В девятнадцать лет он перебрался в Росток, где достаточно быстро освоил основы бухгалтерского дела, а также получил от отца причитающуюся ему долю материнского наследства – тридцать талеров. С этим багажом Шлиман отправился в Гамбург, где, как он верил, должна была начаться его успешная карьера. Однако поиски работы были безрезультатными, поэтому Шлиман с радостью принял предложение от одной фирмы отправиться в качестве ее представителя в городок Ла-Гуайра в Венесуэле.
28 ноября 1841 года судно «Доротея», на борту которого находился Шлиман, отплыло в Южную Америку. Через несколько дней корабль потерпел крушение у северных берегов Голландии. Спасшийся Шлиман оказался в госпитале, он больше не хочет продолжать путь в Америку, но и не желает возвращаться в Германию. Он будет жить в Амстердаме, в одном из крупнейших торговых городов Европы. Здесь он смог устроиться в торговую контору Квина. И именно в это время ему в голову приходит блестящая мысль: чтобы сделать карьеру в торговом деле, необходимо знать иностранные языки. Они могли дать ему преимущество при устройстве на работу в престижную фирму, имеющую активные контакты с зарубежными партнерами.
Действительно, в дальнейшем знание многих иностранных языков помогло Шлиману в общении с торговыми партнерами из разных стран, а также позволило быть в курсе всех событий, происходящих в мире, и вовремя принимать решения, связанные с коммерческой деятельностью. С помощью изобретенного им самим метода Шлиман за два с половиной года освоил голландский, английский и французский языки, а затем еще испанский, итальянский и португальский. Покинув контору Квина, в марте 1844 года Шлиман смог устроиться на работу бухгалтером в экспортно-импортную фирму «Шредер и К о».
Поскольку данная фирма вела дела также и в России, Шлиман счел необходимым выучить русский язык. Именно это обстоятельство и привело двадцатичетырехлетнего Шлимана в январе 1846 года в Санкт-Петербург. Прибыл он в Россию в качестве поверенного фирмы «Шредер и К о», но уже через год стал самостоятельным торговцем. 15 февраля 1847 года Шлиман был принят в российское подданство, а 19 февраля был записан во 2-ю купеческую гильдию (в 1854 году стал купцом 1-й гильдии).
Благодаря в основном успешной торговле индиго Шлиман к концу 40-х годов стал уже очень состоятельным человеком. Еще больше он увеличил свой капитал в Северной Америке, куда отправился в 1850 году, чтобы уладить дела своего умершего брата Людвига. Полтора года он находился в Калифорнии, где как раз наступила эпоха «золотой лихорадки». Шлиман основал банк по операциям с золотом, который приносил значительную прибыль. В отличие от других участников «игр» с золотом он смог вовремя остановиться и в 1852 году вернулся в Россию. В следующем году началась Крымская война, и торговые операции Шлимана, особенно по снабжению русской армии необходимыми материалами, сделали его одним из самых богатых коммерсантов России. Причем следует заметить, что Шлиман добился этого результата прежде всего за счет колоссального трудолюбия, скрупулезного знания секретов торговли и жесткой манеры ведения дел. Конечно, Генриха Шлимана можно с полным правом назвать «человеком, который сделал себя сам», причем честным путем, поскольку в России в XIX веке еще даже не знали таких слов, как «ваучеризация» и «залоговые аукционы».
Создав прочную материальную базу своего существования, Шлиман решил обзавестись семьей. 12 октября 1852 года он вступил в брак с Екатериной Петровной Лыжиной, дочерью петербургского адвоката Петра Александровича Лыжина. Екатерина была на четыре года моложе Генриха, в свое время окончила очень престижную петербургскую Петришуле. Один ее брат, Николай, был историком, приват-доцентом Петербургского университета, другой, Павел, адвокатом. Екатерина была племянницей очень состоятельного купца 2-й гильдии Сергея Афанасьевича Живаго, который, как считают, и познакомил Шлимана со своей родственницей. В этом браке у Шлимана родились трое детей: в 1855 году – Сергей, в 1859 году – Наталья (умерла в 1869-м), в 1861 году – Надежда.