Именно в эти годы, к 4-му классу, у Сергея созрело главное решение его жизни — стать монахом.
Санкт-Петербургская духовная академия (1901–1905)
Законы Российской Империи разрешали мужчинам монашеский постриг не ранее 30-летнего возраста (Ст.250 Зак. сост.), а Сергей вышел из семинарии всего в 20 лет. Именно по этой причине он решил продолжить образование в Санкт-Петербургской духовной академии. По-видимому, карьера ученого монаха, обыкновенно начинавшаяся отсюда, юношу не интересовала.
Атмосфера столичной академии была гораздо благотворнее, чем в захолустной семинарии. Сергей свел знакомство с разными духовными светилами и вообще оказался в гуще церковной жизни.
«Здесь, в духовной академии, брат Илиодор очень много работал по вопросу нашей церкви, — неуклюже рассказывал Аполлон, — он интересовался философией и проводил все время в упорном труде».
Среди преподавателей выделялся молодой историк А. В. Карташов, почти ровесник Сергея, которому он запомнился как «человек с живой душой». На одной лекции он прямо назвал грех, послужившей причиной изгнания с кафедры московского митрополита Зосимы. Поговаривали, что в приватных беседах молодой доцент излагает атеистические взгляды. Однако это было исключение. Остальные преподаватели учили «согласно с тоном „Православия“».
В силу недостатков как ученика, так и системы, весь пройденный Сергеем курс духовного образования оказался поверхностным. Молодому человеку привили безукоризненную грамотность и красивый четкий почерк, но не познакомили с литературой, так что он мог иллюстрировать свои мысли в лучшем случае примерами из третьесортных пьес и газетных виршей. Ознакомившись с его сочинением, один журналист пришел к выводу, «что автор его, к стыду воспитавшей его средней и высшей духовной школы, человек крайне неразвитый, ничего не читающий настоящим образом», а другой отметил: «в сущности, о. Илиодор, несмотря на окончание курса духовной академии, — человек малообразованный, не имеющий ни философского, ни даже исторического мышления».
Зато в церковных науках Сергей преуспел, изучив Св. Писание настолько, что без подготовки смог разъяснить случайно встреченному репортеру «Биржевки», где сказано: «язык мой прильпе гортани моему». Но и здесь образование осталось поверхностным. Научив говорить «Простите» вместо «До свиданья» и «Ради Христа» вместо «Пожалуйста», учителя не привили Сергею поведение, которое должно прилагаться к этим смиренным формулам. Изучая внешнюю сторону православного вероучения, он не проникся его глубиной.
Словом, Сергея научили писать и говорить, не научив думать. Это противоречие принесет ему множество скорбей.
В академии он оставался верным своим привычкам — много учиться и громко протестовать против несправедливости. Архиеп. Антоний Волынский отмечал, что в те годы студент уже «выказывал наклонности к бунту».
Брат выражался мягче:
«Как и в семинарии, он пользовался значительным влиянием среди студентов академии и к нему весьма прислушивались.
Он отличался большой самостоятельностью в своих суждениях и у него не раз происходили недоразумения с товарищами и другими лицами, деяния которых он считал неправильными».
Ссорились, между прочим, на политической почве. Однокашники Сергея вольнодумствовали, почитывали так называемую «оконную литературу». Позже он вспоминал, как однокашник показал ему, второкурснику, картинку с изображением пирующих духовных лиц («Мы молимся за вас!») и трудящегося простонародья («А мы работаем на вас!»). Эту агитку Сергей «с негодованием отверг», заявив: «Ты с такими вещами в другой раз ко мне не обращайся; ведь ты знаешь мои убеждения; таким вещам не место в духовной школе и где бы то ни было среди христиан!..».
Неудивительно, что юный студент стяжал в академии славу «идиота и маниака».
Впрочем, кроме подобных случаев он ни в чем не проявлял свой нрав, поэтому за пределами ближайшего круга считался «скромным, тихим, даже застенчивым студентом».
Мечта стать монахом все более укреплялась, особенно после одного случая. К очередному царскому дню (14.XI.1901) Сергею достался билет в Александринский театр на бесплатный спектакль для воспитанников столичных учебных заведений. Играли комедию Шекспира «Много шуму из ничего», где фигурировал католический монах отец Франциск. Выставление монаха в комическом виде возмутило юношу. Он кое-как досидел до конца первого акта и ушел.