Восемь ученых мужей буквально за несколько дней успели ознакомиться с этими трудами и написать положительные отзывы. 27 апреля Генриху Шлиману была присвоена искомая степень доктора философских наук. Правда, все эти события происходили в отсутствие самого соискателя, который в это время в Америке решал вопросы, связанные с получением американского гражданства и с расторжением первого брака.
Итак, все было готово к началу раскопок Трои. В 1870 году Шлиман переезжает вместе с Софией из Парижа в Афины, чтобы быть поближе к месту будущей работы. Позднее, в 1878–1879 годах, известный немецкий архитектор Эрнст Циллер, который украсил своими зданиями столицу Греции, в центре Афин на улице Панэпистимиу построил для Шлимана небольшой дворец в стиле итальянского Ренессанса. В этом дворце, который носит название Илиу Мелатрон, жил Шлиман со своей семьей, здесь же размещались его археологические находки. С 90-х годов XX века в этом здании располагается Нумизматический музей. Кстати, именно в этот музей, который тогда находился в другом месте, София Шлиман передала в 1928 году нумизматическую коллекцию мужа.
Шлиман подал прошение властям Оттоманской империи с просьбой разрешить раскопки на холме Гиссарлык. Однако турецкая бюрократическая машина работала очень медленно. В 1870 году Шлиман провел небольшие, по сути нелегальные, раскопки на холме. И только 12 августа 1871 года Шлиман получил фирман на ведение изысканий, причем в соответствии с текстом этого документа половину своих находок он должен был передавать в новый археологический музей в Стамбуле.
Первый этап раскопок на Гиссарлыке начался 11 октября 1871 года и завершился 17 июня 1873 года. Шлиман нанял около сотни рабочих, проживавших в соседних деревнях греков и турок, и стал прокапывать огромную траншею прямо по центру холма, стремясь как можно быстрее дойти до его основания, где, по предположению Шлимана, и должны были находиться остатки «гомеровской» Трои. Именно эти три раскопочных сезона и нанесли археологическому памятнику непоправимый ущерб, за что последующие поколения археологов справедливо продолжают упрекать Шлимана. За Шлиманом прочно закрепилось определение «одиночки и дилетанта в науке».
Надо отметить, что Шлиман действительно не имел специального археологического образования, но не следует забывать, что в его время получить такое образование было негде. Опыт к археологам XIX века приходил только в ходе их собственной раскопочной работы, знания добывались путем проб и ошибок. Конечно, приступая к раскопкам, Генрих Шлиман проявил потрясающую самоуверенность. Имея четкую цель – найти Трою Гомера, он, судя по всему, представлял себе раскопки как «расчистку» легендарного города от «малоценных» более поздних слоев. Такой подход у него возник, скорее всего, в результате посещения знаменитых раскопок в Помпеях, где усилиями археологов удалялся многометровый слой пепла и лавы, которые погребли римский город во время извержения Везувия в 79 году. Кроме того, Шлиман дважды посещал Египет, где видел прекрасные архитектурные памятники, освобожденные от огромных песчаных наносов. Следует еще раз подчеркнуть, что в начале раскопок Шлиман отнюдь не собирался археологически исследовать историю данного поселения, он искал лишь то, что хотел найти.
К сожалению, такое отношение к археологическим памятникам в XIX и начале XX века встречалось не только у Шлимана. Еще в конце 20-х годов XX века выдающийся русский ученый М.И. Ростовцев сетовал, что во время раскопок в Египте археологи практически не интересуются слоями греко-римского периода. Накопленный опыт работы уже в 1873 году заставил Шлимана критически оценить полученные результаты. В последний день раскопок он писал: «Из-за моей прежней ошибочной идеи, что Троя должна находиться на материке и поблизости от него, в 1871 и 1872 годах мною была, к сожалению, разрушена большая часть города…»
Археологи также справедливо упрекают Шлимана за его ориентацию на поиски артефактов и недостаточное внимание к археологическому контексту, в котором были сделаны находки. Однако следует заметить, что действия Шлимана в целом соответствовали методике археологических исследований XIX – начала XX века. Даже классические раскопки немецкой археологической экспедиции в Ашшуре под руководством А. Андрэ, которые были осуществлены в 1903–1914 годах, сохраняли эти недостатки.