Увеличение высоты и ширины фермы фюзеляжа (высота до 2 м. ширина 1,6 м) позволило, во-первых, отказаться от конструктивного и технологического деления фюзеляжа на две части (как на «Витязе»), а во-вторых — убрать большинство внешних стоек-шпренгелей и крепившихся к ним расчалок, создававших большое аэродинамическое сопротивление. Шестистоечная коробка крыльев осталась практически без изменений, но конструктор заметно сместил её вперёд. Возможной причиной такого решения было обеспечение выхода из кабины пилотов в полёте на нижнее крыло для доступа к моторам, надёжность работы которых продолжала желать лучшего. Для выхода в бортах фюзеляжа предусматривались специальные люки треугольной формы.
Фюзеляж прототипа аэроплана «Илья Муромец» № 107
«Илья Муромец» с № 107. Прототип с средним крылом
Смещение коробки крыльев вперёд привело к появлению проблем, связанных с центровкой. Для обеспечения приемлемой центровки Сикорский был вынужден увеличить размах и площадь горизонтального оперения, доведя его площадь до 18 % от площади бипланной коробки, переходя к уже известной тогда аэродинамической схеме «тандем». Теоретических проработок этой схемы ещё не существовало и на всякий случай конструктор установил приблизительно в середине длины фюзеляжа ещё одно крыло размахом 16 метров. Для придания ему необходимой жёсткости над и под фюзеляжем были установлены шпренгельные рамы-кабаны, к которым крепились расчалки среднего крыла. Верхняя шпренгельная рама была приспособлена для возможной установки дополнительного пятого двигателя (Сикорский учитывал мнение скептиков, что мощности четырёх «Аргусов» будет недостаточно для «столь громадного аппарата») и ограждена поручнями, которые образовывали площадку. Была предусмотрена возможность выхода на эту площадку в полёте. Под нижней шпренгельной рамой были установлены дополнительные полозья, которые должны были предохранять фюзеляж от возможных излишних прогибов вниз.
В передней части фюзеляжа располагалась кабина (каюта) экипажа. На новом самолёте Сикорский отказался от сдвоенного управления и установил вместо двух отдельных колонок со штурвалами одну общую гнутую ^-образную раму из трубы круглого сечения. От штурвала, установленного посредине, поверх трубы шли тросы управления элеронами. Вращая штурвал, пилот отклонял элероны, наклоняя раму от себя или к себе — руль высоты. Для управления рулями направления использовались педали. Сикорский справедливо полагал, что в полёте при достаточной ширине кабины пилоты смогут сменять друг друга. (Практика боевого применения показала, однако, что это получается не всегда, особенно в случае ранения сидящего за штурвалом).
«Илья Муромец» № 107 со средним крылом. Корпусной аэродром. Декабрь 1913 года
Пассажирская каюта. Люк в полу. Столик и плетёные кресла
Остекление кабины пилотов состояло из семи прямоугольных стёкол, переднее из которых могло открываться поворотом вокруг верхней части и фиксировалось в приоткрытом положении. Боковые стекла были неподвижными. Кабина пилотов отделялась от пассажирской перегородкой с дверью. Кабина пассажиров (её по-прежнему именовали «каютой») имела по четыре окна с каждого борта. За последним окном в левом борту фюзеляжа располагался вход в самолёт, закрываемый сдвижной дверью. В сравнении с «Русским Витязем», в который приходилось забираться по высоченной приставной лестнице, это был большой шаг вперёд. По правому борту пассажирской кабины был установлен столик, два плетёных кресла и несколько стульев. Хорошо зарекомендовавшее себя на «Русском Витязе» электрическое освещение было сохранено.
В задней части «каюты» размещался отгороженный туалет, наличие которого при многочасовых полётах было обязательным. За туалетом в районе третьего крыла располагалась т. н. «капитанская каюта», которую можно было использовать как комнату отдыха экипажа, так и как фотолабораторию. За «каютой» имелся небольшой отсек для инструментов и различного имущества, называемый «кладовой». В этой части фюзеляжа имелось по три круглых окна с каждого борта.