии на предстоящих 27–28.III благочиннических собраниях. «Главный недуг ее в переполнении юношами, совершенно несочувствующими задачам семинарского образования и тяготящимися тем, чему семинария должна учить и действительно учит. Ради Бога, не посылайте таких юношей в семинарию». Одновременно преосвященный повторил свое старое предложение — удержать дома до экзаменов тех учеников, «которые наиболее нервны, впечатлительны и неспокойны или наиболее испорчены».
Но не успел состояться этот плебисцит, как учебный комитет при Св. Синоде распорядился (определение от 23–28.III) закрыть три старшие класса семинарии до осени. Ученики признавались уволенными, с правом на будущий год вернуться в те же классы, и то по прошению и после «тщательного разбора» семинарским правлением. Положение этих юношей было не из легких. Они теряли целый учебный год, что особенно затрудняло тех учеников 6-го класса, кто собирался продолжать образование в высшей школе. Родителям воспитанников трех младших классов было разослано грозное предупреждение, что если их сыновья из «ложного товарищества» поддержат своих старших друзей, устроив забастовку, то подвергнутся той же участи.
Положение семинарии обсуждалось сельским духовенством на благочиннических съездах в марте и особенно в мае. Если в марте обсуждение шло вяло, затрагивая главным образом реформу семинарского образования, то после решения Св. Синода вопрос приобрел особую остроту, тем более что в числе сельских священников были, очевидно, отцы уволенных семинаристов. О. Сергий Лилеев обратился ко всем священникам Ярославской епархии с призывом просить владыку дозволить бывшим старшеклассникам держать переходные экзамены, чтобы осенью перейти в следующий класс. Соответствующее постановление приняли съезды 2-го и 4-го благочиннических округов Мышкинского уезда и 4-го округа Рыбинского уезда. 5-й округ Угличского уезда попросил, кроме того, совсем открыть три старшие класса, а 4-й округ Ростовского уезда — осенью принять всех назад без «разбора». Впрочем, звучали и противоположные мнения. 3-й округ Мологского уезда высказался за исключение крамольников, что некий семинарист прокомментировал так: «…остается только пожалеть, что среди наших духовных отцов есть такие, для которых важнее какой-нибудь головной убор, чем судьба целой семинарии».